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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of amplified alpha-synuclein fibril class A type I with extended core from DLB case X | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / neutral lipid metabolic process / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / ![]() | |||||||||
![]() | Zhou Y / Sokratian A / Xu E / Viverette E / Dillard L / Yuan Y / Li JY / Matarangas A / Bouvette J / Borgnia M ...Zhou Y / Sokratian A / Xu E / Viverette E / Dillard L / Yuan Y / Li JY / Matarangas A / Bouvette J / Borgnia M / Bartesaghi A / West A | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and functional landscape of alpha-synuclein fibril assemblies amplified from cerebrospinal fluid 著者: Zhou Y / Sokratian A / Xu E / Viverette E / Dillard L / Yuan Y / Li JY / Matarangas A / Bouvette J / Borgnia M / Bartesaghi A / West A | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.7 KB 17.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 86.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 49.6 MB 49.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8cz6MC ![]() 8cysC ![]() 8cytC ![]() 8cyvC ![]() 8cywC ![]() 8cyxC ![]() 8cyyC ![]() 8cz0C ![]() 8cz1C ![]() 8cz2C ![]() 8cz3C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_27093_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_27093_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Amplified alpha-synuclein fibrils from Lewy body dementia CSF
全体 | 名称: Amplified alpha-synuclein fibrils from Lewy body dementia CSF |
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要素 |
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-超分子 #1: Amplified alpha-synuclein fibrils from Lewy body dementia CSF
超分子 | 名称: Amplified alpha-synuclein fibrils from Lewy body dementia CSF タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: alpha-synuclein fibril produced in presence of postmortem cerebrospinal fluid from specimens affected by synucleinopathies |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 60 kDa/nm |
-分子 #1: Alpha-synuclein
分子 | 名称: Alpha-synuclein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 14.476108 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDVFMKGLSK AKEGVVAAAE KTKQGVAEAA GKTKEGVLYV GSKTKEGVVH GVATVAEKTK EQVTNVGGAV VTGVTAVAQK TVEGAGSIA AATGFVKKDQ LGKNEEGAPQ EGILEDMPVD PDNEAYEMPS EEGYQDYEPE A UniProtKB: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Gibco Cat # 10010072 | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: LEICA EM GP |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | ![]() PDB-8cz6: |