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万見
- EMDB-29663: CryoEM structure of cytoplasmic GAPDH under 24h Oxidative Stress -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29663
タイトルCryoEM structure of cytoplasmic GAPDH under 24h Oxidative Stress
マップデータGAPDH, cyto, oxidative stress 24h, overall, d2Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
試料
  • 複合体: GAPDHGlyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
    • タンパク質・ペプチド: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenaseGlyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
キーワードGAPDH / energy (エネルギー) / cytosolic protein (細胞質基質) / TRANSFERASE (転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの / peptidyl-cysteine S-nitrosylase activity / peptidyl-cysteine S-trans-nitrosylation / グリセルアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼ (リン酸化) / killing by host of symbiont cells / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / negative regulation of endopeptidase activity / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / 糖新生 / GAIT complex ...転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの / peptidyl-cysteine S-nitrosylase activity / peptidyl-cysteine S-trans-nitrosylation / グリセルアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼ (リン酸化) / killing by host of symbiont cells / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / negative regulation of endopeptidase activity / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / 糖新生 / GAIT complex / 解糖系 / positive regulation of type I interferon production / regulation of macroautophagy / defense response to fungus / lipid droplet / positive regulation of cytokine production / glycolytic process / microtubule cytoskeleton organization / cellular response to type II interferon / glucose metabolic process / NAD binding / microtubule cytoskeleton / disordered domain specific binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / NADP binding / microtubule binding / neuron apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / 核膜 / killing of cells of another organism / vesicle / negative regulation of translation / protein stabilization / ribonucleoprotein complex / intracellular membrane-bounded organelle / perinuclear region of cytoplasm / extracellular exosome / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Choi WY / Wu H / Cheng YF / Manglik A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD) 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Efficient tagging of endogenous proteins in human cell lines for structural studies by single-particle cryo-EM.
著者: Wooyoung Choi / Hao Wu / Klaus Yserentant / Bo Huang / Yifan Cheng /
要旨: CRISPR/Cas9-based genome engineering has revolutionized our ability to manipulate biological systems, particularly in higher organisms. Here, we designed a set of homology-directed repair donor ...CRISPR/Cas9-based genome engineering has revolutionized our ability to manipulate biological systems, particularly in higher organisms. Here, we designed a set of homology-directed repair donor templates that enable efficient tagging of endogenous proteins with affinity tags by transient transfection and selection of genome-edited cells in various human cell lines. Combined with technological advancements in single-particle cryogenic electron microscopy, this strategy allows efficient structural studies of endogenous proteins captured in their native cellular environment and during different cellular processes. We demonstrated this strategy by tagging six different human proteins in both HEK293T and Jurkat cells. Moreover, analysis of endogenous glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) in HEK293T cells allowed us to follow its behavior spatially and temporally in response to prolonged oxidative stress, correlating the increased number of oxidation-induced inactive catalytic sites in GAPDH with its translocation from cytosol to nucleus.
履歴
登録2023年2月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月27日-
マップ公開2023年12月27日-
更新2023年12月27日-
現状2023年12月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29663.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29663.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈GAPDH, cyto, oxidative stress 24h, overall, d2
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0073
最小 - 最大-0.01112765 - 0.030894276
平均 (標準偏差)0.000051653245 (±0.0011373608)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 200.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: GAPDH, cyto, oxidative stress 24h, active, single subunit...

ファイルemd_29663_additional_1.map
注釈GAPDH, cyto, oxidative stress 24h, active, single subunit analysis, class4
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: GAPDH, cyto, oxidative stress 24h, inactive, single subunit...

ファイルemd_29663_additional_2.map
注釈GAPDH, cyto, oxidative stress 24h, inactive, single subunit analysis, class1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: GAPDH, cyto, oxidative stress 24h, nondefined, single subunit...

ファイルemd_29663_additional_3.map
注釈GAPDH, cyto, oxidative stress 24h, nondefined, single subunit analysis, class2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: GAPDH, cyto, oxidative stress 24h, nondefined, single subunit...

ファイルemd_29663_additional_4.map
注釈GAPDH, cyto, oxidative stress 24h, nondefined, single subunit analysis, class3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: GAPDH, cyto, oxidative stress 24h, nondefined, single subunit...

ファイルemd_29663_additional_5.map
注釈GAPDH, cyto, oxidative stress 24h, nondefined, single subunit analysis, class5
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: GAPDH, cyto, oxidative stress 24h, halfmap1, d2

ファイルemd_29663_half_map_1.map
注釈GAPDH, cyto, oxidative stress 24h, halfmap1, d2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: GAPDH, cyto, oxidative stress 24h, halfmap2, d2

ファイルemd_29663_half_map_2.map
注釈GAPDH, cyto, oxidative stress 24h, halfmap2, d2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GAPDH

全体名称: GAPDHGlyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
要素
  • 複合体: GAPDHGlyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
    • タンパク質・ペプチド: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenaseGlyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase

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超分子 #1: GAPDH

超分子名称: GAPDH / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

分子名称: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
EC番号: グリセルアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼ (リン酸化)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.967969 KDa
配列文字列: GKVKVGVNGF GRIGRLVTRA AFNSGKVDIV AINDPFIDLN YMVYMFQYDS THGKFHGTVK AENGKLVING NPITIFQERD PSKIKWGDA GAEYVVESTG VFTTMEKAGA HLQGGAKRVI ISAPSADAPM FVMGVNHEKY DNSLKIISNA SCTTNCLAPL A KVIHDNFG ...文字列:
GKVKVGVNGF GRIGRLVTRA AFNSGKVDIV AINDPFIDLN YMVYMFQYDS THGKFHGTVK AENGKLVING NPITIFQERD PSKIKWGDA GAEYVVESTG VFTTMEKAGA HLQGGAKRVI ISAPSADAPM FVMGVNHEKY DNSLKIISNA SCTTNCLAPL A KVIHDNFG IVEGLMTTVH AITATQKTVD GPSGKLWRDG RGALQNIIPA STGAAKAVGK VIPELNGKLT GMAFRVPTAN VS VVDLTCR LEKPAKYDDI KKVVKQASEG PLKGILGYTE HQVVSSDFNS DTHSSTFDAG AGIALNDHFV KLISWYDNEF GYS NRVVDL MAHMASKE

UniProtKB: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 45.8 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 598578

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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