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    - PDB-3epf: 2型ポリオウイルスに結合した ポリオウイルス受容体 -

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    基本情報

    エントリ情報
    データベース: PDB / ID: 3epf
    タイトルCryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 2
    記述子Poliovirus receptor
    Protein VP1
    Protein VP2
    Protein VP4
    Protein VP3
    キーワードVIRAL PROTEIN / CD155 structure Immunoglobulin Superfamily / poliovirus capsid jelly role / Cell adhesion / Cell membrane / Glycoprotein / Host-virus interaction / Immunoglobulin domain / Membrane / Receptor / Secreted / Transmembrane
    試料の由来Homo sapiens / ヒト
    Poliovirus type 2 / ウイルス / ポリオウイルス
    手法電子顕微鏡 (9 A 分解能)
    データ登録者Zhang, P. / Mueller, S. / Morais, M.C. / Bator, C.M. / Bowman, V.D. / Hafenstein, S. / Wimmer, E. / Rossmann, M.G.
    引用Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 2008, 105, 18284-18289

    Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 2008, 105, 18284-18289 StrPapers
    Crystal structure of CD155 and electron microscopic studies of its complexes with polioviruses.
    Ping Zhang / Steffen Mueller / Marc C Morais / Carol M Bator / Valorie D Bowman / Susan Hafenstein / Eckard Wimmer / Michael G Rossmann

    日付登録: 2008年9月29日 / 公開: 2008年11月11日 / 最新の修正: 2016年5月11日

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    構造の表示

    ムービー
    • 生物学的単位 - 完全な正20面体対称集合体
    • Jmolによる作画
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    • 生物学的単位 - 正20面体対称構造中の5量体部位
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    • 生物学的単位 - 正20面体対称構造中の6量体部位
    • Jmolによる作画
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    • 登録構造単位
    • Jmolによる作画
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    • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
    • マップデータ: EMDB-1563
    • Jmolによる作画
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    ダウンロードとリンク

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    集合体

    登録構造単位
    R: Poliovirus receptor
    1: Protein VP1
    2: Protein VP2
    4: Protein VP4
    3: Protein VP3
    ヘテロ分子

    117 kDa, 7 分子
    分子量 (理論値)分子数
    合計
    (水以外)
    117,2277
    ポリマ-116,5755
    非ポリマ-6522
    4,882271

    Omokage検索
    #1
    R: Poliovirus receptor
    1: Protein VP1
    2: Protein VP2
    4: Protein VP4
    3: Protein VP3
    ヘテロ分子
    x 60
    complete icosahedral assembly / 7.03 MDa, 420 分子
    分子量 (理論値)分子数
    合計
    (水以外)
    7,033,596420
    ポリマ-6,994,470300
    非ポリマ-39,126120
    4,324240
    / 対称操作: (点対称性)x60
    ダウンロード / Omokage検索
    #2登録構造と同一(異なる座標系) / icosahedral asymmetric unit / 対称操作: (点対称性)x1
    #3
    R: Poliovirus receptor
    1: Protein VP1
    2: Protein VP2
    4: Protein VP4
    3: Protein VP3
    ヘテロ分子
    x 5
    icosahedral pentamer / 586 kDa, 35 分子
    分子量 (理論値)分子数
    合計
    (水以外)
    586,13335
    ポリマ-582,87325
    非ポリマ-3,26010
    36020
    / 対称操作: (点対称性)x5
    #4
    R: Poliovirus receptor
    1: Protein VP1
    2: Protein VP2
    4: Protein VP4
    3: Protein VP3
    ヘテロ分子
    x 6
    icosahedral 23 hexamer / 703 kDa, 42 分子
    分子量 (理論値)分子数
    合計
    (水以外)
    703,36042
    ポリマ-699,44730
    非ポリマ-3,91312
    43224
    / 対称操作: (点対称性)x6
    PAU登録構造と同一(異なる座標系) / icosahedral asymmetric unit, std point frame / 対称操作: (transform to point frame)x1

    -
    構成要素

    -
    L型ポリペプチド , 5種, 5分子 R1243

    #1L型ポリペプチド / Poliovirus receptor / Nectin-like protein 5, Necl-5 / 断片: Poliovirus receptor CD155 D1D2 / 変異: N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S / 由来: Homo sapiens (組換発現) / 参照: UniProt: P15151
    #2L型ポリペプチド / Protein VP1 / 由来: Poliovirus type 2 (組換発現) / 参照: UniProt: P06210
    #3L型ポリペプチド / Protein VP2 / 由来: Poliovirus type 2 (組換発現) / 参照: UniProt: P06210
    #4L型ポリペプチド / Protein VP4 / 由来: Poliovirus type 2 (組換発現) / 参照: UniProt: P06210
    #5L型ポリペプチド / Protein VP3 / 由来: Poliovirus type 2 (組換発現) / 参照: UniProt: P06210

    -
    Non-polymers , 3種, 273分子

    #6ChemComp-SC4 / 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE
    #7ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID
    #8ChemComp-HOH / water

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    実験情報

    -
    実験

    実験手法: ELECTRON MICROSCOPY

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    解析

    画像拾い上げ・選択ソフトウェア: EMfit
    3次元再構成分解能: 9 A / ピクセルサイズ(公称値): 2.69 A/pix / ピクセルサイズ(実際の値): 2.66 A/pix
    原子モデル構築ソフトウェア: EMfit / 精密化に使用した空間: REAL
    置いた原子数 #LASTタンパク質: 8152 / 核酸: 0 / リガンド: 38 / 溶媒: 271 / 合計: 8461

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    万見について

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    関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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    • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

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    Omokage検索が速くなりました

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    • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

    関連情報: Omokage検索

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    2016年3月3日: 2月19日の蛋白研セミナーでのプレゼンテーション(PDFファイル)

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