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万見
- EMDB-26867: Tetrahymena Polymerase alpha-Primase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26867
タイトルTetrahymena Polymerase alpha-Primase
マップデータfull map
試料
  • 複合体: Tetrahymena PolaPrim
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase alpha subunit BDNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymeraseDNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic-type DNA primase, large subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA primaseDNAプライマーゼ
  • リガンド: ZINC ION
キーワードCST / polymerase (ポリメラーゼ) / primase (DNAプライマーゼ) / REPLICATION (DNA複製)
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha DNA polymerase:primase complex / DNA primase activity / lagging strand elongation / DNA replication, synthesis of primer / mitotic DNA replication initiation / leading strand elongation / DNA replication origin binding / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...alpha DNA polymerase:primase complex / DNA primase activity / lagging strand elongation / DNA replication, synthesis of primer / mitotic DNA replication initiation / leading strand elongation / DNA replication origin binding / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA複製 / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / chromatin binding / DNA binding / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase alpha, subunit B / DNA primase, small subunit, eukaryotic/archaeal / DNA primase, large subunit, eukaryotic / DNA primase, small subunit / DNA primase small subunit / DNA primase large subunit, eukaryotic/archaeal / Eukaryotic and archaeal DNA primase, large subunit / DNA polymerase alpha catalytic subunit, catalytic domain / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B ...DNA polymerase alpha, subunit B / DNA primase, small subunit, eukaryotic/archaeal / DNA primase, large subunit, eukaryotic / DNA primase, small subunit / DNA primase small subunit / DNA primase large subunit, eukaryotic/archaeal / Eukaryotic and archaeal DNA primase, large subunit / DNA polymerase alpha catalytic subunit, catalytic domain / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase alpha subunit B / DNAポリメラーゼ / Eukaryotic-type DNA primase, large subunit / DNAプライマーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者He Y / Song H / Chan H / Wang Y / Liu B / Susac L / Zhou ZH / Feigon J
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM131901 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB2016540 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM071940 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structure of Tetrahymena telomerase-bound CST with polymerase α-primase.
著者: Yao He / He Song / Henry Chan / Baocheng Liu / Yaqiang Wang / Lukas Sušac / Z Hong Zhou / Juli Feigon /
要旨: Telomeres are the physical ends of linear chromosomes. They are composed of short repeating sequences (such as TTGGGG in the G-strand for Tetrahymena thermophila) of double-stranded DNA with a single- ...Telomeres are the physical ends of linear chromosomes. They are composed of short repeating sequences (such as TTGGGG in the G-strand for Tetrahymena thermophila) of double-stranded DNA with a single-strand 3' overhang of the G-strand and, in humans, the six shelterin proteins: TPP1, POT1, TRF1, TRF2, RAP1 and TIN2. TPP1 and POT1 associate with the 3' overhang, with POT1 binding the G-strand and TPP1 (in complex with TIN2) recruiting telomerase via interaction with telomerase reverse transcriptase (TERT). The telomere DNA ends are replicated and maintained by telomerase, for the G-strand, and subsequently DNA polymerase α-primase (PolαPrim), for the C-strand. PolαPrim activity is stimulated by the heterotrimeric complex CTC1-STN1-TEN1 (CST), but the structural basis of the recruitment of PolαPrim and CST to telomere ends remains unknown. Here we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of Tetrahymena CST in the context of the telomerase holoenzyme, in both the absence and the presence of PolαPrim, and of PolαPrim alone. Tetrahymena Ctc1 binds telomerase subunit p50, a TPP1 orthologue, on a flexible Ctc1 binding motif revealed by cryo-EM and NMR spectroscopy. The PolαPrim polymerase subunit POLA1 binds Ctc1 and Stn1, and its interface with Ctc1 forms an entry port for G-strand DNA to the POLA1 active site. We thus provide a snapshot of four key components that are required for telomeric DNA synthesis in a single active complex-telomerase-core ribonucleoprotein, p50, CST and PolαPrim-that provides insights into the recruitment of CST and PolαPrim and the handoff between G-strand and C-strand synthesis.
履歴
登録2022年5月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月13日-
マップ公開2022年7月13日-
更新2024年2月14日-
現状2024年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26867.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26867.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈full map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.013
最小 - 最大-0.0107943965 - 0.04020112
平均 (標準偏差)0.00015049666 (±0.0016082253)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26867_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: composite map generated using two focused refined maps, sharpened

ファイルemd_26867_additional_1.map
注釈composite map generated using two focused refined maps, sharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half1

ファイルemd_26867_half_map_1.map
注釈half1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half2

ファイルemd_26867_half_map_2.map
注釈half2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetrahymena PolaPrim

