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- PDB-6xhq: Crystal structure of S. aureus TarI in complex with CDP-ribitol (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xhq
タイトルCrystal structure of S. aureus TarI in complex with CDP-ribitol (space group C121)
要素Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / cytidylyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


D-ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase / D-ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase activity / poly(ribitol phosphate) teichoic acid biosynthetic process / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / cell wall organization
類似検索 - 分子機能
Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase, conserved site / Cytidylyltransferase IspD/TarI / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase signature. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
CDP-ribitol / Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Li, F.K.K. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 3件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: Crystallographic analysis of TarI and TarJ, a cytidylyltransferase and reductase pair for CDP-ribitol synthesis in Staphylococcus aureus wall teichoic acid biogenesis.
著者: Li, F.K.K. / Gale, R.T. / Petrotchenko, E.V. / Borchers, C.H. / Brown, E.D. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2020年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1
B: Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3394
ポリマ－58,2642
非ポリマー1,0752
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.935, 40.057, 91.823
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.260, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 11 or resid 19...
21(chain B and (resid 1 through 21 or (resid 22...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETILEILE(chain A and (resid 1 through 11 or resid 19...AA1 - 111 - 11
12PROPROGLUGLU(chain A and (resid 1 through 11 or resid 19...AA19 - 4719 - 47
13LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 1 through 11 or resid 19...AA4848
14METMETASPASP(chain A and (resid 1 through 11 or resid 19...AA1 - 2371 - 237
15METMETASPASP(chain A and (resid 1 through 11 or resid 19...AA1 - 2371 - 237
16METMETASPASP(chain A and (resid 1 through 11 or resid 19...AA1 - 2371 - 237
17METMETASPASP(chain A and (resid 1 through 11 or resid 19...AA1 - 2371 - 237
21METMETPROPRO(chain B and (resid 1 through 21 or (resid 22...BB1 - 211 - 21
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 1 through 21 or (resid 22...BB2222
23METMETILEILE(chain B and (resid 1 through 21 or (resid 22...BB1 - 2351 - 235

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要素

#1: タンパク質 Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1


分子量: 29132.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: tarI, SAOUHSC_00225 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q2G1C0, D-ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-V2V / CDP-ribitol / [(2R,3S,4R,5R)-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-2,3,4,5-tetrahydroxypentyl dihydrogen diphosphate


分子量: 537.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H25N3O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1 M MIB buffer, pH 9, 25% PEG1500, 5 mM CDP-ribitol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月23日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.475 Å / Num. obs: 20322 / % possible obs: 99.26 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.06798 / Net I/σ(I): 8.45
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / Num. unique obs: 2022 / CC1/2: 0.609 / Rpim(I) all: 0.6366 / % possible all: 98.83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4JIS

4jis


解像度: 2.4→47.475 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2368 1017 5.01 %
Rwork0.1941 19293 -
obs0.1948 20310 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.1 Å2 / Biso mean: 58.1624 Å2 / Biso min: 25.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→47.475 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3617 0 68 132 3817
Biso mean--43.38 47.16 -
残基数----465
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1370X-RAY DIFFRACTION5.254TORSIONAL
12B1370X-RAY DIFFRACTION5.254TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4-2.52660.3261420.3024268999
2.5266-2.68480.38731440.2839272699
2.6848-2.89210.33711440.2697272899
2.8921-3.18310.26181450.23252755100
3.1831-3.64360.24871440.194274499
3.6436-4.58990.19311460.1547277499
4.5899-47.4750.19891520.1532877100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5635-0.4426-1.55682.4999-2.34524.76270.16330.1581.51710.8931-0.15340.2733-0.96450.6780.09610.5308-0.015-0.08140.45510.01011.0037-26.031114.14112.5988
27.18861.3785-1.47991.4902-2.15617.82050.20130.29130.8438-0.2109-0.2661-0.2735-0.4550.21450.07190.49210.0520.01080.31330.00250.5734-22.19397.93344.3068
33.1144-0.90370.24711.5557-0.64063.0647-0.0248-0.1412-0.0475-0.040.07960.26760.0956-0.0574-0.04650.3760.0219-0.01090.2777-0.04020.4911-31.17993.815813.3411
44.602-1.5711-0.06031.7183-0.52442.6425-0.3069-1.0248-0.16170.28290.29680.06280.08810.12070.01130.39030.06110.01030.41120.01180.452-25.6281-1.113426.6629
57.56991.37831.80029.77123.6092.4906-0.39770.37450.6069-0.76220.44010.11160.24440.71520.13890.4352-0.00570.04760.5460.09590.6033-10.61712.68847.1606
69.1384-0.0132.42254.2592-2.77263.576-0.1395-0.5094-0.1597-0.42870.23-0.21440.76790.5348-0.17010.41920.21420.09550.6738-0.04390.51117.9216-9.655117.7972
75.5156-0.7411-0.22322.9627-1.02173.0838-0.1153-1.16970.04450.1550.1351-0.52780.25061.1823-0.06920.4670.18580.02611.1077-0.05310.719214.0365-10.510423.7278
82.0369-1.301-0.62411.7796-0.17082.2312-0.3356-1.29180.17060.49410.3947-0.41610.12590.8219-0.06890.5030.2041-0.07790.9498-0.07320.5574-2.3606-2.72732.365
93.708-1.7734-1.08233.0663-0.16986.49090.0459-0.5739-0.02850.14060.30110.11150.320.4803-0.33630.32530.1221-0.01580.701-0.01410.5102-3.2039-5.167526.631
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 21 )A1 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 41 )A22 - 41
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 42 through 150 )A42 - 150
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 151 through 220 )A151 - 220
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 221 through 237 )A221 - 237
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 31 )B1 - 31
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 32 through 99 )B32 - 99
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 100 through 183 )B100 - 183
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 184 through 235 )B184 - 235

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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