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- EMDB-23378: CryoEM structure of Mayaro virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23378
タイトルCryoEM structure of Mayaro virus
マップデータCryoEM density map of MAYV focused region
試料
  • ウイルス: Mayaro virus (マヤロウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteinカプシド
    • タンパク質・ペプチド: E1 protein
    • タンパク質・ペプチド: E2 protein
キーワードalphavirus / togavirus / enveloped virus (エンベロープ (ウイルス)) / pathogen (病原体) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


トガビリン / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell ...トガビリン / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / RNA binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
トガビリン / トガビリン / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mayaro virus (マヤロウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Chmielewski D / Kaelber J
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI120943 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K22AI125474 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI153433 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R24AI120942 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Near-atomic resolution Cryo-EM structure of Mayaro virus identifies key structural determinants of alphavirus particle formation
著者: Chmielewski D / Kaelber JT / Jin J / Weaver S / Auguste AJ / Chiu W
履歴
登録2021年1月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月9日-
マップ公開2022年2月9日-
更新2023年11月1日-
現状2023年11月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.96
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.96
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7lih
  • 表面レベル: 3.96
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7lih
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23378.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23378.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM density map of MAYV focused region
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.284 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.96 / ムービー #1: 3.96
最小 - 最大-20.100742 - 29.759705
平均 (標準偏差)0.01886207 (±0.7562586)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-360-360-360
サイズ720720720
Spacing720720720
セルA=B=C: 924.48004 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2841.2841.284
M x/y/z720720720
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z924.480924.480924.480
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ180180180
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-360-360-360
NC/NR/NS720720720
D min/max/mean-20.10129.7600.019

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添付データ

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追加マップ: CryoEM density map of MAYV virion

ファイルemd_23378_additional_1.map
注釈CryoEM density map of MAYV virion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: CryoEM density map of E1-E2-E3-CP subunit.

ファイルemd_23378_additional_2.map
注釈CryoEM density map of E1-E2-E3-CP subunit.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mayaro virus

全体名称: Mayaro virus (マヤロウイルス)
要素
  • ウイルス: Mayaro virus (マヤロウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteinカプシド
    • タンパク質・ペプチド: E1 protein
    • タンパク質・ペプチド: E2 protein

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超分子 #1: Mayaro virus

超分子名称: Mayaro virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 59301 / 生物種: Mayaro virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 700.0 Å / T番号(三角分割数): 4

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mayaro virus (マヤロウイルス)
分子量理論値: 17.596111 KDa
配列文字列:
RERMCMKIEH DCIFEVKHEG KVTGYACLVG DKVMKPAHVP GVIDNADLAR LSYKKSSKYD LECAQIPVAM KSDASKYTHE KPEGHYNWH YGAVQYTGGR FTVPTGVGKP GDSGRPIFDN KGPVVAIVLG GANEGTRTAL SVVTWNKDMV TKITPEGTVE W

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #2: E1 protein

分子名称: E1 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mayaro virus (マヤロウイルス)
分子量理論値: 47.182426 KDa
配列文字列: YEHTAVIPNQ VGFPYKAHVA REGYSPLTLQ MQVVETSLEP TLNLEYITCD YKTKVPSPYV KCCGTAECRT QDKPEYKCAV FTGVYPFMW GGAYCFCDSE NTQMSEAYVE RADVCKHDYA AAYRAHTASL RAKIKVTYGT VNQTVEAYVN GDHAVTLAGT K FIFGPVST ...文字列:
YEHTAVIPNQ VGFPYKAHVA REGYSPLTLQ MQVVETSLEP TLNLEYITCD YKTKVPSPYV KCCGTAECRT QDKPEYKCAV FTGVYPFMW GGAYCFCDSE NTQMSEAYVE RADVCKHDYA AAYRAHTASL RAKIKVTYGT VNQTVEAYVN GDHAVTLAGT K FIFGPVST AWTPFDTKIV VYKGEVYNQD FPPYGAGQPG RFGDIQSRTL DSKDLYANTG LKLARPAAGN IHVPYTQTPS GF KTWQKDR DSPLNAKAPF GCTIQTNPVR AMNCAVGNIP VSMDIADSAF TRLTDAPIIS ELLCTVSTCT HSSDFGGVAV LSY KVEKAG RCDVHSHSNV AVLQEVSIEA EGRSVIHFST ASAAPSFIVS VCSSRATCTA KCEPPKDHVV TYPANHNGIT LPDL SSTAM TWAQHLAGGV GLLIALAVLI LVIVTCITLR

UniProtKB: トガビリン

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分子 #3: E2 protein

分子名称: E2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mayaro virus (マヤロウイルス)
分子量理論値: 45.54491 KDa
配列文字列: NAYKLTRPYV AYCADCGMGH SCHSPAMIEN VQADATDGTL KIQFASQIGL TKTDTHDHTK IRYAEGHDIA EAARSTLKVH SSSECAVTG TMGHFILAKC PPGEVISVSF VDSKNEQRTC RIAYHHEQRL IGRERFTVRP HHGIELPCTT YQLTTAETSE E IDMHMPPD ...文字列:
NAYKLTRPYV AYCADCGMGH SCHSPAMIEN VQADATDGTL KIQFASQIGL TKTDTHDHTK IRYAEGHDIA EAARSTLKVH SSSECAVTG TMGHFILAKC PPGEVISVSF VDSKNEQRTC RIAYHHEQRL IGRERFTVRP HHGIELPCTT YQLTTAETSE E IDMHMPPD IPDRTILSQQ SGNVKITVNG RTVKYSCSCG SKPSGTTTTD KTINSCTVDK CQAYVTSHTK WQFNSPFVPR AE QAERKGK VHIPFPLINT TCRVPLAPEA LVRSGKREAT LSLHPIHPTL LSYRTLGREP VFDEQWITTQ TEVTIPVPVE GVE YRWGNH KPQRLWSQLT TEGRAHGWPH EIIEYYYGLH PTTTIVVVIR VSVVVLLSFA ASVYMCVVAR TKCLTPYALT PGAV VPVTI GVLCC

UniProtKB: トガビリン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 35.0 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 22314
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: jspr
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 12219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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