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- EMDB-31598: luteinizing hormone/choriogonadotropin receptor-chorionic gonadot... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31598
タイトルluteinizing hormone/choriogonadotropin receptor-chorionic gonadotropin-Gs complex
マップデータ
試料
  • 複合体: luteinizing hormone/choriogonadotropin receptor-chorionic gonadotropin-Gs complex
    • 複合体: Glycoprotein hormones alpha chain
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein hormones alpha chain
    • 複合体: Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor
      • タンパク質・ペプチド: Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor
    • 複合体: Choriogonadotropin subunit beta 3ヒト絨毛性ゴナドトロピン
      • タンパク質・ペプチド: Choriogonadotropin subunit beta 3ヒト絨毛性ゴナドトロピン
    • 複合体: Gs proteins
      • タンパク質・ペプチド: Engineered Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
機能・相同性
機能・相同性情報


luteinizing hormone receptor activity / choriogonadotropin hormone receptor activity / choriogonadotropin hormone binding / regulation of steroid hormone biosynthetic process / development of secondary male sexual characteristics / luteinizing hormone signaling pathway / follicle-stimulating hormone activity / follicle-stimulating hormone complex / pituitary gonadotropin complex / luteinizing hormone secretion ...luteinizing hormone receptor activity / choriogonadotropin hormone receptor activity / choriogonadotropin hormone binding / regulation of steroid hormone biosynthetic process / development of secondary male sexual characteristics / luteinizing hormone signaling pathway / follicle-stimulating hormone activity / follicle-stimulating hormone complex / pituitary gonadotropin complex / luteinizing hormone secretion / follicle-stimulating hormone secretion / positive regulation of steroid biosynthetic process / 排卵 / Thyroxine biosynthesis / Mineralocorticoid biosynthesis / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / Hormone ligand-binding receptors / 性腺刺激ホルモン / Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway / Androgen biosynthesis / follicle-stimulating hormone signaling pathway / ovulation cycle process / female gamete generation / cellular response to gonadotropin stimulus / positive regulation of hormone biosynthetic process / negative regulation of organ growth / cellular response to luteinizing hormone stimulus / protein targeting to lysosome / male genitalia development / thyroid hormone generation / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Activation of G protein gated Potassium channels / Ca2+ pathway / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G protein-coupled peptide receptor activity / G alpha (z) signalling events / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / regulation of signaling receptor activity / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Glucagon-type ligand receptors / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / arachidonic acid secretion / organ growth / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / spectrin binding / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / seminiferous tubule development / uterus development / peptide hormone binding / thyroid gland development / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / centriolar satellite / photoreceptor outer segment / positive regulation of calcium-mediated signaling / ovarian follicle development / cardiac muscle cell apoptotic process / activation of adenylate cyclase activity / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / hormone-mediated signaling pathway / photoreceptor inner segment / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / 認識
類似検索 - 分子機能
Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor / Gonadotropin, beta subunit, conserved site / Glycoprotein hormones beta chain signature 1. / Glycoprotein hormones beta chain signature 2. / Glycoprotein hormone beta chain homologues. / Glycoprotein hormone alpha chain / Glycoprotein hormone / Glycoprotein hormones alpha chain signature 1. / Glycoprotein hormones alpha chain signature 2. / Glycoprotein hormones alpha chain family profile. ...Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor / Gonadotropin, beta subunit, conserved site / Glycoprotein hormones beta chain signature 1. / Glycoprotein hormones beta chain signature 2. / Glycoprotein hormone beta chain homologues. / Glycoprotein hormone alpha chain / Glycoprotein hormone / Glycoprotein hormones alpha chain signature 1. / Glycoprotein hormones alpha chain signature 2. / Glycoprotein hormones alpha chain family profile. / Glycoprotein hormone alpha chain homologues. / Gonadotropin, beta subunit / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / Glycoprotein hormone receptor family / BspA type Leucine rich repeat region / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / Cystine-knot cytokine / Leucine-rich repeat domain superfamily / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoprotein hormones alpha chain / Choriogonadotropin subunit beta 3 / Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Bos taurus (ウシ) / Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Duan J / Xu P / Cheng X / Mao C / Croll T / He X / Shi J / Luan X / Yin W / You E ...Duan J / Xu P / Cheng X / Mao C / Croll T / He X / Shi J / Luan X / Yin W / You E / Liu Q / Zhang S / Jiang H / Zhang Y / Jiang Y / Xu HE
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0507002 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structures of full-length glycoprotein hormone receptor signalling complexes.
著者: Jia Duan / Peiyu Xu / Xi Cheng / Chunyou Mao / Tristan Croll / Xinheng He / Jingjing Shi / Xiaodong Luan / Wanchao Yin / Erli You / Qiufeng Liu / Shuyang Zhang / Hualiang Jiang / Yan Zhang / ...著者: Jia Duan / Peiyu Xu / Xi Cheng / Chunyou Mao / Tristan Croll / Xinheng He / Jingjing Shi / Xiaodong Luan / Wanchao Yin / Erli You / Qiufeng Liu / Shuyang Zhang / Hualiang Jiang / Yan Zhang / Yi Jiang / H Eric Xu /
要旨: Luteinizing hormone and chorionic gonadotropin are glycoprotein hormones that are related to follicle-stimulating hormone and thyroid-stimulating hormone. Luteinizing hormone and chorionic ...Luteinizing hormone and chorionic gonadotropin are glycoprotein hormones that are related to follicle-stimulating hormone and thyroid-stimulating hormone. Luteinizing hormone and chorionic gonadotropin are essential to human reproduction and are important therapeutic drugs. They activate the same G-protein-coupled receptor, luteinizing hormone-choriogonadotropin receptor (LHCGR), by binding to the large extracellular domain. Here we report four cryo-electron microscopy structures of LHCGR: two structures of the wild-type receptor in the inactive and active states; and two structures of the constitutively active mutated receptor. The active structures are bound to chorionic gonadotropin and the stimulatory G protein (G), and one of the structures also contains Org43553, an allosteric agonist. The structures reveal a distinct 'push-and-pull' mechanism of receptor activation, in which the extracellular domain is pushed by the bound hormone and pulled by the extended hinge loop next to the transmembrane domain. A highly conserved 10-residue fragment (P10) from the hinge C-terminal loop at the interface between the extracellular domain and the transmembrane domain functions as a tethered agonist to induce conformational changes in the transmembrane domain and G-protein coupling. Org43553 binds to a pocket of the transmembrane domain and interacts directly with P10, which further stabilizes the active conformation. Together, these structures provide a common model for understanding the signalling of glycoprotein hormone receptors and a basis for drug discovery for endocrine diseases.
履歴
登録2021年7月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月29日-
マップ公開2021年9月29日-
更新2022年2月16日-
現状2022年2月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0154
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0154
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7fii
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31598.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31598.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.071 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0154 / ムービー #1: 0.0154
最小 - 最大-0.028076783 - 0.06082688
平均 (標準偏差)3.649775e-05 (±0.0021950365)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 274.176 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0711.0711.071
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z274.176274.176274.176
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-220-220-220
NX/NY/NZ440440440
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0280.0610.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : luteinizing hormone/choriogonadotropin receptor-chorionic gonadot...

