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- EMDB-34462: Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8(removed)-CSN complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34462
タイトルCryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8(removed)-CSN complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8-CSN complex
    • 複合体: CSN
      • タンパク質・ペプチド: x 8種
    • 複合体: KBTBD2, Cullin-3, Rbx1
      • タンパク質・ペプチド: x 3種
  • リガンド: x 1種
キーワードligase (リガーゼ) / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / COP9 signalosome assembly / trophectodermal cell proliferation / macrophage migration inhibitory factor binding / liver morphogenesis / positive regulation of mitotic cell cycle phase transition / trophectodermal cellular morphogenesis / POZ domain binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / exosomal secretion ...regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / COP9 signalosome assembly / trophectodermal cell proliferation / macrophage migration inhibitory factor binding / liver morphogenesis / positive regulation of mitotic cell cycle phase transition / trophectodermal cellular morphogenesis / POZ domain binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / exosomal secretion / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / deNEDDylase activity / GTPase inhibitor activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / polar microtubule / regulation of protein neddylation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / protein deneddylation / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / COPII vesicle coating / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / stem cell division / cellular response to chemical stress / NEDD8 transferase activity / RHOBTB3 ATPase cycle / cullin-RING ubiquitin ligase complex / embryonic cleavage / cell projection organization / COP9 signalosome / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / metal-dependent deubiquitinase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / positive regulation of protein autoubiquitination / protein neddylation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / Notch binding / NEDD8 ligase activity / RHOBTB1 GTPase cycle / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / fibroblast apoptotic process / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of Rho protein signal transduction / SCF複合体 / inner cell mass cell proliferation / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of type I interferon production / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / mitotic metaphase chromosome alignment / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / stress fiber assembly / protein deubiquitination / Prolactin receptor signaling / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of cytokinesis / protein monoubiquitination / cullin family protein binding / regulation of JNK cascade / response to light stimulus / sperm flagellum / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / protein autoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / RHOBTB2 GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / gastrulation / JNK cascade / positive regulation of TORC1 signaling / translation initiation factor activity / T細胞 / Regulation of BACH1 activity / cyclin binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / post-translational protein modification / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of protein ubiquitination / integrin-mediated signaling pathway / Degradation of DVL / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Degradation of GLI1 by the proteasome / Negative regulation of NOTCH4 signaling / cellular response to amino acid stimulus / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Hedgehog 'on' state / DNA Damage Recognition in GG-NER / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / protein destabilization / RING-type E3 ubiquitin transferase / response to insulin / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / neuron differentiation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Kelch repeat and BTB domain-containing protein 2 / : / COP9 signalosome, subunit CSN8 / COP9 signalosome complex subunit 7, helix I / : / : / COP9 signalosome complex subunit 7a helix I domain / COP9 signalosome complex subunit 1, C-terminal helix / COP9 signalosome complex subunit 3-like, C-terminal helix / COP9 signalosome subunit 6 ...Kelch repeat and BTB domain-containing protein 2 / : / COP9 signalosome, subunit CSN8 / COP9 signalosome complex subunit 7, helix I / : / : / COP9 signalosome complex subunit 7a helix I domain / COP9 signalosome complex subunit 1, C-terminal helix / COP9 signalosome complex subunit 3-like, C-terminal helix / COP9 signalosome subunit 6 / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / COP9 signalosome complex subunit 4, helix turn helix domain / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / CSN4/RPN5/eIF3a helix turn helix domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7, N-terminal / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7/COP9 signalosome complex subunit 1 / 26S proteasome subunit RPN7 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12/COP9 signalosome complex subunit 4 / BTB-kelch protein / PCI/PINT associated module / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Cullin protein neddylation domain / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin protein neddylation domain / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Kelch / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Cullin / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Kelch-type beta propeller / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COP9 signalosome complex subunit 2 / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / COP9 signalosome complex subunit 1 / Cullin-3 / COP9 signalosome complex subunit 6 / Kelch repeat and BTB domain-containing protein 2 / COP9 signalosome complex subunit 5 / COP9 signalosome complex subunit 8 / COP9 signalosome complex subunit 4 / COP9 signalosome complex subunit 7b / COP9 signalosome complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.51 Å
データ登録者Hu Y / Mao Q / Chen Z / Sun L
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81900729 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Dynamic molecular architecture and substrate recruitment of cullin3-RING E3 ligase CRL3.
著者: Yuxia Hu / Zhao Zhang / Qiyu Mao / Xiang Zhang / Aihua Hao / Yu Xun / Yeda Wang / Lin Han / Wuqiang Zhan / Qianying Liu / Yue Yin / Chao Peng / Eva Marie Y Moresco / Zhenguo Chen / Bruce Beutler / Lei Sun /
要旨: Phosphatidylinositol 3-kinase α, a heterodimer of catalytic p110α and one of five regulatory subunits, mediates insulin- and insulin like growth factor-signaling and, frequently, oncogenesis. ...Phosphatidylinositol 3-kinase α, a heterodimer of catalytic p110α and one of five regulatory subunits, mediates insulin- and insulin like growth factor-signaling and, frequently, oncogenesis. Cellular levels of the regulatory p85α subunit are tightly controlled by regulated proteasomal degradation. In adipose tissue and growth plates, failure of K48-linked p85α ubiquitination causes diabetes, lipodystrophy and dwarfism in mice, as in humans with SHORT syndrome. Here we elucidated the structures of the key ubiquitin ligase complexes regulating p85α availability. Specificity is provided by the substrate receptor KBTBD2, which recruits p85α to the cullin3-RING E3 ubiquitin ligase (CRL3). CRL3 forms multimers, which disassemble into dimers upon substrate binding (CRL3-p85α) and/or neddylation by the activator NEDD8 (CRL3~N8), leading to p85α ubiquitination and degradation. Deactivation involves dissociation of NEDD8 mediated by the COP9 signalosome and displacement of KBTBD2 by the inhibitor CAND1. The hereby identified structural basis of p85α regulation opens the way to better understanding disturbances of glucose regulation, growth and cancer.
履歴
登録2022年10月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月11日-
マップ公開2023年10月11日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34462.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34462.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.088 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.001
最小 - 最大-0.0019514496 - 1.7253063
平均 (標準偏差)0.0010082665 (±0.018930692)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 451.00803 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34462_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_34462_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8-CSN complex

