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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24272 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of activated human SARM1 in complex with NMN and 1AD (TIR:1AD) | |||||||||
マップデータ | Sharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | NADase / axon degeneration / inhibitor (酵素阻害剤) / HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-Inhibitor complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / NAD catabolic process / NADP+ nucleosidase activity / NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / protein localization to mitochondrion / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / nervous system process ...negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / NAD catabolic process / NADP+ nucleosidase activity / NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / protein localization to mitochondrion / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / nervous system process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / regulation of dendrite morphogenesis / response to axon injury / response to glucose / signaling adaptor activity / regulation of neuron apoptotic process / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / nervous system development / 微小管 / mitochondrial outer membrane / 細胞分化 / 神経繊維 / 自然免疫系 / シナプス / 樹状突起 / シグナル伝達 / ミトコンドリア / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Kerry PS / Nanson JD | |||||||||
資金援助 | オーストラリア, 2件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022 タイトル: Structural basis of SARM1 activation, substrate recognition, and inhibition by small molecules. 著者: Yun Shi / Philip S Kerry / Jeffrey D Nanson / Todd Bosanac / Yo Sasaki / Raul Krauss / Forhad K Saikot / Sarah E Adams / Tamim Mosaiab / Veronika Masic / Xianrong Mao / Faith Rose / Eduardo ...著者: Yun Shi / Philip S Kerry / Jeffrey D Nanson / Todd Bosanac / Yo Sasaki / Raul Krauss / Forhad K Saikot / Sarah E Adams / Tamim Mosaiab / Veronika Masic / Xianrong Mao / Faith Rose / Eduardo Vasquez / Marieke Furrer / Katie Cunnea / Andrew Brearley / Weixi Gu / Zhenyao Luo / Lou Brillault / Michael J Landsberg / Aaron DiAntonio / Bostjan Kobe / Jeffrey Milbrandt / Robert O Hughes / Thomas Ve / 要旨: The NADase SARM1 (sterile alpha and TIR motif containing 1) is a key executioner of axon degeneration and a therapeutic target for several neurodegenerative conditions. We show that a potent SARM1 ...The NADase SARM1 (sterile alpha and TIR motif containing 1) is a key executioner of axon degeneration and a therapeutic target for several neurodegenerative conditions. We show that a potent SARM1 inhibitor undergoes base exchange with the nicotinamide moiety of nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) to produce the bona fide inhibitor 1AD. We report structures of SARM1 in complex with 1AD, NAD mimetics and the allosteric activator nicotinamide mononucleotide (NMN). NMN binding triggers reorientation of the armadillo repeat (ARM) domains, which disrupts ARM:TIR interactions and leads to formation of a two-stranded TIR domain assembly. The active site spans two molecules in these assemblies, explaining the requirement of TIR domain self-association for NADase activity and axon degeneration. Our results reveal the mechanisms of SARM1 activation and substrate binding, providing rational avenues for the design of new therapeutics targeting SARM1. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24272.map.gz | 1.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24272-v30.xml emd-24272.xml | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_24272_fsc.xml | 10.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_24272.png | 98.5 KB | ||
マスクデータ | emd_24272_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-24272.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_24272_half_map_1.map.gz emd_24272_half_map_2.map.gz | 95.6 MB 95.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24272 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24272 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24272.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.086 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_24272_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_24272_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_24272_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human SARM1 in complex with NMN and 1AD
全体 | 名称: human SARM1 in complex with NMN and 1AD |
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要素 |
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-超分子 #1: human SARM1 in complex with NMN and 1AD
超分子 | 名称: human SARM1 in complex with NMN and 1AD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: NAD(+) hydrolase SARM1
分子 | 名称: NAD(+) hydrolase SARM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 76.471469 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: LAVPGPDGGG GTGPWWAAGG RGPREVSPGA GTEVQDALER ALPELQQALS ALKQAGGARA VGAGLAEVFQ LVEEAWLLPA VGREVAQGL CDAIRLDGGL DLLLRLLQAP ELETRVQAAR LLEQILVAEN RDRVARIGLG VILNLAKERE PVELARSVAG I LEHMFKHS ...文字列: LAVPGPDGGG GTGPWWAAGG RGPREVSPGA GTEVQDALER ALPELQQALS ALKQAGGARA VGAGLAEVFQ LVEEAWLLPA VGREVAQGL CDAIRLDGGL DLLLRLLQAP ELETRVQAAR LLEQILVAEN RDRVARIGLG VILNLAKERE PVELARSVAG I LEHMFKHS EETCQRLVAA GGLDAVLYWC RRTDPALLRH CALALGNCAL HGGQAVQRRM VEKRAAEWLF PLAFSKEDEL LR LHACLAV AVLATNKEVE REVERSGTLA LVEPLVASLD PGRFARCLVD ASDTSQGRGP DDLQRLVPLL DSNRLEAQCI GAF YLCAEA AIKSLQGKTK VFSDIGAIQS LKRLVSYSTN GTKSALAKRA LRLLGEEVPR PILPSVPSWK EAEVQTWLQQ IGFS KYCES FREQQVDGDL LLRLTEEELQ TDLGMKSGIT RKRFFRELTE LKTFANYSTC DRSNLADWLG SLDPRFRQYT YGLVS CGLD RSLLHRVSEQ QLLEDCGIHL GVHRARILTA AREMLHSPLP CTGGKPSGDT PDVFISYRRN SGSQLASLLK VHLQLH GFS VFIDVEKLEA GKFEDKLIQS VMGARNFVLV LSPGALDKCM QDHDCKDWVH KEIVTALSCG KNIVPIIDGF EWPEPQV LP EDMQAVLTFN GIKWSHEYQE ATIEKIIRFL QGRSSRDSSA GSDTSLEGAA PMGPT UniProtKB: NAD(+) hydrolase SARM1 |
-分子 #2: [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidany...
分子 | 名称: [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(5-iodanylisoquinolin-2-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2- ...名称: [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(5-iodanylisoquinolin-2-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: 1QD |
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分子量 | 理論値: 797.364 Da |
Chemical component information | ChemComp-1QD: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.6 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.9 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |