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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35532 | |||||||||
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タイトル | The complexes of RbcL, AtRaf1 and AtBSD2 (LFB) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | RUBISCO ASSEMBL INTERMIDATES / COMPLEX / CHAPERONE (シャペロン) / LYASE-CHAPERONE complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / カルボキシソーム / 光呼吸 / リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / protein folding chaperone complex / 葉緑体 / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone ...ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / カルボキシソーム / 光呼吸 / リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / protein folding chaperone complex / 葉緑体 / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / 葉緑体 / monooxygenase activity / magnesium ion binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / Synechococcus elongatus PCC 6301 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang R / Song H / Zhang W / Wang N / Zhang S / Shao R | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Plant / 年: 2023 タイトル: Structural insights into the functions of Raf1 and Bsd2 in hexadecameric Rubisco assembly. 著者: Ran Wang / Hui Song / Wenjuan Zhang / Ning Wang / Shijia Zhang / Ruiqi Shao / Cuimin Liu / 要旨: Hexadecameric form I Rubisco, which consisting consists of eight large (RbcL) and eight small (RbcS) subunits, is the most abundant enzyme on earth. Extensive efforts to engineer an improved Rubisco ...Hexadecameric form I Rubisco, which consisting consists of eight large (RbcL) and eight small (RbcS) subunits, is the most abundant enzyme on earth. Extensive efforts to engineer an improved Rubisco to speed up its catalytic efficiency and ultimately increase agricultural productivity. However, difficulties with correct folding and assembly in foreign hosts or in vitro have hampered the genetic manipulation of hexadecameric Rubisco. In this study, we reconstituted Synechococcus sp. PCC6301 Rubisco in vitro using the chaperonin system and assembly factors from cyanobacteria and Arabidopsis thaliana (At). Rubisco holoenzyme was produced in the presence of cyanobacterial Rubisco accumulation factor 1 (Raf1) alone or both AtRaf1 and bundle-sheath defective-2 (AtBsd2) from Arabidopsis. RbcL released from GroEL is assembly capable in the presence of ATP, and AtBsd2 functions downstream of AtRaf1. Cryo-EM structures of RbcL-AtRaf1, RbcL-AtRaf1-AtBsd2, and RbcL revealed that the interactions between RbcL and AtRaf1 are looser than those between prokaryotic RbcL and Raf1, with AtRaf1 tilting 7° farther away from RbcL. AtBsd2 stabilizes the flexible regions of RbcL, including the N and C termini, the 60s loop, and loop 6. Using these data, combined with previous findings, we propose the possible biogenesis pathways of prokaryotic and eukaryotic Rubisco. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35532.map.gz | 83.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35532-v30.xml emd-35532.xml | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_35532_fsc.xml | 10.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_35532.png | 126.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35532.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_35532_half_map_1.map.gz emd_35532_half_map_2.map.gz | 70 MB 70 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35532 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35532 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35532.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.076 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35532_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35532_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Rubisco assembly intermidate complex with Syn6301RbcL, AtRaf1 and...
全体 | 名称: Rubisco assembly intermidate complex with Syn6301RbcL, AtRaf1 and AtBsd2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Rubisco assembly intermidate complex with Syn6301RbcL, AtRaf1 and...
超分子 | 名称: Rubisco assembly intermidate complex with Syn6301RbcL, AtRaf1 and AtBsd2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-分子 #1: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
分子 | 名称: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO EC番号: リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Synechococcus elongatus PCC 6301 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 52.516605 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MPKTQSAAGY KAGVKDYKLT YYTPDYTPKD TDLLAAFRFS PQPGVPADEA GAAIAAESST GTWTTVWTDL LTDMDRYKGK CYHIEPVQG EENSYFAFIA YPLDLFEEGS VTNILTSIVG NVFGFKAIRS LRLEDIRFPV ALVKTFQGPP HGIQVERDLL N KYGRPMLG ...文字列: MPKTQSAAGY KAGVKDYKLT YYTPDYTPKD TDLLAAFRFS PQPGVPADEA GAAIAAESST GTWTTVWTDL LTDMDRYKGK CYHIEPVQG EENSYFAFIA YPLDLFEEGS VTNILTSIVG NVFGFKAIRS LRLEDIRFPV ALVKTFQGPP HGIQVERDLL N KYGRPMLG CTIKPKLGLS AKNYGRAVYE CLRGGLDFTK DDENINSQPF QRWRDRFLFV ADAIHKSQAE TGEIKGHYLN VT APTCEEM MKRAEFAKEL GMPIIMHDFL TAGFTANTTL AKWCRDNGVL LHIHRAMHAV IDRQRNHGIH FRVLAKCLRL SGG DHLHSG TVVGKLEGDK ASTLGFVDLM REDHIEADRS RGVFFTQDWA SMPGVLPVAS GGIHVWHMPA LVEIFGDDSV LQFG GGTLG HPWGNAPGAT ANRVALEACV QARNEGRDLY REGGDILREA GKWSPELAAA LDLWKEIKFE FETMDKL UniProtKB: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain |
-分子 #2: Rubisco accumulation factor 1.2, chloroplastic
分子 | 名称: Rubisco accumulation factor 1.2, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 43.732562 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MQQLYQPFRP PSSPIPTQFR SLDSAGKIEI LAGRMALWFE YAPLISSLYT DGFTPPTIEE LTGISSIEQN RLIVGAQVRD SILQSIHEP ELISAFDTGG AELLYEIRLL STTQRVAAAT FIIDRNIDSK GAQDLARAIK DYPNRRGDVG WLDFDYNLPG D CLSFLYYR ...文字列: MQQLYQPFRP PSSPIPTQFR SLDSAGKIEI LAGRMALWFE YAPLISSLYT DGFTPPTIEE LTGISSIEQN RLIVGAQVRD SILQSIHEP ELISAFDTGG AELLYEIRLL STTQRVAAAT FIIDRNIDSK GAQDLARAIK DYPNRRGDVG WLDFDYNLPG D CLSFLYYR QSRENKNPSD QRTSMLLQAL GVAESEKAKN RLNTELYGDK EAEKEKEKKK KEEEVKAIRI PVVRLKFGEV AE ATSVVVL PVCKAEEGEK KILEAPMEII AGGDFKVVEA EKGWKRWVVL PSWNPVAAIG KGGVAVSFRD DRKVLPWDGK EEP LLVVAD RVRNVVEADD GYYLVVAENG LKLEKGSDLK AREVKESLGM VVLVVRPPRE DDDDWQTSHQ NWD UniProtKB: Rubisco accumulation factor 1.2, chloroplastic |
-分子 #3: Protein BUNDLE SHEATH DEFECTIVE 2, chloroplastic
分子 | 名称: Protein BUNDLE SHEATH DEFECTIVE 2, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 8.355468 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAANNNPQGT KPNSLVCANC EGEGCVACSQ CKGGGVNLID HFNGQFKAGA LCWLCRGKKE VLCGDCNGAG FIGGFLSTFD E UniProtKB: Protein BUNDLE SHEATH DEFECTIVE 2, chloroplastic |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |