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- EMDB-34470: Conformation 2 of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 Variant Spike protein c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34470
タイトルConformation 2 of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 Variant Spike protein complexed with MO1 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: Spike protein complexed with MO1 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoproteinスパイクタンパク質
    • タンパク質・ペプチド: MO1 heavy-chain
    • タンパク質・ペプチド: MO1 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Ishimaru H / Nishimura M / Sutandhio S / Shigematsu H / Kato K / Hasegawa N / Mori Y
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2023
タイトル: Identification and Analysis of Monoclonal Antibodies with Neutralizing Activity against Diverse SARS-CoV-2 Variants.
著者: Hanako Ishimaru / Mitsuhiro Nishimura / Lidya Handayani Tjan / Silvia Sutandhio / Maria Istiqomah Marini / Gema Barlian Effendi / Hideki Shigematsu / Koji Kato / Natsumi Hasegawa / Kaito Aoki ...著者: Hanako Ishimaru / Mitsuhiro Nishimura / Lidya Handayani Tjan / Silvia Sutandhio / Maria Istiqomah Marini / Gema Barlian Effendi / Hideki Shigematsu / Koji Kato / Natsumi Hasegawa / Kaito Aoki / Yukiya Kurahashi / Koichi Furukawa / Mai Shinohara / Tomoka Nakamura / Jun Arii / Tatsuya Nagano / Sachiko Nakamura / Shigeru Sano / Sachiyo Iwata / Shinya Okamura / Yasuko Mori /
要旨: We identified neutralizing monoclonal antibodies against severe acute respiratory syndrome-coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants (including Omicron variants BA.5 and BA.2.75) from individuals who ...We identified neutralizing monoclonal antibodies against severe acute respiratory syndrome-coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants (including Omicron variants BA.5 and BA.2.75) from individuals who received two doses of mRNA vaccination after they had been infected with the D614G virus. We named them MO1, MO2, and MO3. Among them, MO1 showed particularly high neutralizing activity against authentic variants: D614G, Delta, BA.1, BA.1.1, BA.2, BA.2.75, and BA.5. Furthermore, MO1 suppressed BA.5 infection in hamsters. A structural analysis revealed that MO1 binds to the conserved epitope of seven variants, including Omicron variants BA.5 and BA.2.75, in the receptor-binding domain of the spike protein. MO1 targets an epitope conserved among Omicron variants BA.1, BA.2, and BA.5 in a unique binding mode. Our findings confirm that D614G-derived vaccination can induce neutralizing antibodies that recognize the epitopes conserved among the SARS-CoV-2 variants. Omicron variants of SARS-CoV-2 acquired escape ability from host immunity and authorized antibody therapeutics and thereby have been spreading worldwide. We reported that patients infected with an early SARS-CoV-2 variant, D614G, and who received subsequent two-dose mRNA vaccination have high neutralizing antibody titer against Omicron lineages. It was speculated that the patients have neutralizing antibodies broadly effective against SARS-CoV-2 variants by targeting common epitopes. Here, we explored human monoclonal antibodies from B cells of the patients. One of the monoclonal antibodies, named MO1, showed high potency against broad SARS-CoV-2 variants including BA.2.75 and BA.5 variants. The results prove that monoclonal antibodies that have common neutralizing epitopes among several Omicrons were produced in patients infected with D614G and who received mRNA vaccination.
履歴
登録2022年10月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月10日-
マップ公開2023年5月10日-
更新2023年8月2日-
現状2023年8月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34470.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34470.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.752 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.005
最小 - 最大-0.03979564 - 0.05826086
平均 (標準偏差)0.000036836616 (±0.0009225407)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 385.024 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34470_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34470_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34470_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Spike protein complexed with MO1 Fab

全体名称: Spike protein complexed with MO1 Fab
要素
  • 複合体: Spike protein complexed with MO1 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoproteinスパイクタンパク質
    • タンパク質・ペプチド: MO1 heavy-chain
    • タンパク質・ペプチド: MO1 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Spike protein complexed with MO1 Fab