全体名称: luteinizing hormone/choriogonadotropin receptor-chorionic gonadotropin-Gs complex
要素
  • 複合体: luteinizing hormone/choriogonadotropin receptor-chorionic gonadotropin-Gs complex
    • 複合体: Glycoprotein hormones alpha chain
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein hormones alpha chain
    • 複合体: Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor
      • タンパク質・ペプチド: Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor
    • 複合体: Choriogonadotropin subunit beta 3ヒト絨毛性ゴナドトロピン
      • タンパク質・ペプチド: Choriogonadotropin subunit beta 3ヒト絨毛性ゴナドトロピン
    • 複合体: Gs proteins
      • タンパク質・ペプチド: Engineered Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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超分子 #1: luteinizing hormone/choriogonadotropin receptor-chorionic gonadot...

超分子名称: luteinizing hormone/choriogonadotropin receptor-chorionic gonadotropin-Gs complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Glycoprotein hormones alpha chain

超分子名称: Glycoprotein hormones alpha chain / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor

超分子名称: Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

+
超分子 #4: Choriogonadotropin subunit beta 3

超分子名称: Choriogonadotropin subunit beta 3 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #5: Gs proteins

超分子名称: Gs proteins / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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分子 #1: Engineered Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha

分子名称: Engineered Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 41.879465 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RATHRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRIYHVNG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RATHRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRIYHVNG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTSGIFETK FQVDKVNFHM FDVGAQRDER RKWIQCFNDV TAIIFVVDSS DYNRLQEALN DF KSIWNNR WLRTISVILF LNKQDLLAEK VLAGKSKIED YFPEFARYTT PEDATPEPGE DPRVTRAKYF IRDEFLRIST ASG DGRHYC YPHFTCSVDT ENARRIFNDC RDIIQRMHLR QYELL

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 38.613176 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: HHHHHHGSLL QSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC R FLDDNQIV ...文字列:
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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

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分子 #4: Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor

分子名称: Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 78.629797 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDVEN LYFQGASALC PEPCNCVPDG ALRCPGPTAG LTRLSLAYLP VKVIPSQAFR GLNEVIKIEI SQIDSLERIE ANAFDNLLN LSEILIQNTK NLRYIEPGAF INLPRLKYLS ICNTGIRKFP DVTKVFSSES NFILEICDNL HITTIPGNAF Q GMNNESVT ...文字列:
DYKDDDDVEN LYFQGASALC PEPCNCVPDG ALRCPGPTAG LTRLSLAYLP VKVIPSQAFR GLNEVIKIEI SQIDSLERIE ANAFDNLLN LSEILIQNTK NLRYIEPGAF INLPRLKYLS ICNTGIRKFP DVTKVFSSES NFILEICDNL HITTIPGNAF Q GMNNESVT LKLYGNGFEE VQSHAFNGTT LTSLELKENV HLEKMHNGAF RGATGPKTLD ISSTKLQALP SYGLESIQRL IA TSSYSLK KLPSRETFVN LLEATLTYPS HCCAFRNLPT KEQNFSHSIS ENFSKQCEST VRKVNNKTLY SSMLAESELS GWD YEYGFC LPKTPRCAPE PDAFNPCEDI MGYDFLRVLI WLINILAIMG NMTVLFVLLT SRYKLTVPRF LMCNLSFADF CMGL YLLLI ASVDSQTKGQ YYNHAIDWQT GSGCSTAGFF TVFASELSVY TLTVITLERW HTITYAIHLD QKLRLRHAIL IMLGG WLFS SLIAMLPLVG VSNYMKVSIC FPMDVETTLS QVYILTILIL NVVAFFIICA CYIKIYFAVR NPELMATNKD TKIAKK MAI LIFTDFTCMA PISFFAISAA FKVPLITVTN SKVLLVLFYP INSCANPFLY AIFTKTFQRD FFLLLSKFGC CKRRAEL YR RKDFSAYTSN CKNGFTGSNK PSQSTLKLST LHCQGTALLD KTRYTECHHH HHHHH

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分子 #5: Glycoprotein hormones alpha chain

分子名称: Glycoprotein hormones alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.091188 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MDYYRKYAAI FLVTLSVFLH VLHSAPDVQD CPECTLQENP FFSQPGAPIL QCMGCCFSRA YPTPLRSKKT MLVQKNVTSE STCCVAKSY NRVTVMGGFK VENHTACHCS TCYYHKS

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分子 #6: Choriogonadotropin subunit beta 3

分子名称: Choriogonadotropin subunit beta 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.755732 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MEMFQGLLLL LLLSMGGTWA SKEPLRPRCR PINATLAVEK EGCPVCITVN TTICAGYCPT MTRVLQGVLP ALPQVVCNYR DVRFESIRL PGCPRGVNPV VSYAVALSCQ CALCRRSTTD CGGPKDHPLT CDDPRFQDSS SSKAPPPSLP SPSRLPGPSD T PILPQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 620536

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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