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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41193 | |||||||||
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タイトル | Shaker in low K+ (4mM K+) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | voltage-gated potassium channel / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mating behavior, sex discrimination / Phase 3 - rapid repolarisation / behavioral response to ether / Voltage gated Potassium channels / proboscis extension reflex / larval locomotory behavior / regulation of synaptic activity / courtship behavior / positive regulation of membrane potential / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep ...mating behavior, sex discrimination / Phase 3 - rapid repolarisation / behavioral response to ether / Voltage gated Potassium channels / proboscis extension reflex / larval locomotory behavior / regulation of synaptic activity / courtship behavior / positive regulation of membrane potential / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / detection of visible light / cellular response to dopamine / 睡眠 / voltage-gated monoatomic cation channel activity / delayed rectifier potassium channel activity / axon extension / 活動電位 / voltage-gated potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / voltage-gated potassium channel complex / protein homooligomerization / potassium ion transport / sensory perception of taste / learning or memory / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.39 Å | |||||||||
データ登録者 | Tan X / Swartz KJ | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Eukaryotic Kv channel Shaker inactivates through selectivity filter dilation rather than collapse. 著者: Robyn Stix / Xiao-Feng Tan / Chanhyung Bae / Ana I Fernández-Mariño / Kenton J Swartz / José D Faraldo-Gómez / 要旨: Eukaryotic voltage-gated K channels have been extensively studied, but the structural bases for some of their most salient functional features remain to be established. C-type inactivation, for ...Eukaryotic voltage-gated K channels have been extensively studied, but the structural bases for some of their most salient functional features remain to be established. C-type inactivation, for example, is an auto-inhibitory mechanism that confers temporal resolution to their signal-firing activity. In a recent breakthrough, studies of a mutant of Shaker that is prone to inactivate indicated that this process entails a dilation of the selectivity filter, the narrowest part of the ion conduction pathway. Here, we report an atomic-resolution cryo-electron microscopy structure that demonstrates that the wild-type channel can also adopt this dilated state. All-atom simulations corroborate this conformation is congruent with the electrophysiological characteristics of the C-type inactivated state, namely, residual K conductance and altered ion specificity, and help rationalize why inactivation is accelerated or impeded by certain mutations. In summary, this study establishes the molecular basis for an important self-regulatory mechanism in eukaryotic K channels, laying a solid foundation for further studies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41193.map.gz | 95.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41193-v30.xml emd-41193.xml | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_41193.png | 39.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41193.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_41193_half_map_1.map.gz emd_41193_half_map_2.map.gz | 76 MB 76 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41193 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41193 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8teoMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41193.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41193_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41193_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : voltage-gated potassium channel Shaker
全体 | 名称: voltage-gated potassium channel Shaker |
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要素 |
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-超分子 #1: voltage-gated potassium channel Shaker
超分子 | 名称: voltage-gated potassium channel Shaker / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
-分子 #1: Potassium voltage-gated channel protein Shaker
分子 | 名称: Potassium voltage-gated channel protein Shaker / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 74.525953 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GTMAAVAGLY GLGEDRQHRK KQQQQQQHQK EQLEQKEEQK KIAERKLQLR EQQLQRNSLD GYGSLPKLSS QDEEGGAGHG FGGGPQHFE PIPHDHDFCE RVVINVSGLR FETQLRTLNQ FPDTLLGDPA RRLRYFDPLR NEYFFDRSRP SFDAILYYYQ S GGRLRRPV ...文字列: GTMAAVAGLY GLGEDRQHRK KQQQQQQHQK EQLEQKEEQK KIAERKLQLR EQQLQRNSLD GYGSLPKLSS QDEEGGAGHG FGGGPQHFE PIPHDHDFCE RVVINVSGLR FETQLRTLNQ FPDTLLGDPA RRLRYFDPLR NEYFFDRSRP SFDAILYYYQ S GGRLRRPV NVPLDVFSEE IKFYELGDQA INKFREDEGF IKEEERPLPD NEKQRKVWLL FEYPESSQAA RVVAIISVFV IL LSIVIFC LETLPEFKHY KVFNTTTNGT KIEEDEVPDI TDPFFLIETL CIIWFTFELT VRFLACPNKL NFCRDVMNVI DII AIIPYF ITLATVVAEE EDTLNLPKAP VSPQDKSSNQ AMSLAILRVI RLVRVFRIFK LSRHSKGLQI LGRTLKASMR ELGL LIFFL FIGVVLFSSA VYFAEAGSEN SFFKSIPDAF WWAVVTMTTV GYGDMTPVGV WGKIVGSLCA IAGVLTIALP VPVIV SNFN YFYHRETDQE EMQSQNFNHV TSCPYLPGTL VGQHMKKSSL SESSSDMMDL DDGVESTPGL TETHPGRSAV APFLGA QQQ QQQPVASSLS MSIDKQLQHP LQQLTQTQLY QQQQQQQQQQ QNGFKQQQQQ TQQQLQQQQS HTINASAAAA TSGSGSS GL TMRHNNALAV SIETDV UniProtKB: Potassium voltage-gated channel protein Shaker |
-分子 #2: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 32 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ChemComp-POV: |
-分子 #3: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: K |
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分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 9 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 663447 |