全体名称: Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8-CSN complex
要素
  • 複合体: Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8-CSN complex
    • 複合体: CSN
      • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 5
      • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 3
      • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 4
      • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 6
      • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 7b
      • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 8
    • 複合体: KBTBD2, Cullin-3, Rbx1
      • タンパク質・ペプチド: Kelch repeat and BTB domain-containing protein 2
      • タンパク質・ペプチド: Cullin-3
      • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8-CSN complex

超分子名称: Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8-CSN complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #2: CSN

超分子名称: CSN / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#8

+
超分子 #3: KBTBD2, Cullin-3, Rbx1

超分子名称: KBTBD2, Cullin-3, Rbx1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #9-#11

+
分子 #1: COP9 signalosome complex subunit 5

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.621742 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAASGSGMAQ KTWELANNMQ EAQSIDEIYK YDKKQQQEIL AAKPWTKDHH YFKYCKISAL ALLKMVMHAR SGGNLEVMGL MLGKVDGET MIIMDSFALP VEGTETRVNA QAAAYEYMAA YIENAKQVGR LENAIGWYHS HPGYGCWLSG IDVSTQMLNQ Q FQEPFVAV ...文字列:
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UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 5

+
分子 #2: COP9 signalosome complex subunit 1

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.122176 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MRDSSAPSSA SSSVTDLYCT PHSSRSDLVL PGTAGDFSLS ASLSACTLLY EGAVEPMQID VDPQEDPQNA PDVNYVVENP SLDLEQYAA SYSGLMRIER LQFIADHCPT LRVEALKMAL SFVQRTFNVD MYEEIHRKLS EATRELQNAP DAIPESGVEP P ALDTAWVE ...文字列:
MRDSSAPSSA SSSVTDLYCT PHSSRSDLVL PGTAGDFSLS ASLSACTLLY EGAVEPMQID VDPQEDPQNA PDVNYVVENP SLDLEQYAA SYSGLMRIER LQFIADHCPT LRVEALKMAL SFVQRTFNVD MYEEIHRKLS EATRELQNAP DAIPESGVEP P ALDTAWVE ATRKKALLKL EKLDTDLKNY KGNSIKESIR RGHDDLGDHY LDCGDLSNAL KCYSRARDYC TSAKHVINMC LN VIKVSVY LQNWSHVLSY VSKAESTPEI AEQRGERDSQ TQAILTKLKC AAGLAELAAR KYKQAAKCLL LASFDHCDFP ELL SPSNVA IYGGLCALAT FDRQELQRNV ISSSSFKLFL ELEPQVRDII FKFYESKYAS CLKMLDEMKD NLLLDMYLAP HVRT LYTQI RNRALIQYFS PYVSADMHRM AAAFNTTVAA LEDELTQLIL EGLISARVDS HSKILYARDV DQRSTTFEKS LLMGK EFQR RAKAMMLRAA VLRNQIHVKS PPREGSQGEL TPANSQSRMS TNM

