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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22888 | |||||||||
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タイトル | Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 promoter | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / Transcription factor (転写因子) / Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / Iron cluster (鉄・硫黄クラスター) / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSFERASE-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription ...bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å | |||||||||
データ登録者 | Lilic M / Darst SA | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021 タイトル: Structural basis of transcriptional activation by the Mycobacterium tuberculosis intrinsic antibiotic-resistance transcription factor WhiB7. 著者: Mirjana Lilic / Seth A Darst / Elizabeth A Campbell / 要旨: In pathogenic mycobacteria, transcriptional responses to antibiotics result in induced antibiotic resistance. WhiB7 belongs to the Actinobacteria-specific family of Fe-S-containing transcription ...In pathogenic mycobacteria, transcriptional responses to antibiotics result in induced antibiotic resistance. WhiB7 belongs to the Actinobacteria-specific family of Fe-S-containing transcription factors and plays a crucial role in inducible antibiotic resistance in mycobacteria. Here, we present cryoelectron microscopy structures of Mycobacterium tuberculosis transcriptional regulatory complexes comprising RNA polymerase σ-holoenzyme, global regulators CarD and RbpA, and WhiB7, bound to a WhiB7-regulated promoter. The structures reveal how WhiB7 interacts with σ-holoenzyme while simultaneously interacting with an AT-rich sequence element via its AT-hook. Evidently, AT-hooks, rare elements in bacteria yet prevalent in eukaryotes, bind to target AT-rich DNA sequences similarly to the nuclear chromosome binding proteins. Unexpectedly, a subset of particles contained a WhiB7-stabilized closed promoter complex, revealing this intermediate's structure, and we apply kinetic modeling and biochemical assays to rationalize how WhiB7 activates transcription. Altogether, our work presents a comprehensive view of how WhiB7 serves to activate gene expression leading to antibiotic resistance. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22888.map.gz | 87.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22888-v30.xml emd-22888.xml | 21.9 KB 21.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22888.png | 15.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-22888.cif.gz | 8.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22888 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22888 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7kinMC 7kifC 7kimC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10864 (タイトル: cryoEM of Mycobacterium tuberculosis WT RNAP holoenzyme bound to the Mtb WhiB7 promoter Data size: 1.2 TB Data #1: Unaligned multi-frame raw micrographs of Mycobacterium tuberculosis RNAP without WhiB7 transcription factor [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22888.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter co...
+超分子 #1: Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter co...
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #5: RNA polymerase sigma factor SigA
+分子 #6: RNA polymerase-binding protein RbpA
+分子 #7: RNA polymerase-binding transcription factor CarD
+分子 #8: DNA (54-MER)
+分子 #9: DNA (49-MER)
+分子 #10: ZINC ION
+分子 #11: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 64.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 296097 |