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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27896 | |||||||||
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タイトル | The closed C0-state flycatcher TRPM8 structure in complex with PI(4,5)P2 | |||||||||
マップデータ | Full map, sharpened with B-factor -50 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 detection of temperature stimulus / sensory perception of temperature stimulus / monoatomic cation transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Ficedula albicollis (シロエリヒタキ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.51 Å | |||||||||
データ登録者 | Yin Y / Zhang F / Feng S / Butay KJ / Borgnia MJ / Im W / Lee S-Y | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Activation mechanism of the mouse cold-sensing TRPM8 channel by cooling agonist and PIP. 著者: Ying Yin / Feng Zhang / Shasha Feng / Kevin John Butay / Mario J Borgnia / Wonpil Im / Seok-Yong Lee / 要旨: The transient receptor potential melastatin 8 (TRPM8) channel is the primary molecular transducer responsible for the cool sensation elicited by menthol and cold in mammals. TRPM8 activation is ...The transient receptor potential melastatin 8 (TRPM8) channel is the primary molecular transducer responsible for the cool sensation elicited by menthol and cold in mammals. TRPM8 activation is controlled by cooling compounds together with the membrane lipid phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP). Our knowledge of cold sensation and the therapeutic potential of TRPM8 for neuroinflammatory diseases and pain will be enhanced by understanding the structural basis of cooling agonist- and PIP-dependent TRPM8 activation. We present cryo-electron microscopy structures of mouse TRPM8 in closed, intermediate, and open states along the ligand- and PIP-dependent gating pathway. Our results uncover two discrete agonist sites, state-dependent rearrangements in the gate positions, and a disordered-to-ordered transition of the gate-forming S6-elucidating the molecular basis of chemically induced cool sensation in mammals. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27896.map.gz | 32.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27896-v30.xml emd-27896.xml | 19.4 KB 19.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27896_fsc.xml | 9.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27896.png | 27.3 KB | ||
マスクデータ | emd_27896_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_27896_half_map_1.map.gz emd_27896_half_map_2.map.gz | 59 MB 59 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27896 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27896 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27896.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Full map, sharpened with B-factor -50 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_27896_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_27896_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_27896_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
全体 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 |
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要素 |
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-超分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
超分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Ficedula albicollis (シロエリヒタキ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Ficedula albicollis (シロエリヒタキ) |
分子量 | 理論値: 131.343406 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MATLFQVSMG SMRHRRNGNF ESSRLLYSSM SRSIDVACSD ADLANFIQEN FKKRECVFFT KDTKSMGNLC KCGYPENQHI EGTQVNTTE KWNYKKHTKE LPTDAFGDIQ FENLGKRGKY IRLSCDTDSE TLYDLMTQHW HLKTPNLVIS VTGGAKNFAL K PRMRKIFS ...文字列: MATLFQVSMG SMRHRRNGNF ESSRLLYSSM SRSIDVACSD ADLANFIQEN FKKRECVFFT KDTKSMGNLC KCGYPENQHI EGTQVNTTE KWNYKKHTKE LPTDAFGDIQ FENLGKRGKY IRLSCDTDSE TLYDLMTQHW HLKTPNLVIS VTGGAKNFAL K PRMRKIFS RLIYIAQSKG AWIFTGGTHY GLMKYIGEVV RDNTISRSSE ENVVAIGIAA WGMISNRETL IRTADSDGSY LA HYIMDDL KRDPLYCLDN NHTHLLLVDN GTHGHPTIEA KVRTQLEKYI SERVIPESNY GGKIPIVCFA QGGGKETLKS INV AIKSKI PCVVVEGSGR IADVIASLVE AEGTLASSCV KESLLRFLPR TISRLSEEET ESWIKWIKEV LESPHLLTVI KIEE AGDEI VSNAISFALY KAFSTNEHDR DNWNGQLKLL LEWNQLDLAS DEIFTNDRNW ESADLQDVMF TALVKDRPKF VRLFL ENGL NLRKFLTTEV LRELYTNNFS SLVFKNLQIA KNSYNDALLT FVWKMVEDFR RGAKRDDKNS KDEMEIELSE ECPITR HPL QALFIWSVLQ NKKELSKVIW EQTRGCTLAA LGASKLLKSM AKVKNDINAA GESEELANEY ETRAVELFTE CYSNDED LA EQLLTYSCEA WGGSNCLELA VEARDQQFIA QPGVQNFLSK QWYGEISRDT KNWKIILCLF FFPLIGCGFI SFRKKPVE K TKKLFLYYVS FFTSPFVVFS WNVIFYIAFL LLFAYVLLMD FQKEPTALEI ILYVLVFILL CDEVRQWYMN GSKYFSDLW NVMDTLAIFY FIAGIVFRLH SDESSWYSGR VIFCLDYIVF TLRLIHIFTV SRNLGPKIIM LQRMMIDVFF FLFLFAVWMV AFGVARQGI LRKNEHRWEW IFRSVIYEPY LAMFGQYPDD IDGTTYNFDH CTFSGNESKP LCVELDANNQ PRFPEWITIP L VCIYMLST NILLVNLLVA MFGYTVGSVQ ENNDQVWKFQ RFFLVQEYCS RLTIPFPFVI FAYIFMVMRK CFKCCCKKES KE PSVCCSR NEDNEILAWE AVMKENYLVK INTKASDSSE EMVHRFRQLD AKLSDLKGLL KEISSKIKSN SLEVLFQGPD YKD DDDKAH HHHHHHHHH |
-分子 #2: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(o...
分子 | 名称: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: PIO |
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分子量 | 理論値: 746.566 Da |
Chemical component information | ChemComp-PIO: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.25 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4283 / 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |