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万見
- EMDB-29044: Structure of Zanidatamab bound to HER2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29044
タイトルStructure of Zanidatamab bound to HER2
マップデータcryosparc refined map
試料
  • 複合体: Complex of Zanidatamab and HER2
    • タンパク質・ペプチド: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
    • タンパク質・ペプチド: Zanidatamab Heavy Chain A
    • タンパク質・ペプチド: Zanidatamab Light Chain A
    • タンパク質・ペプチド: Zanidatamab Heavy Chain B
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / regulation of microtubule-based process / ErbB-3 class receptor binding / semaphorin receptor complex / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse ...negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / regulation of microtubule-based process / ErbB-3 class receptor binding / semaphorin receptor complex / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / motor neuron axon guidance / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / PLCG1 events in ERBB2 signaling / ERBB2-EGFR signaling pathway / neuromuscular junction development / positive regulation of Rho protein signal transduction / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / oligodendrocyte differentiation / ERBB2 Regulates Cell Motility / semaphorin-plexin signaling pathway / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of protein targeting to membrane / regulation of angiogenesis / coreceptor activity / Schwann cell development / Signaling by ERBB2 / cellular response to epidermal growth factor stimulus / 髄鞘 / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / SHC1 events in ERBB2 signaling / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / 神経発生 / basal plasma membrane / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of translation / positive regulation of epithelial cell proliferation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / positive regulation of MAP kinase activity / wound healing / neuromuscular junction / Signaling by ERBB2 ECD mutants / neuron differentiation / Signaling by ERBB2 KD Mutants / 受容体型チロシンキナーゼ / receptor tyrosine kinase binding / cellular response to growth factor stimulus / Downregulation of ERBB2 signaling / ruffle membrane / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / transmembrane signaling receptor activity / PIP3 activates AKT signaling / 髄鞘 / presynaptic membrane / heart development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / エンドソーム / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / endosome membrane / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / positive regulation of protein phosphorylation / protein heterodimerization activity / protein phosphorylation / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / シグナル伝達 / 核質 / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Worrall LJ / Atkinson CE / Sanches M / Dixit S / Strynadka NCJ
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Not funded カナダ
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Zanidatamab, an Anti-HER2 Biparatopic that Induces Unique Surface HER2 Clusters and Complement-Dependent Cytotoxicity
著者: Weisser N / Wickman G / Sanches M / Escobar-Cabrera E / O'Toole J / Abraham L / Guedia J / Baichoo P / Volkers G / Schrag J / Choi K / Grothe S / Baardsnes J / Worrall LJ / Atkinson CE / ...著者: Weisser N / Wickman G / Sanches M / Escobar-Cabrera E / O'Toole J / Abraham L / Guedia J / Baichoo P / Volkers G / Schrag J / Choi K / Grothe S / Baardsnes J / Worrall LJ / Atkinson CE / Harbourne B / Cheng CW / Whalen E / Smith J / Zwierzchowski P / Zwaagstra J / Jolicoeur N / Lippens J / Fung V / Black S / Dargahi D / Samiotakis A / Chan P / Stevens C / Farber P / Mukhopadhyay A / Browman D / Strynadka NCJ / Gold MR / Dixit S
履歴
登録2022年12月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月22日-
マップ公開2023年2月22日-
更新2023年2月22日-
現状2023年2月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29044.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29044.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryosparc refined map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.081728 - 2.9249535
平均 (標準偏差)0.0025737681 (±0.08785227)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 358.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: cryosparc refined half map

ファイルemd_29044_half_map_1.map
注釈cryosparc refined half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: cryosparc refined half map

ファイルemd_29044_half_map_2.map
注釈cryosparc refined half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Zanidatamab and HER2

全体名称: Complex of Zanidatamab and HER2
要素
  • 複合体: Complex of Zanidatamab and HER2
    • タンパク質・ペプチド: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
    • タンパク質・ペプチド: Zanidatamab Heavy Chain A
    • タンパク質・ペプチド: Zanidatamab Light Chain A
    • タンパク質・ペプチド: Zanidatamab Heavy Chain B

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超分子 #1: Complex of Zanidatamab and HER2

超分子名称: Complex of Zanidatamab and HER2 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2

