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万見
- EMDB-36294: Legionella effector protein SidI -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36294
タイトルLegionella effector protein SidI
マップデータ
試料
  • 複合体: Legionella pneumophila effector proein SidI
    • 複合体: Legionella pneumophila effector protein SidI
    • タンパク質・ペプチド: Legionella pneumophila effector protein SidI
キーワードmannosyltransferase / TOXIN (毒素)
機能・相同性
機能・相同性情報


グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / glutathione transferase activity
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ) / Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (レジオネラ・ニューモフィラ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wang L / Subramanian A / Mukherjee S / Walter P
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
Damon Runyon Cancer Research FoundationDRG-2312-17 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM032384 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM140440 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1K99GM143527-01A1 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI135990 米国
The Pew Charitable TrustsA129837 米国
引用ジャーナル: Nat Cell Biol / 年: 2023
タイトル: A Legionella toxin exhibits tRNA mimicry and glycosyl transferase activity to target the translation machinery and trigger a ribotoxic stress response.
著者: Advait Subramanian / Lan Wang / Tom Moss / Mark Voorhies / Smriti Sangwan / Erica Stevenson / Ernst H Pulido / Samentha Kwok / Robert J Chalkley / Kathy H Li / Nevan J Krogan / Danielle L ...著者: Advait Subramanian / Lan Wang / Tom Moss / Mark Voorhies / Smriti Sangwan / Erica Stevenson / Ernst H Pulido / Samentha Kwok / Robert J Chalkley / Kathy H Li / Nevan J Krogan / Danielle L Swaney / Alma L Burlingame / Stephen N Floor / Anita Sil / Peter Walter / Shaeri Mukherjee /
要旨: A widespread strategy employed by pathogens to establish infection is to inhibit host-cell protein synthesis. Legionella pneumophila, an intracellular bacterial pathogen and the causative organism of ...A widespread strategy employed by pathogens to establish infection is to inhibit host-cell protein synthesis. Legionella pneumophila, an intracellular bacterial pathogen and the causative organism of Legionnaires' disease, secretes a subset of protein effectors into host cells that inhibit translation elongation. Mechanistic insights into how the bacterium targets translation elongation remain poorly defined. We report here that the Legionella effector SidI functions in an unprecedented way as a transfer-RNA mimic that directly binds to and glycosylates the ribosome. The 3.1 Å cryo-electron microscopy structure of SidI reveals an N-terminal domain with an 'inverted L' shape and surface-charge distribution characteristic of tRNA mimicry, and a C-terminal domain that adopts a glycosyl transferase fold that licenses SidI to utilize GDP-mannose as a sugar precursor. This coupling of tRNA mimicry and enzymatic action endows SidI with the ability to block protein synthesis with a potency comparable to ricin, one of the most powerful toxins known. In Legionella-infected cells, the translational pausing activated by SidI elicits a stress response signature mimicking the ribotoxic stress response, which is activated by elongation inhibitors that induce ribosome collisions. SidI-mediated effects on the ribosome activate the stress kinases ZAKα and p38, which in turn drive an accumulation of the protein activating transcription factor 3 (ATF3). Intriguingly, ATF3 escapes the translation block imposed by SidI, translocates to the nucleus and orchestrates the transcription of stress-inducible genes that promote cell death, revealing a major role for ATF3 in the response to collided ribosome stress. Together, our findings elucidate a novel mechanism by which a pathogenic bacterium employs tRNA mimicry to hijack a ribosome-to-nuclear signalling pathway that regulates cell fate.
履歴
登録2023年5月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月30日-
マップ公開2023年8月30日-
更新2024年5月8日-
現状2024年5月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36294.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36294.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.844 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-3.3871741 - 5.1501393
平均 (標準偏差)0.005233813 (±0.1182408)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 216.064 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36294_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36294_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Legionella pneumophila effector proein SidI

全体名称: Legionella pneumophila effector proein SidI
要素
  • 複合体: Legionella pneumophila effector proein SidI
    • 複合体: Legionella pneumophila effector protein SidI
    • タンパク質・ペプチド: Legionella pneumophila effector protein SidI