超分子名称: Spike protein complexed with MO1 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 139.267922 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHVISG TNGTKRFDNP VLPFNDGVY FASIEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL DHKNNKSWME SEFRVYSSAN N CTFEYVSQ ...文字列:
MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHVISG TNGTKRFDNP VLPFNDGVY FASIEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL DHKNNKSWME SEFRVYSSAN N CTFEYVSQ PFLMDLEGKQ GNFKNLREFV FKNIDGYFKI YSKHTPIIVR EPEDLPQGFS ALEPLVDLPI GINITRFQTL LA LHRSYLT PGDSSSGWTA GAAAYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTLKSFTVEK GIYQTSNFRV QPT ESIVRF PNITNLCPFD EVFNATRFAS VYAWNRKRIS NCVADYSVLY NLAPFFTFKC YGVSPTKLND LCFTNVYADS FVIR GDEVR QIAPGQTGNI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NKLDSKVSGN YNYLYRLFRK SNLKPFERDI STEIYQAGNK PCNGV AGFN CYFPLRSYSF RPTYGVGHQP YRVVVLSFEL LHAPATVCGP KKSTNLVKNK CVNFNFNGLK GTGVLTESNK KFLPFQ QFG RDIADTTDAV RDPQTLEILD ITPCSFGGVS VITPGTNTSN QVAVLYQGVN CTEVPVAIHA DQLTPTWRVY STGSNVF QT RAGCLIGAEY VNNSYECDIP IGAGICASYQ TQTKSHASVA SQSIIAYTMS LGAENSVAYS NNSIAIPTNF TISVTTEI L PVSMTKTSVD CTMYICGDST ECSNLLLQYG SFCTQLKRAL TGIAVEQDKN TQEVFAQVKQ IYKTPPIKYF GGFNFSQIL PDPSKPSKRS PIEDLLFNKV TLADAGFIKQ YGDCLGDIAA RDLICAQKFK GLTVLPPLLT DEMIAQYTSA LLAGTITSGW TFGAGPALQ IPFPMQMAYR FNGIGVTQNV LYENQKLIAN QFNSAIGKIQ DSLSSTPSAL GKLQDVVNHN AQALNTLVKQ L SSKFGAIS SVLNDIFSRL DPPEAEVQID RLITGRLQSL QTYVTQQLIR AAEIRASANL AATKMSECVL GQSKRVDFCG KG YHLMSFP QSAPHGVVFL HVTYVPAQEK NFTTAPAICH DGKAHFPREG VFVSNGTHWF VTQRNFYEPQ IITTDNTFVS GNC DVVIGI VNNTVYDPLQ PELDSFKEEL DKYFKNHTSP DVDLGDISGI NASVVNIQKE IDRLNEVAKN LNESLIDLQE LGKY EQYIK WPLEVLFQGP GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VFLSTFLGHH HHHH

UniProtKB: スパイクタンパク質

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分子 #2: MO1 heavy-chain

分子名称: MO1 heavy-chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 48.630184 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG MVQPGRSLRL SCAASGFTFD DYAMHWVRQI PGKGLEWVSG ISWNSGDIGY ADSVKGRFTI SRDNAKNSLH LQMNSLRAE DTALYYCAKD KTYDSPGYFL NSFDYWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列:
EVQLVESGGG MVQPGRSLRL SCAASGFTFD DYAMHWVRQI PGKGLEWVSG ISWNSGDIGY ADSVKGRFTI SRDNAKNSLH LQMNSLRAE DTALYYCAKD KTYDSPGYFL NSFDYWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKKVEPKSC DKTHKCLDIQ MT QSPSSLS ASVGDRVTIT CRASQGISSY LVWYQQKPGK APKFLIYAAS TLQSGVPSRF SGSGSGTDFT LTISSLQPED FAT YYCQQL YSYPITFGQG TRLEIKRTVA APSVFIFPPS DEQLKSGTAS VVCLLNNFYP REAKVQWKVD NALQSGNSQE SVTE QDSKD STYSLSSTLT LSKADYEKHK VYACEVTHQG LSSPVTKSFN RGEC

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分子 #3: MO1 light chain

分子名称: MO1 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.433045 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQGIS SYLVWYQQKP GKAPKFLIYA ASTLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QLYSYPITFG QGTRLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQGIS SYLVWYQQKP GKAPKFLIYA ASTLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QLYSYPITFG QGTRLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 28 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度9.4 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
20.0 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン
150.0 mMNaCl塩化ナトリウム
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: An initial model was generated de novo from 2D classification.
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 226284
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8h3n:
Conformation 2 of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 Variant Spike protein complexed with MO1 Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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