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 1

+
分子 #3: COP9 signalosome complex subunit 2

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.66457 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSDMEDDFMC DDEEDYDLEY SEDSNSEPNV DLENQYYNSK ALKEDDPKAA LSSFQKVLEL EGEKGEWGFK ALKQMIKINF KLTNFPEMM NRYKQLLTYI RSAVTRNYSE KSINSILDYI STSKQMDLLQ EFYETTLEAL KDAKNDRLWF KTNTKLGKLY L EREEYGKL ...文字列:
MSDMEDDFMC DDEEDYDLEY SEDSNSEPNV DLENQYYNSK ALKEDDPKAA LSSFQKVLEL EGEKGEWGFK ALKQMIKINF KLTNFPEMM NRYKQLLTYI RSAVTRNYSE KSINSILDYI STSKQMDLLQ EFYETTLEAL KDAKNDRLWF KTNTKLGKLY L EREEYGKL QKILRQLHQS CQTDDGEDDL KKGTQLLEIY ALEIQMYTAQ KNNKKLKALY EQSLHIKSAI PHPLIMGVIR EC GGKMHLR EGEFEKAHTD FFEAFKNYDE SGSPRRTTCL KYLVLANMLM KSGINPFDSQ EAKPYKNDPE ILAMTNLVSA YQN NDITEF EKILKTNHSN IMDDPFIREH IEELLRNIRT QVLIKLIKPY TRIHIPFISK ELNIDVADVE SLLVQCILDN TIHG RIDQV NQLLELDHQK RGGARYTALD KWTNQLNSLN QAVVSKLA

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 2

+
分子 #4: COP9 signalosome complex subunit 3

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.924008 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MASALEQFVN SVRQLSAQGQ MTQLCELINK SGELLAKNLS HLDTVLGALD VQEHSLGVLA VLFVKFSMPS VPDFETLFSQ VQLFISTCN GEHIRYATDT FAGLCHQLTN ALVERKQPLR GIGILKQAID KMQMNTNQLT SIHADLCQLC LLAKCFKPAL P YLDVDMMD ...文字列:
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UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 3

+
分子 #5: COP9 signalosome complex subunit 4

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.322688 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAAAVRQDLA QLMNSSGSHK DLAGKYRQIL EKAIQLSGAE QLEALKAFVE AMVNENVSLV ISRQLLTDFC THLPNLPDST AKEIYHFTL EKIQPRVISF EEQVASIRQH LASIYEKEED WRNAAQVLVG IPLETGQKQY NVDYKLETYL KIARLYLEDD D PVQAEAYI ...文字列:
MAAAVRQDLA QLMNSSGSHK DLAGKYRQIL EKAIQLSGAE QLEALKAFVE AMVNENVSLV ISRQLLTDFC THLPNLPDST AKEIYHFTL EKIQPRVISF EEQVASIRQH LASIYEKEED WRNAAQVLVG IPLETGQKQY NVDYKLETYL KIARLYLEDD D PVQAEAYI NRASLLQNES TNEQLQIHYK VCYARVLDYR RKFIEAAQRY NELSYKTIVH ESERLEALKH ALHCTILASA GQ QRSRMLA TLFKDERCQQ LAAYGILEKM YLDRIIRGNQ LQEFAAMLMP HQKATTADGS SILDRAVIEH NLLSASKLYN NIT FEELGA LLEIPAAKAE KIASQMITEG RMNGFIDQID GIVHFETREA LPTWDKQIQS LCFQVNNLLE KISQTAPEWT AQAM EAQMA Q

