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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34981 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human NTCP-myr-preS1-YN9048Fab complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | hepatitis (肝炎) / HBV / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bile acid:sodium symporter activity / regulation of bile acid secretion / bile acid and bile salt transport / bile acid signaling pathway / Recycling of bile acids and salts / viral process / response to nutrient levels / response to organic cyclic compound / response to estrogen / cellular response to xenobiotic stimulus ...bile acid:sodium symporter activity / regulation of bile acid secretion / bile acid and bile salt transport / bile acid signaling pathway / Recycling of bile acids and salts / viral process / response to nutrient levels / response to organic cyclic compound / response to estrogen / cellular response to xenobiotic stimulus / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / response to ethanol / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) / Ondatra zibethicus (においねずみ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å | |||||||||
データ登録者 | Asami J / Shimizu T / Ohto U | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Structural basis of hepatitis B virus receptor binding. 著者: Jinta Asami / Jae-Hyun Park / Yayoi Nomura / Chisa Kobayashi / Junki Mifune / Naito Ishimoto / Tomoko Uemura / Kehong Liu / Yumi Sato / Zhikuan Zhang / Masamichi Muramatsu / Takaji Wakita / ...著者: Jinta Asami / Jae-Hyun Park / Yayoi Nomura / Chisa Kobayashi / Junki Mifune / Naito Ishimoto / Tomoko Uemura / Kehong Liu / Yumi Sato / Zhikuan Zhang / Masamichi Muramatsu / Takaji Wakita / David Drew / So Iwata / Toshiyuki Shimizu / Koichi Watashi / Sam-Yong Park / Norimichi Nomura / Umeharu Ohto / 要旨: Hepatitis B virus (HBV), a leading cause of developing hepatocellular carcinoma affecting more than 290 million people worldwide, is an enveloped DNA virus specifically infecting hepatocytes. ...Hepatitis B virus (HBV), a leading cause of developing hepatocellular carcinoma affecting more than 290 million people worldwide, is an enveloped DNA virus specifically infecting hepatocytes. Myristoylated preS1 domain of the HBV large surface protein binds to the host receptor sodium-taurocholate cotransporting polypeptide (NTCP), a hepatocellular bile acid transporter, to initiate viral entry. Here, we report the cryogenic-electron microscopy structure of the myristoylated preS1 (residues 2-48) peptide bound to human NTCP. The unexpectedly folded N-terminal half of the peptide embeds deeply into the outward-facing tunnel of NTCP, whereas the C-terminal half formed extensive contacts on the extracellular surface. Our findings reveal an unprecedented induced-fit mechanism for establishing high-affinity virus-host attachment and provide a blueprint for the rational design of anti-HBV drugs targeting virus entry. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34981.map.gz | 81 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34981-v30.xml emd-34981.xml | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34981.png | 68.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34981.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_34981_half_map_1.map.gz emd_34981_half_map_2.map.gz | 80.9 MB 80.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34981 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34981 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8hrxMC 8hryC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34981.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34981_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34981_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : NTCP-myr-preS1-YN9048Fab
全体 | 名称: NTCP-myr-preS1-YN9048Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: NTCP-myr-preS1-YN9048Fab
超分子 | 名称: NTCP-myr-preS1-YN9048Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Sodium/bile acid cotransporter
分子 | 名称: Sodium/bile acid cotransporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 38.198883 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MEAHNASAPF NFTLPPNFGK RPTDLALSVI LVFMLFFIML SLGCTMEFSK IKAHLWKPKG LAIALVAQYG IMPLTAFVLG KVFRLKNIE ALAILVCGCS PGGNLSNVFS LAMKGDMNLS IVMTTCSTFC ALGMMPLLLY IYSRGIYDGD LKDKVPYKGI V ISLVLVLI ...文字列: MEAHNASAPF NFTLPPNFGK RPTDLALSVI LVFMLFFIML SLGCTMEFSK IKAHLWKPKG LAIALVAQYG IMPLTAFVLG KVFRLKNIE ALAILVCGCS PGGNLSNVFS LAMKGDMNLS IVMTTCSTFC ALGMMPLLLY IYSRGIYDGD LKDKVPYKGI V ISLVLVLI PCTIGIVLKS KRPQYMRYVI KGGMIIILLC SVAVTVLSAI NVGKSIMFAM TPLLIATSSL MPFIGFLLGY VL SALFCLN GRCRRTVSME TGCQNVQLCS TILNVAFPPE VIGPLFFFPL LYMIFQLGEG LLLIAIFWCY EKFKTPKDKT KMI ENLYFQ GDYKDDDDKH HHHHHHH UniProtKB: Hepatic sodium/bile acid cotransporter |
-分子 #2: PreS1 protein (Fragment)
分子 | 名称: PreS1 protein (Fragment) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) |
分子量 | 理論値: 6.229594 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GTNLSVPNPL GFFPDHQLDP AFKANSENPD WDLNPHKDNW PDANKVGDYK DDDDK UniProtKB: PreS1 protein |
-分子 #3: Fab heavy chain from antibody IgG clone number YN9048
分子 | 名称: Fab heavy chain from antibody IgG clone number YN9048 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Ondatra zibethicus (においねずみ) |
分子量 | 理論値: 26.410627 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
配列 | 文字列: EVQLQESGPE LVKPGDSVKM SCKASGYTFT DYYMDWVKQN HGKSLEWIGY IYPYNGGTNY NQKFKGKATL TVDKSSSTAY MELHSLTSE DSAVYYCARR GRFPWLAYWG QGTLVTVSAA KTTPPSVYPL APGCGDTTGS SVTLGCLVKG YFPESVTVTW N SGSLSSSV ...文字列: EVQLQESGPE LVKPGDSVKM SCKASGYTFT DYYMDWVKQN HGKSLEWIGY IYPYNGGTNY NQKFKGKATL TVDKSSSTAY MELHSLTSE DSAVYYCARR GRFPWLAYWG QGTLVTVSAA KTTPPSVYPL APGCGDTTGS SVTLGCLVKG YFPESVTVTW N SGSLSSSV HTFPALLQSG LYTMSSSVTV PSSTWPSQTV TCSVAHPASS TTVDKKLEPS GPISTINPCP PCKECHKCPA PN LEGGPS |
-分子 #4: Fab light chain from antibody IgG clone number YN9048
分子 | 名称: Fab light chain from antibody IgG clone number YN9048 タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Ondatra zibethicus (においねずみ) |
分子量 | 理論値: 23.83123 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
配列 | 文字列: DIVMTQTTSS LSASLGDRVT ISCRASQDIS NYLNWYQQKP DGTVRVLIYY TSRLHSGVPS RFSGSGSGTD FSLTISNLEP EDIATYYCQ QYSKFPWTFG GGTKLEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS ...文字列: DIVMTQTTSS LSASLGDRVT ISCRASQDIS NYLNWYQQKP DGTVRVLIYY TSRLHSGVPS RFSGSGSGTD FSLTISNLEP EDIATYYCQ QYSKFPWTFG GGTKLEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS KDSTYSMSST LTLTKDEYER HNSYTCEATH KTSTSPIVKS FNRNEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 25 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.01% GDN |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 59.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 103000 |