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- PDB-6pf3: Crystal structure of human thymidylate synthase Delta (7-29) in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pf3
タイトルCrystal structure of human thymidylate synthase Delta (7-29) in complex with dUMP and 2-(4-((2-amino-4-oxo-4,7-dihydro-3H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)methyl)benzamido)-4-chlorobenzoic acid
要素Thymidylate synthase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / Inhibitor / TS / TRANSFERASE (転移酵素) / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / response to vitamin A / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion ...uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / response to vitamin A / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion / thymidylate synthase activity / folic acid binding / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription / developmental growth / dihydrofolate reductase activity / response to glucocorticoid / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to progesterone / response to cytokine / liver regeneration / response to toxic substance / 概日リズム / メチル化 / response to ethanol / ミトコンドリア内膜 / negative regulation of translation / ミトコンドリアマトリックス / response to xenobiotic stimulus / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OE7 / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.391 Å
データ登録者Czyzyk, D.J. / Valhondo, M. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI083146 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5T32AI007404 米国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure activity relationship towards design of cryptosporidium specific thymidylate synthase inhibitors.
著者: Czyzyk, D.J. / Valhondo, M. / Deiana, L. / Tirado-Rives, J. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S.
履歴
登録2019年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
C: Thymidylate synthase
D: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,74012
ポリマ－132,7564
非ポリマー2,9848
水75742
1
A: Thymidylate synthase
C: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8706
ポリマ－66,3782
非ポリマー1,4924
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20710 Å2
手法PISA
2
B: Thymidylate synthase
ヘテロ分子

B: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8706
ポリマ－66,3782
非ポリマー1,4924
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area20410 Å2
手法PISA
3
D: Thymidylate synthase
ヘテロ分子

D: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8706
ポリマ－66,3782
非ポリマー1,4924
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area5580 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.144, 89.322, 163.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Thymidylate synthase / / TSase


分子量: 33189.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYMS, TS, OK/SW-cl.29 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): TX-61 / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase
#2: 化合物
ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP / デオキシウリジン一リン酸


分子量: 308.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#3: 化合物
ChemComp-OE7 / 2-({4-[(2-amino-4-oxo-4,7-dihydro-3H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)methyl]benzene-1-carbonyl}amino)-4-chlorobenzoic acid


分子量: 437.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H16ClN5O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Well solution 18 % PEG monomethyl ether 5000, 0.1 M Bis-Tris Drop ratio 1:1 enzyme mix/well solution

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 50336 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 12.95
反射 シェル解像度: 2.39→2.54 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 7813 / CC1/2: 0.828 / Rsym value: 0.941 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HZW

1hzw


解像度: 2.391→44.661 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2888 1988 3.97 %
Rwork0.257 --
obs0.2583 50053 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.391→44.661 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8834 0 204 42 9080
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029280
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48712639
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.2865359
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031630
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3913-2.45110.43071370.44423109X-RAY DIFFRACTION89
2.4511-2.51740.43531390.40563430X-RAY DIFFRACTION99
2.5174-2.59150.45271400.38123361X-RAY DIFFRACTION98
2.5915-2.67510.4331320.35823440X-RAY DIFFRACTION99
2.6751-2.77070.41821430.3523487X-RAY DIFFRACTION99
2.7707-2.88160.39251420.31883464X-RAY DIFFRACTION99
2.8816-3.01280.32161390.32013437X-RAY DIFFRACTION100
3.0128-3.17160.35391450.31743458X-RAY DIFFRACTION99
3.1716-3.37020.25651430.30813438X-RAY DIFFRACTION99
3.3702-3.63030.3421530.28073449X-RAY DIFFRACTION99
3.6303-3.99540.33421360.25823502X-RAY DIFFRACTION100
3.9954-4.57310.23491490.20553460X-RAY DIFFRACTION99
4.5731-5.75970.22681460.20363493X-RAY DIFFRACTION99
5.7597-44.66880.20091440.1843537X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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