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 4

+
分子 #6: COP9 signalosome complex subunit 6

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.203398 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAAAAAAAAA TNGTGGSSGM EVDAAVVPSV MACGVTGSVS VALHPLVILN ISDHWIRMRS QEGRPVQVIG ALIGKQEGRN IEVMNSFEL LSHTVEEKII IDKEYYYTKE EQFKQVFKEL EFLGWYTTGG PPDPSDIHVH KQVCEIIESP LFLKLNPMTK H TDLPVSVF ...文字列:
MAAAAAAAAA TNGTGGSSGM EVDAAVVPSV MACGVTGSVS VALHPLVILN ISDHWIRMRS QEGRPVQVIG ALIGKQEGRN IEVMNSFEL LSHTVEEKII IDKEYYYTKE EQFKQVFKEL EFLGWYTTGG PPDPSDIHVH KQVCEIIESP LFLKLNPMTK H TDLPVSVF ESVIDIINGE ATMLFAELTY TLATEEAERI GVDHVARMTA TGSGENSTVA EHLIAQHSAI KMLHSRVKLI LE YVKASEA GEVPFNHEIL REAYALCHCL PVLSTDKFKT DFYDQCNDVG LMAYLGTITK TCNTMNQFVN KFNVLYDRQG IGR RMRGLF F

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 6

+
分子 #7: COP9 signalosome complex subunit 7b

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 7b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.656928 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAGEQKPSSN LLEQFILLAK GTSGSALTAL ISQVLEAPGV YVFGELLELA NVQELAEGAN AAYLQLLNLF AYGTYPDYIA NKESLPELS TAQQNKLKHL TIVSLASRMK CIPYSVLLKD LEMRNLRELE DLIIEAVYTD IIQGKLDQRN QLLEVDFCIG R DIRKKDIN ...文字列:
MAGEQKPSSN LLEQFILLAK GTSGSALTAL ISQVLEAPGV YVFGELLELA NVQELAEGAN AAYLQLLNLF AYGTYPDYIA NKESLPELS TAQQNKLKHL TIVSLASRMK CIPYSVLLKD LEMRNLRELE DLIIEAVYTD IIQGKLDQRN QLLEVDFCIG R DIRKKDIN NIVKTLHEWC DGCEAVLLGI EQQVLRANQY KENHNRTQQQ VEAEVTNIKK TLKATASSSA QEMEQQLAER EC PPHAEQR QPTKKMSKVK GLVSSRH

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 7b

+
分子 #8: COP9 signalosome complex subunit 8

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.245543 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MPVAVMAESA FSFKKLLDQC ENQELEAPGG IATPPVYGQL LALYLLHNDM NNARYLWKRI PPAIKSANSE LGGIWSVGQR IWQRDFPGI YTTINAHQWS ETVQPIMEAL RDATRRRAFA LVSQAYTSII ADDFAAFVGL PVEEAVKGIL EQGWQADSTT R MVLPRKPV ...文字列:
MPVAVMAESA FSFKKLLDQC ENQELEAPGG IATPPVYGQL LALYLLHNDM NNARYLWKRI PPAIKSANSE LGGIWSVGQR IWQRDFPGI YTTINAHQWS ETVQPIMEAL RDATRRRAFA LVSQAYTSII ADDFAAFVGL PVEEAVKGIL EQGWQADSTT R MVLPRKPV AGALDVSFNK FIPLSEPAPV PPIPNEQQLA RLTDYVAFLE N

