PDB-5h9n: Crystal structure of LTBP1 Y114A mutant in complex with leukotriene C4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h9n

タイトル

Crystal structure of LTBP1 Y114A mutant in complex with leukotriene C4

要素

Lipocalin AI-4

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) /

lipocalin /

Rhodnius /

salivary (唾液腺)

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated perturbation of host defenses / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodnius prolixus (カメムシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.28 Å

データ登録者

Andersen, J.F.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure and Ligand-Binding Mechanism of a Cysteinyl Leukotriene-Binding Protein from a Blood-Feeding Disease Vector.
著者: Jablonka, W. / Pham, V. / Nardone, G. / Gittis, A. / Silva-Cardoso, L. / Atella, G.C. / Ribeiro, J.M. / Andersen, J.F.

履歴

登録	2015年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月27日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月24日	Group: Non-polymer description

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5h9n.cif.gz	78.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5h9n.ent.gz	61.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5h9n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/5h9n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/5h9n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5h9kC 5h9lC 5ha0C 5haeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3odl-9 5uwm-1 5h9l-d 1w8l-d 1nmk-2 1cwi-d 1cwc-d 2cm9-d 3odl-6 3odi-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lipocalin AI-4

ヘテロ分子

17.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.229, 58.091, 36.152
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.160, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Lipocalin AI-4 分子量: 16812.611 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 18-173 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The first two residues are disordered in the crystal 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / プラスミド: pET17B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q7YT09
#2: 化合物	ChemComp-LTX / (5~{S},6~{R},7~{E},9~{E},11~{Z},14~{Z})-6-[(2~{R})-2-[[(4~{S})-4-azanyl-5-oxidanyl-5-oxidanylidene-pentanoyl]amino]-3-(2-hydroxy-2-oxoethylamino)-3-oxidanylidene-propyl]sulfanyl-5-oxidanyl-icosa-7,9,11,14-tetraenoic acid / Leukotriene C4 / ロイコトリエンC₄ / Leukotriene C4 分子量: 625.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₄₇N₃O₉S
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.66 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8, 30 % PEG 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.28→50 Å / Num. obs: 33498 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 12.07 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.054 / Χ²: 1.983 / Net I/av σ(I): 42.888 / Net I/σ(I): 15.2 / Num. measured all: 155314

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.28-1.3	4.1	0.164	1364	0.971	0.088	0.186	1.495	76.8
1.3-1.33	4.6	0.153	1663	0.973	0.079	0.173	1.411	94.1
1.33-1.35	4.7	0.148	1677	0.973	0.077	0.167	1.486	94.6
1.35-1.38	4.7	0.134	1645	0.977	0.07	0.152	1.579	94.4
1.38-1.41	4.7	0.128	1684	0.981	0.066	0.144	1.619	95
1.41-1.44	4.7	0.116	1661	0.983	0.06	0.131	1.715	94.4
1.44-1.48	4.7	0.107	1682	0.986	0.055	0.121	1.792	95.8
1.48-1.52	4.7	0.098	1683	0.988	0.051	0.111	1.911	95.2
1.52-1.56	4.7	0.089	1689	0.989	0.046	0.101	1.955	95.9
1.56-1.61	4.7	0.084	1708	0.992	0.044	0.095	2.042	96.8
1.61-1.67	4.7	0.078	1695	0.992	0.04	0.088	1.992	96.4
1.67-1.74	4.7	0.073	1707	0.991	0.038	0.082	2.045	96.4
1.74-1.82	4.7	0.064	1719	0.995	0.033	0.073	2.08	96.8
1.82-1.91	4.7	0.059	1724	0.994	0.03	0.066	2.217	97.5
1.91-2.03	4.7	0.053	1715	0.997	0.027	0.06	2.302	97.8
2.03-2.19	4.7	0.05	1749	0.997	0.026	0.056	2.367	98.2
2.19-2.41	4.7	0.045	1756	0.997	0.023	0.051	2.377	97.8
2.41-2.76	4.6	0.041	1741	0.998	0.021	0.046	2.34	99
2.76-3.47	4.5	0.037	1732	0.998	0.019	0.042	2.321	96.8
3.47-50	4.1	0.038	1504	0.997	0.02	0.043	2.535	82.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.28→28.817 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 17.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1871	1663	4.97 %
R_work	0.1622	31808	-
obs	0.1634	33471	94.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 76.04 Å² / B_iso mean: 20.0085 Å² / B_iso min: 5.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.28→28.817 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1163	0	43	241	1447
B_iso mean	-	-	29.9	31.55	-
残基数	-	-	-	-	154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1249
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.148	1683
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	185
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	223
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13	458

