ムービーの操作

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    - EMDB-5275: 4.4 Angstrom Cryo-EM Structure of an Enveloped Alphavirus Venezue... -

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    基本情報

    エントリ情報
    データベース: EMDB / ID: 5275
    タイトル4.4 Angstrom Cryo-EM Structure of an Enveloped Alphavirus Venezuelan Equine Encephalitis Virus
    キーワードalphavirus / bioweapon / cryoEM / modeling / VEEV
    試料Venezuelan Equine Encephalitis Virus, TC-83 Strain
    由来Venezuelan equine encephalitis virus / ウイルス / VEEV / ベネズエラウマ脳炎ウイルス
    マップデータThis is a portion of the original 3D density map (size 800x800x800 pixels) of Venezuelan Equine Encephalitis Virus TC-83 strain.
    手法単粒子再構成法, 4.8Å分解能
    データ登録者Zhang R / Hryc CF / Cong Y / Liu X / Jakana J / Gorchakov R / Baker ML / Weaver SC / Chiu W
    引用EMBO J., 2011, 30, 3854-3863

    EMBO J., 2011, 30, 3854-3863 StrPapers
    4.4 Å cryo-EM structure of an enveloped alphavirus Venezuelan equine encephalitis virus.
    Rui Zhang / Corey F Hryc / Yao Cong / Xiangan Liu / Joanita Jakana / Rodion Gorchakov / Matthew L Baker / Scott C Weaver / Wah Chiu

    日付登録: 2011年4月15日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2011年4月19日 / マップ公開: 2011年8月16日 / 最新の更新: 2011年4月15日

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    構造の表示

    ムービー
    • 表面図(断面を密度値に従い着色)
    • 表面レベル: 2
    • UCSF CHIMERAによる作画
    • ダウンロード
    • 表面図(半径に従い着色)
    • 表面レベル: 2
    • UCSF CHIMERAによる作画
    • ダウンロード
    • あてはめたモデルとの重ね合わせ
    • 原子モデル: : PDB-3j0c, PDB-3j0g
    • 表面レベル: 2
    • UCSF CHIMERAによる作画
    • ダウンロード
    3D viewer /

    表示 / / 立体視:
    中心
    拡大
    スケール
    断面手前 <=> 奥

    固定: /
    方向
    方向 Rotation
    その他 /
    表示/非表示
    添付画像

    ダウンロードとリンク

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    マップデータ

    ファイルemd_5275.map.gz (map file in CCP4 format, 65537 KB)
    投影像・断面図画像のサイズ:
    Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
    256 pix
    1.07 A/pix
    = 273.92 A
    256 pix
    1.07 A/pix
    = 273.92 A
    256 pix
    1.07 A/pix
    = 273.92 A

    表面

    投影像

    断面 (1/3)

    断面 (1/2)

    断面 (2/3)

    画像は Spiderにより作成

    ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 A
    密度
    表面のレベル:2 (by author), 2 (ムービー #1)
    最小 - 最大-4.94263 - 10.6478
    平均 (標準偏差)-8.421e-09 (1)
    詳細

    EMDB XML:

    空間群番号1
    マップ形状
    Axis orderXYZ
    Dimensions256256256
    Origin-18-108-348
    Limit237147-93
    Spacing256256256
    セルA=B=C: 273.92 A
    Alpha=beta=gamma: 90 deg.

    CCP4マップヘッダ:

    modeImage stored as Reals
    A/pix X/Y/Z1.071.071.07
    M x/y/z256256256
    origin x/y/z0.0000.0000.000
    length x/y/z273.920273.920273.920
    alpha/beta/gamma90.00090.00090.000
    start NX/NY/NZ-62-62-62
    NX/NY/NZ125125125
    MAP C/R/S123
    start NC/NR/NS-108-18-348
    NC/NR/NS256256256
    D min/max/mean-4.94310.648-0.000

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    添付データ

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    試料の構成要素

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    全体 Venezuelan Equine Encephalitis Virus, TC-83 Strain

    全体名称: Venezuelan Equine Encephalitis Virus, TC-83 Strain
    詳細: The viruses were purified from infected Baby hamster kidney (BHK) cells
    構成要素数: 4 / オリゴマーの状態: E1-E2-E3-CP complex
    分子量理論値: 52 MDa

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    構成要素 #1: ウイルス, Venezuelan equine encephalitis virus

    ウイルス名称: Venezuelan equine encephalitis virus / 別称: VEEV / クラス: VIRION
    詳細: The VEEV virus has 240 copies of E1, E2, and CP arranged in icosahedral symmetry
    中空か: No / エンベロープを持つか: Yes / 単離: STRAIN
    分子量理論値: 52 MDa
    生物種生物種: Venezuelan equine encephalitis virus / ウイルス / VEEV / ベネズエラウマ脳炎ウイルス
    由来(天然)宿主: Equus caballus / 哺乳類 / ウマ / / 宿主の分類: VERTEBRATES

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    実験情報

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    試料調製

    試料の状態粒子
    試料溶液pH: 7
    支持膜400 mesh Quantifoil R 1.2/1.3 copper grids
    急速凍結装置: FEI VITROBOT / 凍結剤: ETHANE / 温度: 100 K / 湿度: 100 % / 手法: 2 blots, each blot 2 seconds before plunging / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot

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    電子顕微鏡撮影

    撮影顕微鏡: JEOL 3200FSC / 日付: 2008年4月9日
    電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 18 e/A2 / 照射モード: FLOOD BEAM
    レンズ倍率: 100000 X (公称値)
    非点収差(補正): objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
    Cs: 3.2 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 400 - 2500 nm / エネルギーフィルター: Omega Filter
    試料ホルダホルダ: Eucentric / モデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / 温度: 96 K
    カメラディテクター: GENERIC GATAN (4k x 4k) / カメラ長: 200

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    画像解析

    解析手法: 単粒子再構成法 / クラス平均の数: 1000 / 投影像の数: 37000
    3次元再構成アルゴリズム: projection matching / ソフトウェア: EMAN / CTF補正: Each frame / 分解能: 4.8 A / 分解能の算定法: FSC 0.5

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    原子モデル構築

    モデリング #1精密化のプロトコル: rigid body / 精密化に使用した空間: REAL / 詳細: Protocol: Rigid Body
    利用したPDBモデル: 3N40
    得られたモデル

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    万見について

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    2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

    新しくなったEM Navigatorと万見

    • EM Navigatorと万見を刷新しました

    関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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    2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

    新しいEM Navigatorと万見

    • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
    • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

    関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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    2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

    Omokage検索が速くなりました

    • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
    • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

    関連情報: Omokage検索

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    2016年3月3日: 2月19日の蛋白研セミナーでのプレゼンテーション(PDFファイル)

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    • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
    • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
    • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

    関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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