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- EMDB-34136: Complex structure of Clostridioides difficile binary toxin folded... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34136
タイトルComplex structure of Clostridioides difficile binary toxin folded CDTa-bound CDTb-pore (short).
マップデータ
試料
  • 複合体: Clostridioides difficile transferase complex
    • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosylating binary toxin binding subunit CdtB
    • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosylating binary toxin enzymatic subunit CdtA
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
機能・相同性
機能・相同性情報


protein homooligomerization / transferase activity / nucleotide binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Binary exotoxin A, clostridial type / Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 2 / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 3 / ADP ribosyltransferase ...Binary exotoxin A, clostridial type / Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 2 / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 3 / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / PA14 domain / PA14 / PA14 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosyltransferase binding component / ADP-ribosyltransferase enzymatic component
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Yamada T / Kawamoto A / Yoshida T / Sato Y / Kato T / Tsuge H
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
Japan Science and Technology 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures of the translocational binary toxin complex CDTa-bound CDTb-pore from Clostridioides difficile.
著者: Akihiro Kawamoto / Tomohito Yamada / Toru Yoshida / Yusui Sato / Takayuki Kato / Hideaki Tsuge /
要旨: Some bacteria express a binary toxin translocation system, consisting of an enzymatic subunit and translocation pore, that delivers enzymes into host cells through endocytosis. The most clinically ...Some bacteria express a binary toxin translocation system, consisting of an enzymatic subunit and translocation pore, that delivers enzymes into host cells through endocytosis. The most clinically important bacterium with such a system is Clostridioides difficile (formerly Clostridium). The CDTa and CDTb proteins from its system represent important therapeutic targets. CDTb has been proposed to be a di-heptamer, but its physiological heptameric structure has not yet been reported. Here, we report the cryo-EM structure of CDTa bound to the CDTb-pore, which reveals that CDTa binding induces partial unfolding and tilting of the first CDTa α-helix. In the CDTb-pore, an NSS-loop exists in 'in' and 'out' conformations, suggesting its involvement in substrate translocation. Finally, 3D variability analysis revealed CDTa movements from a folded to an unfolded state. These dynamic structural information provide insights into drug design against hypervirulent C. difficile strains.
履歴
登録2022年8月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月26日-
マップ公開2022年10月26日-
更新2022年11月2日-
現状2022年11月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34136.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34136.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-0.42247656 - 1.0843935
平均 (標準偏差)0.00010658212 (±0.031602386)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 380.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_34136_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34136_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34136_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Clostridioides difficile transferase complex

全体名称: Clostridioides difficile transferase complex
要素
  • 複合体: Clostridioides difficile transferase complex
    • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosylating binary toxin binding subunit CdtB
    • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosylating binary toxin enzymatic subunit CdtA
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム

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超分子 #1: Clostridioides difficile transferase complex

超分子名称: Clostridioides difficile transferase complex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)

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分子 #1: ADP-ribosylating binary toxin binding subunit CdtB

分子名称: ADP-ribosylating binary toxin binding subunit CdtB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル)
分子量理論値: 75.657141 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: NNNFFDPKLM SDWEDEDLDT DNDNIPDSYE RNGYTIKDLI AVKWEDSFAE QGYKKYVSNY LESNTAGDPY TDYEKASGSF DKAIKTEAR DPLVAAYPIV GVGMEKLIIS TNEHASTDQG KTVSRATTNS KTESNTAGVS VNVGYQNGFT ANVTTNYSHT T DNSTAVQD ...文字列:
NNNFFDPKLM SDWEDEDLDT DNDNIPDSYE RNGYTIKDLI AVKWEDSFAE QGYKKYVSNY LESNTAGDPY TDYEKASGSF DKAIKTEAR DPLVAAYPIV GVGMEKLIIS TNEHASTDQG KTVSRATTNS KTESNTAGVS VNVGYQNGFT ANVTTNYSHT T DNSTAVQD SNGESWNTGL SINKGESAYI NANVRYYNTG TAPMYKVTPT TNLVLDGDTL STIKAQENQI GNNLSPGDTY PK KGLSPLA LNTMDQFSSR LIPINYDQLK KLDAGKQIKL ETTQVSGNFG TKNSSGQIVT EGNSWSDYIS QIDSISASII LDT ENESYE RRVTAKNLQD PEDKTPELTI GEAIEKAFGA TKKDGLLYFN DIPIDESCVE LIFDDNTANK IKDSLKTLSD KKIY NVKLE RGMNILIKTP TYFTNFDDYN NYPSTWSNVN TTNQDGLQGS ANKLNGETKI KIPMSELKPY KRYVFSGYSK DPLTS NSII VKIKAKEEKT DYLVPEQGYT KFSYEFETTE KDSSNIEITL IGSGTTYLDN LSITELNSTP EILDEPEVKI PTDQEI MDA HKIYFADLNF NPSTGNTYIN GMYFAPTQTN KEALDYIQKY RVEATLQYSG FKDIGTKDKE MRNYLGDPNQ PKTNYVN LR SYFTGGENIM TYKKLRIYAI TPDDRELLVL SVD

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分子 #2: ADP-ribosylating binary toxin enzymatic subunit CdtA

分子名称: ADP-ribosylating binary toxin enzymatic subunit CdtA
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル)
分子量理論値: 49.420469 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: APIERPEDFL KDKEKAKEWE RKEAERIEQK LERSEKEALE SYKKDSVEIS KYSQTRNYFY DYQIEANSRE KEYKELRNAI SKNKIDKPM YVYYFESPEK FAFNKVIRTE NQNEISLEKF NEFKETIQNK LFKQDGFKDI SLYEPGKGDE KPTPLLMHLK L PRNTGMLP ...文字列:
APIERPEDFL KDKEKAKEWE RKEAERIEQK LERSEKEALE SYKKDSVEIS KYSQTRNYFY DYQIEANSRE KEYKELRNAI SKNKIDKPM YVYYFESPEK FAFNKVIRTE NQNEISLEKF NEFKETIQNK LFKQDGFKDI SLYEPGKGDE KPTPLLMHLK L PRNTGMLP YTNTNNVSTL IEQGYSIKID KIVRIVIDGK HYIKAEASVV SSLDFKDDVS KGDSWGKANY NDWSNKLTPN EL ADVNDYM RGGYTAINNY LISNGPVNNP NPELDSKITN IENALKREPI PTNLTVYRRS GPQEFGLTLT SPEYDFNKLE NID AFKSKW EGQALSYPNF ISTSIGSVNM SAFAKRKIVL RITIPKGSPG AYLSAIPGYA GEYEVLLNHG SKFKINKIDS YKDG TITKL IVDATLIPEN LYFQGLEHHH HHH

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 21 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.58 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 10 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM CaCl2, and 0.003% (w/v) LMNG
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11284 / 平均露光時間: 3.36 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 735102
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 24981

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

7vnj

,

2wn6

)
得られたモデル

PDB-7yvq:
Complex structure of Clostridioides difficile binary toxin folded CDTa-bound CDTb-pore (short).

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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