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- PDB-3epf: 2型ポリオウイルスに結合した ポリオウイルス受容体 -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 3epf
タイトルCryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 2
記述子Poliovirus receptor
Protein VP1
Protein VP2
Protein VP4
Protein VP3
キーワードVIRAL PROTEIN / CD155 structure Immunoglobulin Superfamily / poliovirus capsid jelly role / Cell adhesion / Cell membrane / Glycoprotein / Host-virus interaction / Immunoglobulin domain / Membrane / Receptor / Secreted / Transmembrane
試料の由来Homo sapiens / ヒト
Poliovirus type 2 / ウイルス / ポリオウイルス
手法電子顕微鏡 (9 A 分解能)
データ登録者Zhang, P. / Mueller, S. / Morais, M.C. / Bator, C.M. / Bowman, V.D. / Hafenstein, S. / Wimmer, E. / Rossmann, M.G.
引用Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 2008, 105, 18284-18289

Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 2008, 105, 18284-18289 StrPapers
Crystal structure of CD155 and electron microscopic studies of its complexes with polioviruses.
Ping Zhang / Steffen Mueller / Marc C Morais / Carol M Bator / Valorie D Bowman / Susan Hafenstein / Eckard Wimmer / Michael G Rossmann

日付登録: 2008年9月29日 / 公開: 2008年11月11日 / 最新の修正: 2016年5月11日

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  • 生物学的単位 - 完全な正20面体対称集合体
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集合体

登録構造単位
R: Poliovirus receptor
1: Protein VP1
2: Protein VP2
4: Protein VP4
3: Protein VP3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,2277
ポリマ-116,5755
非ポリマ-6522
4,882271
#1
R: Poliovirus receptor
1: Protein VP1
2: Protein VP2
4: Protein VP4
3: Protein VP3
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,033,596420
ポリマ-6,994,470300
非ポリマ-39,126120
4,324240
タイプ名称対称操作
point symmetry operation60
#2


  • 登録構造と同一(異なる座標系)
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作
point symmetry operation1
#3
R: Poliovirus receptor
1: Protein VP1
2: Protein VP2
4: Protein VP4
3: Protein VP3
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 586 kDa, 25 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)586,13335
ポリマ-582,87325
非ポリマ-3,26010
36020
タイプ名称対称操作
point symmetry operation5
#4
R: Poliovirus receptor
1: Protein VP1
2: Protein VP2
4: Protein VP4
3: Protein VP3
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 703 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)703,36042
ポリマ-699,44730
非ポリマ-3,91312
43224
タイプ名称対称操作
point symmetry operation6
PAU


  • 登録構造と同一(異なる座標系)
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作
transform to point frame1

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構成要素

-
L型ポリペプチド , 5種, 5分子 R1243

#1: L型ポリペプチドPoliovirus receptor / Nectin-like protein 5 / Necl-5


分子量: 23330.672 Da / 分子数: 1 / 断片: Poliovirus receptor CD155 D1D2 / 変異: N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S / 由来: (組換発現) Homo sapiens / 参照: UniProt: P15151

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • adherens junction organization (GO: 0034332)
  • cell recognition (GO: 0008037)
  • heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules (GO: 0007157)
  • homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules (GO: 0007156)
  • positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity (GO: 0045954)
  • positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target (GO: 0002860)
  • regulation of immune response (GO: 0050776)
  • susceptibility to natural killer cell mediated cytotoxicity (GO: 0042271)
  • susceptibility to T cell mediated cytotoxicity (GO: 0060370)
#2: L型ポリペプチドProtein VP1


分子量: 30734.809 Da / 分子数: 1 / 由来: (組換発現) Poliovirus type 2 / 参照: UniProt: P06210

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#3: L型ポリペプチドProtein VP2


分子量: 29046.006 Da / 分子数: 1 / 由来: (組換発現) Poliovirus type 2 / 参照: UniProt: P06210

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#4: L型ポリペプチドProtein VP4


分子量: 7347.032 Da / 分子数: 1 / 由来: (組換発現) Poliovirus type 2 / 参照: UniProt: P06210

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#5: L型ポリペプチドProtein VP3


分子量: 26115.982 Da / 分子数: 1 / 由来: (組換発現) Poliovirus type 2 / 参照: UniProt: P06210

細胞要素

分子機能

生物学的過程

-
非ポリマー , 3種, 273分子

#6: 化合物ChemComp-SC4 / 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE


分子量: 423.723 Da / 分子数: 1 / : C21H17Cl3O3
#7: 化合物ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID


分子量: 228.374 Da / 分子数: 1 / : C14H28O2
#8: 水ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: ELECTRON MICROSCOPY

-
解析

画像拾い上げ・選択ソフトウェア: EMfit
3次元再構成分解能: 9 A / ピクセルサイズ(公称値): 2.69 A/pix / ピクセルサイズ(実際の値): 2.66 A/pix
原子モデル構築ソフトウェア: EMfit / 精密化に使用した空間: REAL
置いた原子数 #LASTタンパク質: 8152 / 核酸: 0 / リガンド: 38 / 溶媒: 271 / 合計: 8461

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万見について

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関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

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