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超分子 #1: Legionella pneumophila effector proein SidI

超分子名称: Legionella pneumophila effector proein SidI / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
分子量理論値: 100 KDa

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超分子 #2: Legionella pneumophila effector protein SidI

超分子名称: Legionella pneumophila effector protein SidI / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)

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分子 #1: Legionella pneumophila effector protein SidI

分子名称: Legionella pneumophila effector protein SidI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: グルタチオン-S-トランスフェラーゼ
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (レジオネラ・ニューモフィラ)
株: Philadelphia 1
分子量理論値: 134.883031 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSPILGYWKI KGLVQPTRLL LEYLEEKYEE HLYERDEGDK WRNKKFELGL EFPNLPYYID GDVKLTQSMA IIRYIADKHN MLGGCPKER AEISMLEGAV LDIRYGVSRI AYSKDFETLK VDFLSKLPEM LKMFEDRLCH KTYLNGDHVT HPDFMLYDAL D VVLYMDPM ...文字列:
MSPILGYWKI KGLVQPTRLL LEYLEEKYEE HLYERDEGDK WRNKKFELGL EFPNLPYYID GDVKLTQSMA IIRYIADKHN MLGGCPKER AEISMLEGAV LDIRYGVSRI AYSKDFETLK VDFLSKLPEM LKMFEDRLCH KTYLNGDHVT HPDFMLYDAL D VVLYMDPM CLDAFPKLVC FKKRIEAIPQ IDKYLKSSKY IAWPLQGWQA TFGGGDHPPK SDLEVLFQGP GSMTKIYLLT AP FDEEAKT GDGQYAASLE LGFAENYEHI PCKWLKKDKG DYSIPFPTGT TSIPEETIPS AIVLQPVANE NTVISGYKLK DTV SSPEKA QEVNNKTVSP RTPKIIVKHD NSLQSLTIMD IYSQKPIQFD ESKVDEIIHS LETKKVNLEK AIEDNNAELS KIKK QKSKL AYLTRLYKEN KENIQDYCTL NEYIEAHLFN PKFLSRHEKA LNNFKALKSQ FTGPVNLKEL EKLTDKLTGI KEYSY DFHS NSLPYDLEHD KSFRNFYDFD GLKESIESII KELEVLNSIR QAVSDKYPNS FKALNETEEH DDKLKFINII FNDGFS TTY DQQTFIKALS ALDIEKAIDA YTNVKNKLEN TQDIIANKEG CRNKLISELQ TLIANKQEPY LSANEKLGGF YSKRKLS AS EGFHLAYQAN RRDPIKPEVI ENIITKMKPI DEDTHLDIHI RPPDCGVFIT PEDIKKFQEA GIKVNITIHE YKQNYTRR Y LQQYTHDLMR QANSVQFFNA EDRENAIIAA TYGDCDKRNT TEPTGVAKKI REVGEDFDLD KYPVQKYDLK GKSGLTVAS QKLSTEPDHP LDVVAKAPNI LSFGTIRPGK GFEEALKLAQ LIKDNSLSIH EKIKRVPIVK LAGDPQDKAL MKQIVVERFG KTAVKTYQK THPYDNRFNN SQRRDYWKNL VRELNAKVKE EVAVLNNPYI EIYPWCEPHE LLDLKQNCKY VCRMDDMGMR N NGSAIISV LDVGVVYTKF GSVTDDIFIK GGKYGNAVDI GEYRYGKYSL LKKEKEFKEQ HEEEPLPKWL IKNPDSAYKR QS ESRDPKD ILDSIVAREE NQLICDNIED SDNYRTVVEA QKLLKERFTL KNAVDHLLEN IGLGHLIAQE EVDELFETVD PVQ AQIDNL DILSDIKTPR LCLSRSCPEL GFFGSRRGDL EAKQENNKLK ESILVF

UniProtKB: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme, Uncharacterized protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 749000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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