+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uie | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Vps4-Vta1 complex | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Vps4 / ESCRT (ESCRT) / Vta1 / AAA ATPase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ESCRT IV complex / late endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / intralumenal vesicle formation / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / protein retention in Golgi apparatus / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / sterol metabolic process / nuclear membrane reassembly / midbody abscission ...ESCRT IV complex / late endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / intralumenal vesicle formation / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / protein retention in Golgi apparatus / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / sterol metabolic process / nuclear membrane reassembly / midbody abscission / multivesicular body sorting pathway / vacuole organization / membrane fission / plasma membrane repair / late endosome to vacuole transport / multivesicular body assembly / reticulophagy / lipid transport / endosomal transport / ATPase complex / nucleus organization / ATPase activator activity / autophagosome maturation / 核膜孔 / エンドソーム / オートファジー / オートファジー / protein transport / protein-macromolecule adaptor activity / midbody / エンドソーム / 小胞体 / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.7 Å | ||||||
データ登録者 | Monroe, N. / Shen, P. / Han, H. / Sundquist, W.I. / Hill, C.P. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2017 タイトル: Structural basis of protein translocation by the Vps4-Vta1 AAA ATPase. 著者: Nicole Monroe / Han Han / Peter S Shen / Wesley I Sundquist / Christopher P Hill / 要旨: Many important cellular membrane fission reactions are driven by ESCRT pathways, which culminate in disassembly of ESCRT-III polymers by the AAA ATPase Vps4. We report a 4.3 Å resolution cryo-EM ...Many important cellular membrane fission reactions are driven by ESCRT pathways, which culminate in disassembly of ESCRT-III polymers by the AAA ATPase Vps4. We report a 4.3 Å resolution cryo-EM structure of the active Vps4 hexamer with its cofactor Vta1, ADP·BeF, and an ESCRT-III substrate peptide. Four Vps4 subunits form a helix whose interfaces are consistent with ATP binding, is stabilized by Vta1, and binds the substrate peptide. The fifth subunit approximately continues this helix but appears to be dissociating. The final Vps4 subunit completes a notched-washer configuration as if transitioning between the ends of the helix. We propose that ATP binding propagates growth at one end of the helix while hydrolysis promotes disassembly at the other end, so that Vps4 'walks' along ESCRT-III until it encounters the ordered N-terminal domain to destabilize the ESCRT-III lattice. This model may be generally applicable to other protein-translocating AAA ATPases. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5uie.cif.gz | 455.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5uie.ent.gz | 358.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5uie.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/5uie ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/5uie | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 8549MC 8550C 8551C 8552C 8553C 8554C 8555C 8556C 8557C 8570C 8571C 8572C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-Vacuolar protein sorting-associated protein ... , 2種, 18分子 ABCDEFHIJKLMNOPQRS
#1: タンパク質 | 分子量: 48233.184 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: VPS4, CSC1, DID6, END13, GRD13, VPL4, VPT10, YPR173C, P9705.10 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P52917 #3: タンパク質 | 分子量: 37359.660 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: VTA1, YLR181C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06263 |
---|
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 G
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 724.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
---|
-非ポリマー , 3種, 11分子
#4: 化合物 | ChemComp-ADP / #5: 化合物 | #6: 化合物 | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Vps4-Vta1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 1.3 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11_2567: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58155 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 5.7 Å | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|