全体名称: Tetrahymena PolaPrim
要素
  • 複合体: Tetrahymena PolaPrim
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase alpha subunit BDNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymeraseDNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic-type DNA primase, large subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA primaseDNAプライマーゼ
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Tetrahymena PolaPrim

超分子名称: Tetrahymena PolaPrim / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)

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分子 #1: DNA polymerase alpha subunit B

分子名称: DNA polymerase alpha subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 68.773758 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEEFEKILEE IDSANLSQNA VQQLKQLIIS NGILDDEQLM EKWLFQLEAI IYNSKQKFLE AQLMDFKKNV LNQDIKKPQN DNFKKIKES EVQKNIDIIK GDADLFTKAS SAKKQTSTQQ ANNAAIDCEE QLRQQLGKES MLDPKRFSYN SNLPQVNFEK N QHQNSNNM ...文字列:
MEEFEKILEE IDSANLSQNA VQQLKQLIIS NGILDDEQLM EKWLFQLEAI IYNSKQKFLE AQLMDFKKNV LNQDIKKPQN DNFKKIKES EVQKNIDIIK GDADLFTKAS SAKKQTSTQQ ANNAAIDCEE QLRQQLGKES MLDPKRFSYN SNLPQVNFEK N QHQNSNNM TIVDLFEQYD PNKIPNYLTN NIDKIRKHLE QRILTFKIQN YSQFIVNGEQ LINDVSSYSK TEEVKMVGRL IS TENGFLN TTNLRIELNR NQYFDLVFEN DFDFGNNVLF PNQIVMVKGI INEKEELVVS ELITDHIKEI TDEEHPKIDN LNQ DESQLI MVAAGPFSTV MSTQYTSFDN ILHVAKTKKV STLILLGPFL DIKNEILKDG SIIINSKEYT FEQLQNSLFE KAVK ELEGK TQIIIVPSTR DILSTDSIPQ MSLEIKVSEH KNSIHSYSNP AYIDIDKLRV YIANSDVGMI TLQNSLLDKK IPYMQ QSRL TFKALMNQQN LYSIYPMRNP QDSQQILETV KLPNINDFDI PFDYQLEQYP HIIISPSSLP KFATKIYNTV VINPNY VIR DGSQAGNFAI ITLFKDSDIP IHERTRVDLY CL

UniProtKB: DNA polymerase alpha subunit B

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分子 #2: DNA polymerase

分子名称: DNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNAポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 161.986984 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSDKLTRLER LNKEVKKQNK LKQHSKNNRF DDDMDIEAYE DDEQIEEDDF IDDTQEDKKY KKKYREIEDE FDQEIEEEEE LNKKKKTKN TILNYTNTTA VTNNKKKAIS KQIPDIDIEE IMKLTERKKK IEQEEAQLLQ EEQELLEQEK REEEEKKRIS Q EAKSILRE ...文字列:
MSDKLTRLER LNKEVKKQNK LKQHSKNNRF DDDMDIEAYE DDEQIEEDDF IDDTQEDKKY KKKYREIEDE FDQEIEEEEE LNKKKKTKN TILNYTNTTA VTNNKKKAIS KQIPDIDIEE IMKLTERKKK IEQEEAQLLQ EEQELLEQEK REEEEKKRIS Q EAKSILRE DCASSKTANS SKGKVDQNIL NAINRDFSDD SNTVDSISEF QKLKSLAQKA NLANESLKQS KVSNTEINLT NL SISQVKK INDYKNEDGS VDAYLYDYFY DAQVKPDKIY AFAKVQNKQT NAFDTCVIQI DTIIRNLFFY PSSDTVTEQQ IKN EIAELL KKEQTSRKNV EFLGAFVDKN YAFELPIPRG KSRWYQVVMS YEYEVISPDT KGQYFSYCVG STYSALETFL ITKK ITGPS WVRFQNVKDT TSCITNRKLE FRVDYTNQSN IQVLQKQLPT PPLSVVCISL KTSQQIVLSQ KKKEYKKEIF NLNMK YHEG INIDNSNKDE LNQFKSISFI THIDPTKKQD SITKKGTLPE TTKFCLNELN LLEQFLVHFN EIDPDIVVAH DLYSTV FEI ILTRIREKGI RKWNLLSKLI NIGSSDIPKY GSSTFKTKMA MKGRLLVDTL LSSQEFVNCV EYTLEALAQK LFKIEIP RI DAKAYQQKFA TYKLLNSLVD DTYQDIDYAL RIMYHLQIVP LTKQLTSICG NIWMGSLQNQ RAERNEMLLL HKFNQLNY V YPDNFKNLPE SYKKKHKNAQ IRKQYEEDED QAQGNKNPKK KENKYKGGQV FEPEKGLYNE YIVLLDFNSL YPSIIQEFN VCFTTCVRDP IPLEMQMAPF LGNKKAAIQY SKNQNTKENK MQDEDEEDNE NEQIVQTHDV LPTIEVIKGI APLPSILQYL VEQRKVVKN QIKGQKDPQV IETLDIKQKA FKLVANSMYG CLGFSSSRFY AMPLASFITA KGRHILFDSK KIVEDMGYSV I YGDTDSLM IKPGTNEFLE AVKTGLSIKI KVNSKYKKLQ LDIDGVFKNM LLLKKKKYAT LKVANWEEVK NTNAPEKLEK EI KGIDVVR RDWCQLSRDA GNKILEIILE SKSSENMLDD IKKYLIQLND DINQKNIKNS NYYITKRLTK RVDQYGEKNL PHV AVAQRS IQEKGIDPQT YVNQIISYII CKNEQSSRLV DKAYSPQEFI TQSKSLEIDL QYYKRFQLFE PIKRMLEVIE GINL QEIAS ILEVHYSVQH VSQNNELNAE NVLNLKSKRN QFLTSIPRVL VDCKKCDQTF LFLGILEENA DAASILKCKC GNDIY IQLK NKIALVVKEL IRNFEENAIQ IDNEEFEYTH QISLVGKAKQ QKMSSFTLNQ KLLSIQAMFD ITKEEQENTQ KVTIEK IKT IKKTLDDLLS KSQYNNLNLS NIFTSFGLLK