分子名称: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 受容体型チロシンキナーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 68.536844 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: TQVCTGTDMK LRLPASPETH LDMLRHLYQG CQVVQGNLEL TYLPTNASLS FLQDIQEVQG YVLIAHNQVR QVPLQRLRIV RGTQLFEDN YALAVLDNGD PLNNTTPVTG ASPGGLRELQ LRSLTEILKG GVLIQRNPQL CYQDTILWKD IFHKNNQLAL T LIDTNRSR ...文字列:
TQVCTGTDMK LRLPASPETH LDMLRHLYQG CQVVQGNLEL TYLPTNASLS FLQDIQEVQG YVLIAHNQVR QVPLQRLRIV RGTQLFEDN YALAVLDNGD PLNNTTPVTG ASPGGLRELQ LRSLTEILKG GVLIQRNPQL CYQDTILWKD IFHKNNQLAL T LIDTNRSR ACHPCSPMCK GSRCWGESSE DCQSLTRTVC AGGCARCKGP LPTDCCHEQC AAGCTGPKHS DCLACLHFNH SG ICELHCP ALVTYNTDTF ESMPNPEGRY TFGASCVTAC PYNYLSTDVG SCTLVCPLHN QEVTAEDGTQ RCEKCSKPCA RVC YGLGME HLREVRAVTS ANIQEFAGCK KIFGSLAFLP ESFDGDPASN TAPLQPEQLQ VFETLEEITG YLYISAWPDS LPDL SVFQN LQVIRGRILH NGAYSLTLQG LGISWLGLRS LRELGSGLAL IHHNTHLCFV HTVPWDQLFR NPHQALLHTA NRPED ECVG EGLACHQLCA RGHCWGPGPT QCVNCSQFLR GQECVEECRV LQGLPREYVN ARHCLPCHPE CQPQNGSVTC FGPEAD QCV ACAHYKDPPF CVARCPSGVK PDLSYMPIWK FPDEEGACQP CPINCTHSCV DLDDKGCPA

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分子 #2: Zanidatamab Heavy Chain A

分子名称: Zanidatamab Heavy Chain A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.217211 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: GEVQLVESGG GLVQPGGSLR LSCAASGFTF TDYTMDWVRQ APGKGLEWVA DVNPNSGGSI YNQRFKGRFT LSVDRSKNTL YLQMNSLRA EDTAVYYCAR NLGPSFYFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
GEVQLVESGG GLVQPGGSLR LSCAASGFTF TDYTMDWVRQ APGKGLEWVA DVNPNSGGSI YNQRFKGRFT LSVDRSKNTL YLQMNSLRA EDTAVYYCAR NLGPSFYFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCDKTHT CPPCPAPELL GG PSVFLFP PKPKDTLMIS RTPEVTCVVV DVSHEDPEVK FNWYVDGVEV HNAKTKPREE QYNSTYRVVS VLTVLHQDWL NGK EYKCKV SNKALPAPIE KTISKAKGQP REPQVYVYPP SRDELTKNQV SLTCLVKGFY PSDIAVEWES NGQPENNYKT TPPV LDSDG SFALVSKLTV DKSRWQQGNV FSCSVMHEAL HNHYTQKSLS LSPGGS

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分子 #3: Zanidatamab Light Chain A

分子名称: Zanidatamab Light Chain A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.749334 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: GDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCKASQDV SIGVAWYQQK PGKAPKLLIY SASYRYTGVP SRFSGSGSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYYIYPYTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
GDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCKASQDV SIGVAWYQQK PGKAPKLLIY SASYRYTGVP SRFSGSGSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYYIYPYTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGECGS

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分子 #4: Zanidatamab Heavy Chain B

分子名称: Zanidatamab Heavy Chain B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.5415 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: GDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQDV NTAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASFLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQHYTTPPTF GQGTKVEIKG GSGGGSGGGS GGGSGGGSGE VQLVESGGGL VQPGGSLRLS CAASGFNIKD T YIHWVRQA ...文字列:
GDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQDV NTAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASFLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQHYTTPPTF GQGTKVEIKG GSGGGSGGGS GGGSGGGSGE VQLVESGGGL VQPGGSLRLS CAASGFNIKD T YIHWVRQA PGKGLEWVAR IYPTNGYTRY ADSVKGRFTI SADTSKNTAY LQMNSLRAED TAVYYCSRWG GDGFYAMDYW GQ GTLVTVS SAAEPKSSDK THTCPPCPAP ELLGGPSVFL FPPKPKDTLM ISRTPEVTCV VVDVSHEDPE VKFNWYVDGV EVH NAKTKP REEQYNSTYR VVSVLTVLHQ DWLNGKEYKC KVSNKALPAP IEKTISKAKG QPREPQVYVL PPSRDELTKN QVSL LCLVK GFYPSDIAVE WESNGQPENN YLTWPPVLDS DGSFFLYSKL TVDKSRWQQG NVFSCSVMHE ALHNHYTQKS LSLSP GGS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 110.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 27589
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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