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.2802-1.3179	0.2139	136	0.191	2378	2514	85
1.3179-1.3604	0.2061	141	0.1828	2607	2748	94
1.3604-1.409	0.207	143	0.1797	2631	2774	95
1.409-1.4654	0.1891	132	0.1746	2646	2778	95
1.4654-1.5321	0.2072	129	0.1663	2682	2811	96
1.5321-1.6129	0.1774	147	0.1614	2681	2828	96
1.6129-1.7139	0.1788	145	0.1601	2701	2846	96
1.7139-1.8463	0.193	127	0.1632	2706	2833	97
1.8463-2.032	0.1624	129	0.1581	2747	2876	97
2.032-2.3259	0.1926	151	0.1515	2751	2902	98
2.3259-2.93	0.1772	169	0.1682	2748	2917	99
2.93-28.8244	0.1969	114	0.1567	2530	2644	88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9176	-0.07	-0.3216	0.9319	0.251	2.5703	-0.0663	-0.1151	-0.0537	0.1668	-0.0236	0.1107	0.1943	-0.4162	0.0555	0.109	-0.0251	0.0163	0.1374	-0.0087	0.108	-10.9275	6.4338	-6.7838
2	1.2531	-1.8911	-1.8908	3.2305	3.1365	3.4056	0.0559	-0.1577	0.1681	0.2177	0.2185	-0.3197	0.2188	0.3721	-0.2898	0.0822	-0.0075	-0.0189	0.1084	-0.0031	0.0987	4.5302	9.4127	-16.5999
3	6.0988	3.3478	-1.8788	3.1568	-1.2614	2.3725	-0.1676	-0.1012	-0.2635	0.0252	-0.0237	-0.0829	0.3312	-0.1521	0.1913	0.1668	-0.0208	0.0364	0.0712	-0.0176	0.1148	-7.1344	-3.8274	-14.5645
4	3.6871	-1.2636	-3.6275	5.0571	3.3204	7.6402	-0.244	0.1216	-0.2307	-0.0112	-0.0311	-0.1466	0.5114	-0.1261	0.3031	0.1378	0.0029	0.0002	0.0654	0.0073	0.0958	-5.4761	-1.9665	-5.6177
5	8.1277	-7.1443	-5.8777	7.1265	5.0914	6.1057	-0.2173	-0.1067	-0.202	0.071	0.1172	-0.1823	0.5224	0.2571	0.0875	0.1824	0.0139	0.0237	0.0787	-0.0129	0.139	-1.9762	-4.4227	-6.447
6	2.0938	-0.2308	0.309	1.2697	-0.2035	3.3877	-0.0731	0.0588	-0.0132	0.0612	0.0154	0.0296	0.087	-0.2074	0.051	0.0588	-0.0129	0.0032	0.0606	-0.0095	0.0542	-8.6772	6.645	-8.4684
7	3.7958	-0.1967	0.9778	2.7118	-0.5507	3.8789	-0.008	-0.1459	-0.1626	0.2518	0.0616	-0.2675	-0.0777	0.486	0.0173	0.0723	0.0093	-0.0177	0.1044	-0.0006	0.0983	0.5937	8.0834	-6.2817
8	0.6096	-1.4832	-1.2382	8.3014	1.3472	5.2924	0.0696	0.194	0.0815	-0.4275	0.0878	-0.1394	-0.2706	-0.3671	-0.1398	0.0609	0.0237	-0.019	0.1375	-0.0085	0.0676	-10.2999	11.2098	-22.9123
9	4.0464	1.4008	4.6136	6.4759	1.1712	5.2768	-0.1108	-0.3817	0.2556	0.5721	0.0176	0.0336	-0.2325	-0.2322	0.1368	0.1888	0.0534	0.0077	0.1361	-0.0005	0.1314	-12.1223	21.9274	-11.2824
10	3.2186	-1.8837	-3.8914	2.7211	1.8274	5.3291	0.1968	-0.0876	0.2271	-0.1002	0.2026	-0.3558	-0.7237	0.1651	-0.3238	0.1821	0.0044	-0.0048	0.0792	0.0069	0.1109	-2.3669	16.3402	-16.3044

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 36 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 37 through 45 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 46 through 60 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 61 through 77 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 78 through 89 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 90 through 112 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 113 through 127 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 128 through 135 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 136 through 144 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 145 through 156 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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