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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31113 | |||||||||
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タイトル | SCP promoter-bound TFIID-TFIIA in initial TBP-loading state | |||||||||
![]() | SCP promoter-bound TFIID-TFIIA in initial TBP-loading state | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / DNA-templated transcription open complex formation / allantois development / pre-snoRNP complex / negative regulation of protein autoubiquitination / transcription factor TFTC complex / negative regulation of MHC class II biosynthetic process ...spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / DNA-templated transcription open complex formation / allantois development / pre-snoRNP complex / negative regulation of protein autoubiquitination / transcription factor TFTC complex / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / TFIIH-class transcription factor complex binding / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / SLIK (SAGA-like) complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / hepatocyte differentiation / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of androgen receptor activity / maintenance of protein location in nucleus / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / C2H2 zinc finger domain binding / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Chen X / Wu Z / Li J / Zhao D / Xu Y | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into preinitiation complex assembly on core promoters. 著者: Xizi Chen / Yilun Qi / Zihan Wu / Xinxin Wang / Jiabei Li / Dan Zhao / Haifeng Hou / Yan Li / Zishuo Yu / Weida Liu / Mo Wang / Yulei Ren / Ze Li / Huirong Yang / Yanhui Xu / ![]() 要旨: Transcription factor IID (TFIID) recognizes core promoters and supports preinitiation complex (PIC) assembly for RNA polymerase II (Pol II)-mediated eukaryotic transcription. We determined the ...Transcription factor IID (TFIID) recognizes core promoters and supports preinitiation complex (PIC) assembly for RNA polymerase II (Pol II)-mediated eukaryotic transcription. We determined the structures of human TFIID-based PIC in three stepwise assembly states and revealed two-track PIC assembly: stepwise promoter deposition to Pol II and extensive modular reorganization on track I (on TATA-TFIID-binding element promoters) versus direct promoter deposition on track II (on TATA-only and TATA-less promoters). The two tracks converge at an ~50-subunit holo PIC in identical conformation, whereby TFIID stabilizes PIC organization and supports loading of cyclin-dependent kinase (CDK)-activating kinase (CAK) onto Pol II and CAK-mediated phosphorylation of the Pol II carboxyl-terminal domain. Unexpectedly, TBP of TFIID similarly bends TATA box and TATA-less promoters in PIC. Our study provides structural visualization of stepwise PIC assembly on highly diversified promoters. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 9.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 35.3 KB 35.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 96.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7egdMC ![]() 7edxC ![]() 7eg7C ![]() 7eg8C ![]() 7eg9C ![]() 7egaC ![]() 7egbC ![]() 7egcC ![]() 7egeC ![]() 7egfC ![]() 7eggC ![]() 7eghC ![]() 7egiC ![]() 7egjC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | SCP promoter-bound TFIID-TFIIA in initial TBP-loading state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : SCP promoter-bound TFIID-TFIIA in initial TBP-loading state
+超分子 #1: SCP promoter-bound TFIID-TFIIA in initial TBP-loading state
+分子 #1: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
+分子 #2: Transcription initiation factor TFIID subunit 2
+分子 #3: Transcription initiation factor TFIID subunit 4
+分子 #4: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
+分子 #5: Transcription initiation factor TFIID subunit 6
+分子 #6: Transcription initiation factor TFIID subunit 7
+分子 #7: Transcription initiation factor TFIID subunit 8
+分子 #8: Transcription initiation factor TFIID subunit 9
+分子 #9: Transcription initiation factor TFIID subunit 10
+分子 #10: Transcription initiation factor TFIID subunit 12
+分子 #11: Transcription initiation factor IIA subunit 2
+分子 #12: TATA-box-binding protein
+分子 #13: Transcription initiation factor IIA subunit 1
+分子 #16: Transcription initiation factor TFIID subunit 3
+分子 #17: Transcription initiation factor TFIID subunit 11
+分子 #18: Transcription initiation factor TFIID subunit 13
+分子 #14: DNA (72-MER)
+分子 #15: DNA (72-MER)
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 100170 |