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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35605 | |||||||||
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タイトル | The Rubisco assembly intermidate of Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factor 1 (AtRaf1) and Rubisco large subunit (RbcL) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Rubisco assembly intermediate / CHAPERONE (シャペロン) / LYASE (リアーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / カルボキシソーム / 光呼吸 / リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / 葉緑体 / 葉緑体 / monooxygenase activity / magnesium ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / Synechococcus sp. (strain ATCC 27144 / PCC 6301 / SAUG 1402/1) (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang R / Song H / Zhang W / Wang N / Zhang S / Shao R | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Plant / 年: 2023 タイトル: Structural insights into the functions of Raf1 and Bsd2 in hexadecameric Rubisco assembly. 著者: Ran Wang / Hui Song / Wenjuan Zhang / Ning Wang / Shijia Zhang / Ruiqi Shao / Cuimin Liu / 要旨: Hexadecameric form I Rubisco, which consisting consists of eight large (RbcL) and eight small (RbcS) subunits, is the most abundant enzyme on earth. Extensive efforts to engineer an improved Rubisco ...Hexadecameric form I Rubisco, which consisting consists of eight large (RbcL) and eight small (RbcS) subunits, is the most abundant enzyme on earth. Extensive efforts to engineer an improved Rubisco to speed up its catalytic efficiency and ultimately increase agricultural productivity. However, difficulties with correct folding and assembly in foreign hosts or in vitro have hampered the genetic manipulation of hexadecameric Rubisco. In this study, we reconstituted Synechococcus sp. PCC6301 Rubisco in vitro using the chaperonin system and assembly factors from cyanobacteria and Arabidopsis thaliana (At). Rubisco holoenzyme was produced in the presence of cyanobacterial Rubisco accumulation factor 1 (Raf1) alone or both AtRaf1 and bundle-sheath defective-2 (AtBsd2) from Arabidopsis. RbcL released from GroEL is assembly capable in the presence of ATP, and AtBsd2 functions downstream of AtRaf1. Cryo-EM structures of RbcL-AtRaf1, RbcL-AtRaf1-AtBsd2, and RbcL revealed that the interactions between RbcL and AtRaf1 are looser than those between prokaryotic RbcL and Raf1, with AtRaf1 tilting 7° farther away from RbcL. AtBsd2 stabilizes the flexible regions of RbcL, including the N and C termini, the 60s loop, and loop 6. Using these data, combined with previous findings, we propose the possible biogenesis pathways of prokaryotic and eukaryotic Rubisco. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35605.map.gz | 46.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35605-v30.xml emd-35605.xml | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35605.png | 39.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35605.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_35605_half_map_1.map.gz emd_35605_half_map_2.map.gz | 212.7 MB 212.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35605 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35605 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35605.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.52 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35605_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35605_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : the complex of RbcL and Raf1 (L8F8)
全体 | 名称: the complex of RbcL and Raf1 (L8F8) |
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要素 |
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-超分子 #1: the complex of RbcL and Raf1 (L8F8)
超分子 | 名称: the complex of RbcL and Raf1 (L8F8) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-分子 #1: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
分子 | 名称: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO EC番号: リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Synechococcus sp. (strain ATCC 27144 / PCC 6301 / SAUG 1402/1) (バクテリア) 株: ATCC 27144 / PCC 6301 / SAUG 1402/1 |
分子量 | 理論値: 52.38541 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: PKTQSAAGYK AGVKDYKLTY YTPDYTPKDT DLLAAFRFSP QPGVPADEAG AAIAAESSTG TWTTVWTDLL TDMDRYKGKC YHIEPVQGE ENSYFAFIAY PLDLFEEGSV TNILTSIVGN VFGFKAIRSL RLEDIRFPVA LVKTFQGPPH GIQVERDLLN K YGRPMLGC ...文字列: PKTQSAAGYK AGVKDYKLTY YTPDYTPKDT DLLAAFRFSP QPGVPADEAG AAIAAESSTG TWTTVWTDLL TDMDRYKGKC YHIEPVQGE ENSYFAFIAY PLDLFEEGSV TNILTSIVGN VFGFKAIRSL RLEDIRFPVA LVKTFQGPPH GIQVERDLLN K YGRPMLGC TIKPKLGLSA KNYGRAVYEC LRGGLDFTKD DENINSQPFQ RWRDRFLFVA DAIHKSQAET GEIKGHYLNV TA PTCEEMM KRAEFAKELG MPIIMHDFLT AGFTANTTLA KWCRDNGVLL HIHRAMHAVI DRQRNHGIHF RVLAKCLRLS GGD HLHSGT VVGKLEGDKA STLGFVDLMR EDHIEADRSR GVFFTQDWAS MPGVLPVASG GIHVWHMPAL VEIFGDDSVL QFGG GTLGH PWGNAPGATA NRVALEACVQ ARNEGRDLYR EGGDILREAG KWSPELAAAL DLWKEIKFEF ETMDKL UniProtKB: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain |
-分子 #2: Rubisco accumulation factor 1.2, chloroplastic
分子 | 名称: Rubisco accumulation factor 1.2, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 38.43673 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: SPIPTQFRSL DSAGKIEILA GRMALWFEYA PLISSLYTDG FTPPTIEELT GISSIEQNRL IVGAQVRDSI LQSIHEPELI SAFDTGGAE LLYEIRLLST TQRVAAATFI IDRNIDSKGA QDLARAIKDY PNRRGDVGWL DFDYNLPGDC LSFLYYRQSR E NKNPSDQR ...文字列: SPIPTQFRSL DSAGKIEILA GRMALWFEYA PLISSLYTDG FTPPTIEELT GISSIEQNRL IVGAQVRDSI LQSIHEPELI SAFDTGGAE LLYEIRLLST TQRVAAATFI IDRNIDSKGA QDLARAIKDY PNRRGDVGWL DFDYNLPGDC LSFLYYRQSR E NKNPSDQR TSMLLQALGV AESEKAKNRL NTELYGDRIP VVRLKFGEVA EATSVVVLPV CKAEEGEKKI LEAPMEIIAG GD FKVVEAE KGWKRWVVLP SWNPVAAIGK GGVAVSFRDD RKVLPWDGKE EPLLVVADRV RNVVEADDGY YLVVAENGLK LEK GSDLKA REVKESLGMV VLVVRPPRED UniProtKB: Rubisco accumulation factor 1.2, chloroplastic |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 535498 |