English [日本語]
- EMDB-5275: 4.4 Angstrom Cryo-EM Structure of an Enveloped Alphavirus Venezue... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

データがありません

-
基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 5275
タイトル4.4 Angstrom Cryo-EM Structure of an Enveloped Alphavirus Venezuelan Equine Encephalitis Virus
キーワードalphavirus / bioweapon / cryoEM / modeling / VEEV
試料Venezuelan Equine Encephalitis Virus, TC-83 Strain
由来Venezuelan equine encephalitis virus / ウイルス / VEEV / ベネズエラウマ脳炎ウイルス
マップデータThis is a portion of the original 3D density map (size 800x800x800 pixels) of Venezuelan Equine Encephalitis Virus TC-83 strain.
手法単粒子再構成法, 4.8Å分解能
データ登録者Zhang R / Hryc CF / Cong Y / Liu X / Jakana J / Gorchakov R / Baker ML / Weaver SC / Chiu W
引用EMBO J., 2011, 30, 3854-3863

EMBO J., 2011, 30, 3854-3863 StrPapers
4.4 Å cryo-EM structure of an enveloped alphavirus Venezuelan equine encephalitis virus.
Rui Zhang / Corey F Hryc / Yao Cong / Xiangan Liu / Joanita Jakana / Rodion Gorchakov / Matthew L Baker / Scott C Weaver / Wah Chiu

日付登録: 2011年4月15日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2011年4月19日 / マップ公開: 2011年8月16日 / 最新の更新: 2011年4月15日

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 2
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 2
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: : PDB-3j0c, PDB-3j0g
  • 表面レベル: 2
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
3D viewer


表示 / / 立体視:
中心
拡大
スケール
断面手前 <=> 奥

固定: /
方向
方向 Rotation
その他 /
表示/非表示
添付画像

ダウンロードとリンク

-
マップデータ

ファイルemd_5275.map.gz (map file in CCP4 format, 65537 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
256 pix
1.07 A/pix
= 273.92 A
256 pix
1.07 A/pix
= 273.92 A
256 pix
1.07 A/pix
= 273.92 A

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spiderにより作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 A
密度
表面のレベル:2 (by author), 2 (ムービー #1)
最小 - 最大-4.94263 - 10.6478
平均 (標準偏差)-8.421e-09 (1)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions256256256
Origin-18-108-348
Limit237147-93
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.92 A
Alpha=beta=gamma: 90 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
A/pix X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z273.920273.920273.920
alpha/beta/gamma90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-108-18-348
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-4.94310.648-0.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 Venezuelan Equine Encephalitis Virus, TC-83 Strain

全体名称: Venezuelan Equine Encephalitis Virus, TC-83 Strain
詳細: The viruses were purified from infected Baby hamster kidney (BHK) cells
構成要素数: 4 / オリゴマーの状態: E1-E2-E3-CP complex
分子量理論値: 52 MDa

-
構成要素 #1: ウイルス, Venezuelan equine encephalitis virus

ウイルス名称: Venezuelan equine encephalitis virus / 別称: VEEV / クラス: VIRION
詳細: The VEEV virus has 240 copies of E1, E2, and CP arranged in icosahedral symmetry
中空か: No / エンベロープを持つか: Yes / 単離: STRAIN
分子量理論値: 52 MDa
生物種生物種: Venezuelan equine encephalitis virus / ウイルス / VEEV / ベネズエラウマ脳炎ウイルス
由来(天然)宿主: Equus caballus / 哺乳類 / ウマ / / 宿主の分類: VERTEBRATES

+
実験情報

-
試料調製

試料の状態粒子
試料溶液pH: 7
支持膜400 mesh Quantifoil R 1.2/1.3 copper grids
急速凍結装置: FEI VITROBOT / 凍結剤: ETHANE / 温度: 100 K / 湿度: 100 % / 手法: 2 blots, each blot 2 seconds before plunging / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot

-
電子顕微鏡撮影

撮影顕微鏡: JEOL 3200FSC / 日付: 2008年4月9日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 18 e/A2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 100000 X (公称値)
非点収差(補正): objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
Cs: 3.2 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 400 - 2500 nm / エネルギーフィルター: Omega Filter
試料ホルダホルダ: Eucentric / モデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / 温度: 96 K
カメラディテクター: GENERIC GATAN (4k x 4k) / カメラ長: 200

-
画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / クラス平均の数: 1000 / 投影像の数: 37000
3次元再構成アルゴリズム: projection matching / ソフトウェア: EMAN / CTF補正: Each frame / 分解能: 4.8 A / 分解能の算定法: FSC 0.5

-
原子モデル構築

モデリング #1精密化のプロトコル: rigid body / 精密化に使用した空間: REAL / 詳細: Protocol: Rigid Body
利用したPDBモデル: 3N40
得られたモデル

+
万見について

-
お知らせ

-
2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

-
2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

+
2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

+
2016年3月3日: 2月19日の蛋白研セミナーでのプレゼンテーション(PDFファイル)

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る