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- EMDB-29695: CryoEM structure of yeast recombination mediator Rad52 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29695
タイトルCryoEM structure of yeast recombination mediator Rad52
マップデータ
試料
  • 複合体: Rad52 decamer
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair and recombination protein RAD52
キーワードRecombination mediator protein / DNA repair (DNA修復) / Apo structure / Decamer (オリゴマー) / RECOMBINATION (遺伝的組換え)
機能・相同性
機能・相同性情報


HDR through Single Strand Annealing (SSA) / meiotic joint molecule formation / double-strand break repair via single-strand annealing / DNA amplification / DNA/DNA annealing activity / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / telomere maintenance via recombination / DNA recombinase assembly / mitotic recombination / double-strand break repair via break-induced replication ...HDR through Single Strand Annealing (SSA) / meiotic joint molecule formation / double-strand break repair via single-strand annealing / DNA amplification / DNA/DNA annealing activity / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / telomere maintenance via recombination / DNA recombinase assembly / mitotic recombination / double-strand break repair via break-induced replication / DNA strand exchange activity / postreplication repair / mitochondrial DNA repair / nuclear chromosome / double-strand break repair via homologous recombination / ミトコンドリア / 細胞核
類似検索 - 分子機能
DNA recombination/repair protein Rad52 / DNA repair protein Rad52/59/22 / Rad52 family / DNA repair protein Rad52/59/22 superfamily / Rad52/22 family double-strand break repair protein
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair and recombination protein RAD52
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Deveryshetty J / Basore K / Rau M / Fitzpatrick JAJ / Antony E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM133967, GM130746 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Yeast Rad52 is a homodecamer and possesses BRCA2-like bipartite Rad51 binding modes.
著者: Jaigeeth Deveryshetty / Rahul Chadda / Jenna R Mattice / Simrithaa Karunakaran / Michael J Rau / Katherine Basore / Nilisha Pokhrel / Noah Englander / James A J Fitzpatrick / Brian Bothner / Edwin Antony /
要旨: Homologous recombination (HR) is an essential double-stranded DNA break repair pathway. In HR, Rad52 facilitates the formation of Rad51 nucleoprotein filaments on RPA-coated ssDNA. Here, we decipher ...Homologous recombination (HR) is an essential double-stranded DNA break repair pathway. In HR, Rad52 facilitates the formation of Rad51 nucleoprotein filaments on RPA-coated ssDNA. Here, we decipher how Rad52 functions using single-particle cryo-electron microscopy and biophysical approaches. We report that Rad52 is a homodecameric ring and each subunit possesses an ordered N-terminal and disordered C-terminal half. An intrinsic structural asymmetry is observed where a few of the C-terminal halves interact with the ordered ring. We describe two conserved charged patches in the C-terminal half that harbor Rad51 and RPA interacting motifs. Interactions between these patches regulate ssDNA binding. Surprisingly, Rad51 interacts with Rad52 at two different bindings sites: one within the positive patch in the disordered C-terminus and the other in the ordered ring. We propose that these features drive Rad51 nucleation onto a single position on the DNA to promote formation of uniform pre-synaptic Rad51 filaments in HR.
履歴
登録2023年2月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月15日-
マップ公開2023年11月15日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29695.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29695.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.94 Å
密度
表面レベル登録者による: 7.9
最小 - 最大-26.399206 - 59.779198000000001
平均 (標準偏差)-0.000000000003631 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 282.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29695_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29695_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rad52 decamer

全体名称: Rad52 decamer
要素
  • 複合体: Rad52 decamer
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair and recombination protein RAD52

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超分子 #1: Rad52 decamer

超分子名称: Rad52 decamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Full length yeast Rad52 expressed with chitin binding domain (CBD) tag. CBD was removed by thiol induced cleavage by intein.
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 細胞中の位置: Nucleus
分子量理論値: 520 kDa/nm

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分子 #1: DNA repair and recombination protein RAD52

分子名称: DNA repair and recombination protein RAD52 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 52.476496 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MNEIMDMDEK KPVFGNHSED IQTKLDKKLG PEYISKRVGF GTSRIAYIEG WRVINLANQI FGYNGWSTEV KSVVIDFLDE RQGKFSIGC TAIVRVTLTS GTYREDIGYG TVENERRKPA AFERAKKSAV TDALKRSLRG FGNALGNCLY DKDFLAKIDK V KFDPPDFD ...文字列:
MNEIMDMDEK KPVFGNHSED IQTKLDKKLG PEYISKRVGF GTSRIAYIEG WRVINLANQI FGYNGWSTEV KSVVIDFLDE RQGKFSIGC TAIVRVTLTS GTYREDIGYG TVENERRKPA AFERAKKSAV TDALKRSLRG FGNALGNCLY DKDFLAKIDK V KFDPPDFD ENNLFRPTDE ISESSRTNTL HENQEQQQYP NKRRQLTKVT NTNPDSTKNL VKIENTVSRG TPMMAAPAEA NS KNSSNKD TDLKSLDASK QDQDDLLDDS LMFSDDFQDD DLINMGNTNS NVLTTEKDPV VAKQSPTASS NPEAEQITFV TAK AATSVQ NERYIGEESI FDPKYQAQSI RHTVDQTTSK HIPASVLKDK TMTTARDSVY EKFAPKGKQL SMKNNDKELG PHML EGAGN QVPRETTPIK TNATAFPPAA APRFAPPSKV VHPNGNGAVP AVPQQRSTRR EVGRPKINPL HARKPT

UniProtKB: DNA repair and recombination protein RAD52

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMHEPESN-2-hydroxyethylpiperazine-N-2-ethane sulfonic acid
100.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium Chloride塩化ナトリウム
1.0 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 97 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 150000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.7 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 701962
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / ソフトウェア - 詳細: heterogeneous refinement
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C10 (10回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 使用した粒子像数: 46845
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Initial model was built de novo in ModelAngelo tool. the best-looking subunit was real space refined in Phenix, followed by manual building in Coot. Later C10 symmetry was applied, and real space refined in Phenix.
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8g3g:
CryoEM structure of yeast recombination mediator Rad52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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