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- EMDB-28147: Rabbit muscle aldolase determined using single-particle cryo-EM w... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28147
タイトルRabbit muscle aldolase determined using single-particle cryo-EM with Apollo camera.
マップデータsharpened and masked map
試料
  • 複合体: Aldolase from rabbit muscleFructose-bisphosphate aldolase
    • タンパク質・ペプチド: Fructose-bisphosphate aldolase A
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / M band / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / I band / glycolytic process / protein homotetramerization / positive regulation of cell migration / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site / Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-I / Fructose-bisphosphate aldolase class-I / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Fructose-bisphosphate aldolase A
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / rabbit (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Peng R / Fu X / Mendez JH / Randolph PH / Bammes B / Stagg SM
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM143805 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM139616 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM119032 米国
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2023
タイトル: Characterizing the resolution and throughput of the Apollo direct electron detector.
著者: Ruizhi Peng / Xiaofeng Fu / Joshua H Mendez / Peter S Randolph / Benjamin E Bammes / Scott M Stagg /
要旨: Advances in electron detection have been essential to the success of high-resolution cryo-EM structure determination. A new generation of direct electron detector called the Apollo, has been ...Advances in electron detection have been essential to the success of high-resolution cryo-EM structure determination. A new generation of direct electron detector called the Apollo, has been developed by Direct Electron. The Apollo uses a novel event-based MAPS detector custom designed for ultra-fast electron counting. We have evaluated this new camera, finding that it delivers high detective quantum efficiency (DQE) and low coincidence loss, enabling high-quality electron counting data acquisition at up to nearly 80 input electrons per pixel per second. We further characterized the performance of Apollo for single particle cryo-EM on real biological samples. Using mouse apoferritin, Apollo yielded better than 1.9 Å resolution reconstructions at all three tested dose rates from a half-day data collection session each. With longer collection time and improved specimen preparation, mouse apoferritin was reconstructed to 1.66 Å resolution. Applied to a more challenging small protein aldolase, we obtained a 2.24 Å resolution reconstruction. The high quality of the map indicates that the Apollo has sufficiently high DQE to reconstruct smaller proteins and complexes with high-fidelity. Our results demonstrate that the Apollo camera performs well across a broad range of dose rates and is capable of capturing high quality data that produce high-resolution reconstructions for large and small single particle samples.
履歴
登録2022年9月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月21日-
マップ公開2022年12月21日-
更新2023年1月11日-
現状2023年1月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28147.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28147.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened and masked map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.599 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.23
最小 - 最大-4.7797413 - 6.7428656
平均 (標準偏差)0.00071511226 (±0.11193744)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 306.688 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_28147_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_28147_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_28147_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Aldolase from rabbit muscle

全体名称: Aldolase from rabbit muscleFructose-bisphosphate aldolase
要素
  • 複合体: Aldolase from rabbit muscleFructose-bisphosphate aldolase
    • タンパク質・ペプチド: Fructose-bisphosphate aldolase A

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超分子 #1: Aldolase from rabbit muscle

超分子名称: Aldolase from rabbit muscle / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Plays a key role in glycolysis and gluconeogenesis. In addition, may also function as scaffolding protein.
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: muscle
分子量理論値: 14921 MDa

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分子 #1: Fructose-bisphosphate aldolase A

分子名称: Fructose-bisphosphate aldolase A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: fructose-bisphosphate aldolase
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ) / 組織: muscle
分子量理論値: 39.394875 KDa
配列文字列: MPHSHPALTP EQKKELSDIA HRIVAPGKGI LAADESTGSI AKRLQSIGTE NTEENRRFYR QLLLTADDRV NPCIGGVILF HETLYQKAD DGRPFPQVIK SKGGVVGIKV DKGVVPLAGT NGETTTQGLD GLSERCAQYK KDGADFAKWR CVLKIGEHTP S ALAIMENA ...文字列:
MPHSHPALTP EQKKELSDIA HRIVAPGKGI LAADESTGSI AKRLQSIGTE NTEENRRFYR QLLLTADDRV NPCIGGVILF HETLYQKAD DGRPFPQVIK SKGGVVGIKV DKGVVPLAGT NGETTTQGLD GLSERCAQYK KDGADFAKWR CVLKIGEHTP S ALAIMENA NVLARYASIC QQNGIVPIVE PEILPDGDHD LKRCQYVTEK VLAAVYKALS DHHIYLEGTL LKPNMVTPGH AC TQKYSHE EIAMATVTAL RRTVPPAVTG VTFLSGGQSE EEASINLNAI NKCPLLKPWA LTFSYGRALQ ASALKAWGGK KEN LKAAQE EYVKRALANS LACQGKYTPS GQAGAAASES LFISNHAY

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
30.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
1.0 mMDTTDL-Dithiothreitol

詳細: DTT are added freshly before use.
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 80.0 µm / 倍率（補正後）: 72621 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 8192 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8192 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8682 / 平均露光時間: 1.347 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
詳細: Images were collected using Direct Electron Apollo camera at a fixed movie frame rate of 60 frames/second.
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3805094
詳細: particles were picked using templates projected from EMD-21023.
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

21023

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
ソフトウェア - 詳細: heterogenous refinement in cryosparc is used firstly
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 608100 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
ソフトウェア - 詳細: heterogenous refinement is used for 3D classification
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
ソフトウェア - 詳細: Non-uniform refinement is used for high resolution
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
ソフトウェア - 詳細: auto sharpened map in cryosparc refinement is used
使用した粒子像数: 722778
詳細Direct Electron Apollo
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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