UniProtKB: DNAポリメラーゼ

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分子 #3: Eukaryotic-type DNA primase, large subunit

分子名称: Eukaryotic-type DNA primase, large subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 64.386645 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MINNKQIQKI QQISKFQLKE YIEMQMQQHS LNKQIKEEER NYILLENAID NSNIQGFQTI QEIVQLAMQR MKMIKEIIQE EPRFNLIDP LSKPNYNRIR VANKFITVAI PKSDPEYELK NKQQYAKEVL SHFLCKMAYA FYAEPETWLE FARAEAFILM D KLKSGQHH ...文字列:
MINNKQIQKI QQISKFQLKE YIEMQMQQHS LNKQIKEEER NYILLENAID NSNIQGFQTI QEIVQLAMQR MKMIKEIIQE EPRFNLIDP LSKPNYNRIR VANKFITVAI PKSDPEYELK NKQQYAKEVL SHFLCKMAYA FYAEPETWLE FARAEAFILM D KLKSGQHH ANFFSDENLK IKTISDELFK QAFPKIEATF SSIKIKKNDS EVEQINIKKD NFKMFKFIDH PSMLSNNDVV LH KGYIIIY KESTSKIVQN IFIERLLDEM RLLQLKFQNN GSKLDDDRLS FLKDLHKAEI FNDSTQFNST QIHHYELDRL AKR DMPACM TYLMYGLNQK LHLKHFGRLQ LGLFLKGAGL SLNEALTFWQ KKFSKTSADD FKKKYDYNIR HNYGKLGKQL DYTP MSCQK IIGFQPLKDE FHGCPYKTME SQQLKDFLKL SYNITDEQFV QVNIFKNQKQ YQLACKEVFK VLNDTRDKTK EQFYP YFDK VGNHPNAYFE QSLRMHEPQR FQKQDEEKKQ NKQNRNQNFS ANKQSTNKNN QMDLEF

UniProtKB: Eukaryotic-type DNA primase, large subunit

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分子 #4: DNA primase

分子名称: DNA primase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 47.172855 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEIETVEVAP QQEEEFKLDY DLLEEYYRSY FPVSQMVQWL SYPQDGDDTY FTRREFSFTL QNEVYLRYQM YNSEREFKNA LLQKVPEKI DIGAVYDRPG KKGDDIKAKE KEFVIDIDMT DYDHIRTCCS KAKICEKCWK FMRVACDLIS KSLDEDFGFQ H VLWVYSGR ...文字列:
MEIETVEVAP QQEEEFKLDY DLLEEYYRSY FPVSQMVQWL SYPQDGDDTY FTRREFSFTL QNEVYLRYQM YNSEREFKNA LLQKVPEKI DIGAVYDRPG KKGDDIKAKE KEFVIDIDMT DYDHIRTCCS KAKICEKCWK FMRVACDLIS KSLDEDFGFQ H VLWVYSGR RGIHAWVCDK EIRKANDYTR ASIIDYLNIL VDNSIGSSYV KPSLLKMEKS HLIERNAMKQ LNQKNDDLKA EK ESEKVFV EIVLREQNLF MKKPEIILEF LAKRSENLSK EVEKEWKTLK TSEQRYEALK ELVSSEDKKK THYLLEELRI WLL YPRLDV NVSKSTNHLL KSPFCIHPKT GNVCVPFTTE EISTFDPFSV PNISTLTTEE GSSKMKNSLK IFNKFLENLK KDV

UniProtKB: DNAプライマーゼ

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 264498
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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