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 8

+
分子 #9: Kelch repeat and BTB domain-containing protein 2

分子名称: Kelch repeat and BTB domain-containing protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 71.431375 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSTQDERQIN TEYAVSLLEQ LKLFYEQQLF TDIVLIVEGT EFPCHKMVLA TCSSYFRAMF MSGLSESKQT HVHLRNVDAA TLQIIITYA YTGNLAMNDS TVEQLYETAC FLQVEDVLQR CREYLIKKIN AENCVRLLSF ADLFSCEELK QSAKRMVEHK F TAVYHQDA ...文字列:
MSTQDERQIN TEYAVSLLEQ LKLFYEQQLF TDIVLIVEGT EFPCHKMVLA TCSSYFRAMF MSGLSESKQT HVHLRNVDAA TLQIIITYA YTGNLAMNDS TVEQLYETAC FLQVEDVLQR CREYLIKKIN AENCVRLLSF ADLFSCEELK QSAKRMVEHK F TAVYHQDA FMQLSHDLLI DILSSDNLNV EKEETVREAA MLWLEYNTES RSQYLSSVLS QIRIDALSEV TQRAWFQGLP PN DKSVVVQ GLYKDMPKFF KPRLGMTKEE MMIFIEASSE NPCSLYSSVC YSPQAEKVYK LCSPPADLHK VGTVVTPDND IYI AGGQVP LKNTKTNHSK TSKLQTAFRT VNCFYWFDAQ QNTWFPKTPM LFVRIKPSLV CCEGYIYAIG GDSVGGELNR RTVE RYDTE KDEWTMVSPL PCAWQWSAAV VVHDCIYVMT LNLMYCYFPR SDSWVEMAMR QTSRSFASAA AFGDKIFYIG GLHIA TNSG IRLPSGTVDG SSVTVEIYDV NKNEWKMAAN IPAKRYSDPC VRAVVISNSL CVFMRETHLN ERAKYVTYQY DLELDR WSL RQHISERVLW DLGRDFRCTV GKLYPSCLEE SPWKPPTYLF STDGTEEFEL DGEMVALPPV

UniProtKB: Kelch repeat and BTB domain-containing protein 2

+
分子 #10: Cullin-3

分子名称: Cullin-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 89.063328 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSNLSKGTGS RKDTKMRIRA FPMTMDEKYV NSIWDLLKNA IQEIQRKNNS GLSFEELYRN AYTMVLHKHG EKLYTGLREV VTEHLINKV REDVLNSLNN NFLQTLNQAW NDHQTAMVMI RDILMYMDRV YVQQNNVENV YNLGLIIFRD QVVRYGCIRD H LRQTLLDM ...文字列:
MSNLSKGTGS RKDTKMRIRA FPMTMDEKYV NSIWDLLKNA IQEIQRKNNS GLSFEELYRN AYTMVLHKHG EKLYTGLREV VTEHLINKV REDVLNSLNN NFLQTLNQAW NDHQTAMVMI RDILMYMDRV YVQQNNVENV YNLGLIIFRD QVVRYGCIRD H LRQTLLDM IARERKGEVV DRGAIRNACQ MLMILGLEGR SVYEEDFEAP FLEMSAEFFQ MESQKFLAEN SASVYIKKVE AR INEEIER VMHCLDKSTE EPIVKVVERE LISKHMKTIV EMENSGLVHM LKNGKTEDLG CMYKLFSRVP NGLKTMCECM SSY LREQGK ALVSEEGEGK NPVDYIQGLL DLKSRFDRFL LESFNNDRLF KQTIAGDFEY FLNLNSRSPE YLSLFIDDKL KKGV KGLTE QEVETILDKA MVLFRFMQEK DVFERYYKQH LARRLLTNKS VSDDSEKNMI SKLKTECGCQ FTSKLEGMFR DMSIS NTTM DEFRQHLQAT GVSLGGVDLT VRVLTTGYWP TQSATPKCNI PPAPRHAFEI FRRFYLAKHS GRQLTLQHHM GSADLN ATF YGPVKKEDGS EVGVGGAQVT GSNTRKHILQ VSTFQMTILM LFNNREKYTF EEIQQETDIP ERELVRALQS LACGKPT QR VLTKEPKSKE IENGHIFTVN DQFTSKLHRV KIQTVAAKQG ESDPERKETR QKVDDDRKHE IEAAIVRIMK SRKKMQHN V LVAEVTQQLK ARFLPSPVVI KKRIEGLIER EYLARTPEDR KVYTYVA

UniProtKB: Cullin-3

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分子 #11: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.289977 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MAAAMDVDTP SGTNSGAGKK RFEVKKWNAV ALWAWDIVVD NCAICRNHIM DLCIECQANQ ASATSEECTV AWGVCNHAFH FHCISRWLK TRQVCPLDNR EWEFQKYGH

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

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分子 #12: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 53.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4d10


詳細: 6r7f
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 55391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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