+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40768 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | TMEM16F 1PBC | |||||||||
マップデータ | TMEM16F 1PBC | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Ca2+-activated ion channels / lipid scramblases / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 calcium activated phospholipid scrambling / calcium activated phosphatidylserine scrambling / calcium activated phosphatidylcholine scrambling / calcium activated galactosylceramide scrambling / phosphatidylserine exposure on blood platelet / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / phospholipid scramblase activity / activation of blood coagulation via clotting cascade ...calcium activated phospholipid scrambling / calcium activated phosphatidylserine scrambling / calcium activated phosphatidylcholine scrambling / calcium activated galactosylceramide scrambling / phosphatidylserine exposure on blood platelet / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / phospholipid scramblase activity / activation of blood coagulation via clotting cascade / negative regulation of cell volume / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / bone mineralization involved in bone maturation / pore complex assembly / cholinergic synapse / plasma membrane phospholipid scrambling / bleb assembly / voltage-gated monoatomic ion channel activity / positive regulation of phagocytosis, engulfment / Stimuli-sensing channels / voltage-gated chloride channel activity / calcium-activated cation channel activity / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of monocyte chemotaxis / dendritic cell chemotaxis / phospholipid translocation / chloride transport / chloride channel activity / chloride channel complex / monoatomic cation transport / sodium ion transmembrane transport / regulation of postsynaptic membrane potential / positive regulation of bone mineralization / chloride transmembrane transport / Neutrophil degranulation / synaptic membrane / establishment of localization in cell / calcium ion transmembrane transport / 凝固・線溶系 / positive regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / 解像度: 3.12 Å | |||||||||
データ登録者 | Wu H / Feng S / Cheng Y | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Identification of a drug binding pocket in TMEM16F calcium-activated ion channel and lipid scramblase. 著者: Shengjie Feng / Cristina Puchades / Juyeon Ko / Hao Wu / Yifei Chen / Eric E Figueroa / Shuo Gu / Tina W Han / Brandon Ho / Tong Cheng / Junrui Li / Brian Shoichet / Yuh Nung Jan / Yifan Cheng / Lily Yeh Jan / 要旨: The dual functions of TMEM16F as Ca-activated ion channel and lipid scramblase raise intriguing questions regarding their molecular basis. Intrigued by the ability of the FDA-approved drug ...The dual functions of TMEM16F as Ca-activated ion channel and lipid scramblase raise intriguing questions regarding their molecular basis. Intrigued by the ability of the FDA-approved drug niclosamide to inhibit TMEM16F-dependent syncytia formation induced by SARS-CoV-2, we examined cryo-EM structures of TMEM16F with or without bound niclosamide or 1PBC, a known blocker of TMEM16A Ca-activated Cl channel. Here, we report evidence for a lipid scrambling pathway along a groove harboring a lipid trail outside the ion permeation pore. This groove contains the binding pocket for niclosamide and 1PBC. Mutations of two residues in this groove specifically affect lipid scrambling. Whereas mutations of some residues in the binding pocket of niclosamide and 1PBC reduce their inhibition of TMEM16F-mediated Ca influx and PS exposure, other mutations preferentially affect the ability of niclosamide and/or 1PBC to inhibit TMEM16F-mediated PS exposure, providing further support for separate pathways for ion permeation and lipid scrambling. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40768.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-40768-v30.xml emd-40768.xml | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_40768.png | 48.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40768.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_40768_half_map_1.map.gz emd_40768_half_map_2.map.gz | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40768 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40768 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40768.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | TMEM16F 1PBC | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.839 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: TMEM16F 1PBC half1
ファイル | emd_40768_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | TMEM16F 1PBC half1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: TMEM16F 1PBC half2
ファイル | emd_40768_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | TMEM16F 1PBC half2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 16F
全体 | 名称: 16F |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: 16F
超分子 | 名称: 16F / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Anoctamin-6
分子 | 名称: Anoctamin-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 95.924906 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: FEEFNGKPDS LFFTDGQRRI DFILVYEDES KKENNKKGTN EKQKRKRQAY ESNLICHGLQ LEATRSVSDD KLVFVKVHAP WEVLCYYAE IMHIKLPLKP NDLKTRSPFG NLNWFTKVLR VNESVIKPEQ EFFTAPFEKS RMNDFYILDR DSFFNPATRS R IVYFILSR ...文字列: FEEFNGKPDS LFFTDGQRRI DFILVYEDES KKENNKKGTN EKQKRKRQAY ESNLICHGLQ LEATRSVSDD KLVFVKVHAP WEVLCYYAE IMHIKLPLKP NDLKTRSPFG NLNWFTKVLR VNESVIKPEQ EFFTAPFEKS RMNDFYILDR DSFFNPATRS R IVYFILSR VKYQVMNNVN KFGINRLVSS GIYKAAFPLH DCRFNYESED ISCPSERYLL YREWAHPRSI YKKQPLDLIR KY YGEKIGI YFAWLGYYTQ MLLLAAVVGV ACFLYGYLDQ DNCTWSKEVC DPDIGGQILM CPQCDRLCPF WRLNITCESS KKL CIFDSF GTLIFAVFMG VWVTLFLEFW KRRQAELEYE WDTVELQQEE QARPEYEAQC NHVVINEITQ EEERIPFTTC GKCI RVTLC ASAVFFWILL IIASVIGIIV YRLSVFIVFS TTLPKNPNGT DPIQKYLTPQ MATSITASII SFIIIMILNT IYEKV AIMI TNFELPRTQT DYENSLTMKM FLFQFVNYYS SCFYIAFFKG KFVGYPGDPV YLLGKYRSEE CDPGGCLLEL TTQLTI IMG GKAIWNNIQE VLLPWVMNLI GRYKRVSGSE KITPRWEQDY HLQPMGKLGL FYEYLEMIIQ FGFVTLFVAS FPLAPLL AL VNNILEIRVD AWKLTTQFRR MVPEKAQDIG AWQPIMQGIA ILAVVTNAMI IAFTSDMIPR LVYYWSFSIP PYGDHTYY T MDGYINNTLS VFNITDFKNT DKENPYIGLG NYTLCRYRDF RNPPGHPQEY KHNIYYWHVI AAKLAFIIVM EHIIYSVKF FISYAIPDVS KITKSKIKRE UniProtKB: Anoctamin-6 |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: CA |
---|---|
分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #4: 1-Hydroxy-3-(trifluoromethyl)pyrido[1,2-a]benzimidazole-4-carbonitrile
分子 | 名称: 1-Hydroxy-3-(trifluoromethyl)pyrido[1,2-a]benzimidazole-4-carbonitrile タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: JRF |
---|---|
分子量 | 理論値: 277.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-JRF: |
-実験情報
-構造解析
解析 | 単粒子再構成法 |
---|---|
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 66.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.12 Å / 使用した粒子像数: 186223 |