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- EMDB-25120: Cryo-EM structure of full-length MAP7 bound to the microtubule -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25120
タイトルCryo-EM structure of full-length MAP7 bound to the microtubule
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of alpha-beta tubulin with microtubule-assosiated protein 7
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1B chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Ensconsin
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードmicrotubule (微小管) / microtubule-associated protein / cytoskeleton (細胞骨格) / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling ...Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / microtubule associated complex / COPI-mediated anterograde transport / response to osmotic stress / establishment or maintenance of cell polarity / protein localization to plasma membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / basolateral plasma membrane / 微小管 / 神経繊維 / signaling receptor binding / GTPase activity / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / structural molecule activity / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated protein 7 family / MAP7 (E-MAP-115) family / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site ...Microtubule-associated protein 7 family / MAP7 (E-MAP-115) family / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin beta chain / Ensconsin / Tubulin alpha-1B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Ferro LS / Fang Q
資金援助 米国, 7件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094522 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM123655-03 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM051487 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM127018 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1617028 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1055017 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structural and functional insight into regulation of kinesin-1 by microtubule-associated protein MAP7.
著者: Luke S Ferro / Qianglin Fang / Lisa Eshun-Wilson / Jonathan Fernandes / Amanda Jack / Daniel P Farrell / Mert Golcuk / Teun Huijben / Katelyn Costa / Mert Gur / Frank DiMaio / Eva Nogales / Ahmet Yildiz /
要旨: Microtubule (MT)-associated protein 7 (MAP7) is a required cofactor for kinesin-1-driven transport of intracellular cargoes. Using cryo-electron microscopy and single-molecule imaging, we ...Microtubule (MT)-associated protein 7 (MAP7) is a required cofactor for kinesin-1-driven transport of intracellular cargoes. Using cryo-electron microscopy and single-molecule imaging, we investigated how MAP7 binds MTs and facilitates kinesin-1 motility. The MT-binding domain (MTBD) of MAP7 bound MTs as an extended α helix between the protofilament ridge and the site of lateral contact. Unexpectedly, the MTBD partially overlapped with the binding site of kinesin-1 and inhibited its motility. However, by tethering kinesin-1 to the MT, the projection domain of MAP7 prevented dissociation of the motor and facilitated its binding to available neighboring sites. The inhibitory effect of the MTBD dominated as MTs became saturated with MAP7. Our results reveal biphasic regulation of kinesin-1 by MAP7 in the context of their competitive binding to MTs.
履歴
登録2021年10月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月18日-
マップ公開2022年5月18日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25120.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25120.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.14 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.98
最小 - 最大-14.59595 - 25.393561999999999
平均 (標準偏差)-0.049884424 (±1.4685203)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin25-91-83
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 164.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Cryo-EM map of FL-MAP7 before symmetry expansion

ファイルemd_25120_additional_1.map
注釈Cryo-EM map of FL-MAP7 before symmetry expansion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of alpha-beta tubulin with microtubule-assosiated...

全体名称: Ternary complex of alpha-beta tubulin with microtubule-assosiated protein 7
要素
  • 複合体: Ternary complex of alpha-beta tubulin with microtubule-assosiated protein 7
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1B chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Ensconsin
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: Ternary complex of alpha-beta tubulin with microtubule-assosiated...

超分子名称: Ternary complex of alpha-beta tubulin with microtubule-assosiated protein 7
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

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分子 #1: Tubulin alpha-1B chain

分子名称: Tubulin alpha-1B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 50.204445 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLISQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRIHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRSIQFVDW CPTGFKVGIN YQPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GVDSVEGEGE EEGEEY

UniProtKB: Tubulin alpha-1B chain

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分子 #2: Tubulin beta chain

分子名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 49.90777 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMFDAK NMMAACDPRH GRYLTVAAVF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMSAT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATADEQGE FEEEGEEDEA

UniProtKB: Tubulin beta chain

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分子 #3: Ensconsin

分子名称: Ensconsin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 84.207195 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAELGAGGDG HRGGDGAVRS ETAPDSYKVQ DKKNASSRPA SAISGQNNNH SGNKPDPPPV LRVDDRQRLA RERREEREKQ LAAREIVWL EREERARQHY EKHLEERKKR LEEQRQKEER RRAAVEEKRR QRLEEDKERH EAVVRRTMER SQKPKQKHNR W SWGGSLHG ...文字列:
MAELGAGGDG HRGGDGAVRS ETAPDSYKVQ DKKNASSRPA SAISGQNNNH SGNKPDPPPV LRVDDRQRLA RERREEREKQ LAAREIVWL EREERARQHY EKHLEERKKR LEEQRQKEER RRAAVEEKRR QRLEEDKERH EAVVRRTMER SQKPKQKHNR W SWGGSLHG SPSIHSADPD RRSVSTMNLS KYVDPVISKR LSSSSATLLN SPDRARRLQL SPWESSVVNR LLTPTHSFLA RS KSTAALS GEAASCSPII MPYKAAHSRN SMDRPKLFVT PPEGSSRRRI IHGTASYKKE RERENVLFLT SGTRRAVSPS NPK ARQPAR SRLWLPSKSL PHLPGTPRPT SSLPPGSVKA APAQVRPPSP GNIRPVKREV KVEPEKKDPE KEPQKVANEP SLKG RAPLV KVEEATVEER TPAEPEVGPA APAMAPAPAS APAPASAPAP APVPTPAMVS APSSTVNASA SVKTSAGTTD PEEAT RLLA EKRRLAREQR EKEERERREQ EELERQKREE LAQRVAEERT TRREEESRRL EAEQAREKEE QLQRQAEERA LREREE AER AQRQKEEEAR VREEAERVRQ EREKHFQREE QERLERKKRL EEIMKRTRRT EATDKKTSDQ RNGDIAKGAL TGGTEVS AL PCTTNAPGNG KPVGSPHVVT SHQSKVTVES TPDLEKQPNE NGVSVQNENF EEIINLPIGS KPSRLDVTNS ESPEIPLN P ILAFDDEGTL GPLPQVDGVQ TQQTAEVI

UniProtKB: Ensconsin

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分子 #4: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #6: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン二リン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 99219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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