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万見
- EMDB-22397: T module -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22397
タイトルT module
マップデータTail module of Mediator complex
試料
  • 複合体: T module complex
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16
    • タンパク質・ペプチド: MED15
    • タンパク質・ペプチド: Unknown peptide
キーワードTranscription (転写 (生物学)) / Activation (活性化) / PolII
機能・相同性
機能・相同性情報


core mediator complex / mediator complex / transcription coregulator activity / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Mediator complex, subunit Med5, fungi / Mediator complex subunit Med5 / Mediator complex, subunit Med16 / Mediator complex subunit 16, N-terminal / Mediator complex, subunit Med14 / Mediator complex subunit MED14 / WD40-repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 5 / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) / Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å
データ登録者Zhang HQ / Chen DC / Bushnell DA / Kornberg RD
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Mediator structure and conformation change.
著者: Heqiao Zhang / Dong-Hua Chen / Rayees U H Mattoo / David A Bushnell / Yannan Wang / Chao Yuan / Lin Wang / Chunnian Wang / Ralph E Davis / Yan Nie / Roger D Kornberg /
要旨: Mediator is a universal adaptor for transcription control. It serves as an interface between gene-specific activator or repressor proteins and the general RNA polymerase II (pol II) transcription ...Mediator is a universal adaptor for transcription control. It serves as an interface between gene-specific activator or repressor proteins and the general RNA polymerase II (pol II) transcription machinery. Previous structural studies revealed a relatively small part of Mediator and none of the gene activator-binding regions. We have determined the cryo-EM structure of the Mediator at near-atomic resolution. The structure reveals almost all amino acid residues in ordered regions, including the major targets of activator proteins, the Tail module, and the Med1 subunit of the Middle module. Comparison of Mediator structures with and without pol II reveals conformational changes that propagate across the entire Mediator, from Head to Tail, coupling activator- and pol II-interacting regions.
履歴
登録2020年8月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月3日-
マップ公開2021年3月3日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jmn
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22397.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22397.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tail module of Mediator complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.096 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.2 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-1.0963243 - 2.6104546
平均 (標準偏差)0.00080950215 (±0.036526732)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 526.07996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0961.0961.096
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z526.080526.080526.080
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-1.0962.6100.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : T module complex

全体名称: T module complex
要素
  • 複合体: T module complex
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16
    • タンパク質・ペプチド: MED15
    • タンパク質・ペプチド: Unknown peptide

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超分子 #1: T module complex

超分子名称: T module complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)

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分子 #1: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 5

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 118.784406 KDa
組換発現生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列: MVTVTDPLTA RLEAAIKAWS DFFSDAEHER LDPAIFADQS QTLFANHPLA PVPLADLLLR PTPSNRECVD QRTLQYLQVL QKQGRITTA AVLRALYKYS TAHTRAQTPD GKPKHGAGDS STNDADVGGS SKADLTSRMV RWRNSYMVEE DVLWRLARAV N HGTGIKTS ...文字列:
MVTVTDPLTA RLEAAIKAWS DFFSDAEHER LDPAIFADQS QTLFANHPLA PVPLADLLLR PTPSNRECVD QRTLQYLQVL QKQGRITTA AVLRALYKYS TAHTRAQTPD GKPKHGAGDS STNDADVGGS SKADLTSRMV RWRNSYMVEE DVLWRLARAV N HGTGIKTS HDVTEVAKVL ARWTALFAEV SAAISRDAFN SMNGLQVKDE SEDARNAFVL FYFAFCENQI VNETLSQPVC KD ICRKLLD SLDAFLPTLM HLTADITGRL EHFRSEVLAR YAPQEKKSMD MPSFMNDLSM SLESFQVPEL PVVNTRAGLY IYL GAALVG RPMIDDEALF SYLHNRYQGD LQAMAVHLIL ASFDLLANAV FRNEGAKTGH LLKSFLINKV PLILVQLVAY AATT MYPFN AEMCITEALN QVDINMFPTL SGMFDMPNNN SFNDSVRQDF CFACQLHGLL SQAAIETLLG DITYQSLPPE GRYVK EQLV QACLQEPDRT LKLIGELDNM NGNVGAAAQA IVEICRDLAS KPLSLDVLLL FDKPHKILHP LCELLDNWAG YEEDHG EYQ PVYEEFGSVL LLLLAFVYRY NLSTADLGIR SSGSFVAKLL NGVDRCQPLE QLSEQEKSHL GGWIHGLFDT EAGGLGD EL MSSCPPQDFY LLAPTLFHQI VNALSAGYLT DEMLKGGLEY LVDVLLLPAL VPALLYLSNL LWADNQPIQN AVIKILQP I LKPTSISNEA STMLSSVLNI VAKPLEHALK SYQRQDPECQ KIEPLLLAIA DNLAVSRRTG GADHTELESW CSAQITNPA TGALIHGGLA AAVRTTIQQL VQWAQNPTLN SMNGMPAPYT HRQTLAAQQI LGPHRLLGII LDELKSSPEP GIAYDVVTTM ICAPDVRNS TISSPSTQSN NSSDHNDQAQ NHQSQDAKHK HPHRLTLRDA LRLEAHDFRA HLRADPVLAE TVVRLYRRVE A QLTPLALP LPPAAAAAPA VGVNVGVDAA TAAAAAAAAA MMPDALGLGV VGGVELGGME GAIAAAVAAA NGSGTGGAGG DG TQGGAGD AGMGLDGQQQ GQGGSSAGDM GLGGGTADDI FSGLSGPDDF GADFGSWSMD LS

UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 5

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分子 #2: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 133.223094 KDa
組換発現生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列: MEARAHGALP NNYDRERFIN GVGGDDKALK RKLEEPLSDI TKELDTVIAQ SDVAVADPKG QLCPDADVPD EMEHITDGIL PLNLLLIRL AEFSHSKLEE LVTMLASKPV PQHAVNGNGS HSTLVEDASP ESQEKKRLLL NTIQDLHSRW VKALVITEWA R NAEKVGKL ...文字列:
MEARAHGALP NNYDRERFIN GVGGDDKALK RKLEEPLSDI TKELDTVIAQ SDVAVADPKG QLCPDADVPD EMEHITDGIL PLNLLLIRL AEFSHSKLEE LVTMLASKPV PQHAVNGNGS HSTLVEDASP ESQEKKRLLL NTIQDLHSRW VKALVITEWA R NAEKVGKL IDIRTHLFKK LELYPQVLND FINLKRDMAW AKVPSPDLKT ALHILTHGEV TWMPDFNFLD PPPLTTEETL RW INDMNLA LHARLQLEEH DKLPPPFKNY TIDSGRVTFR VRGEFEVDLS ISEEDFSEQF WFINFRFDFS PAPAELTPAV RYW MTEKVN NILKTEGLGG CYKYLHEFTL TQKIAELHRQ AIALNKGRWA NSLRVEKLNR NLGIHYWANR LHSQNLKSWI IIGV HSGED PQGLEEPKPS YLMVQWFREG VEQFIDIPFS QEKLSIEEIL EFVTAKHVGY LLFSLFRKFD GKPRFTQGKK ARLEL NVWT QKPEDYYLSM QLLDDEDLKI QVNPWMGDFI TTPSTGPWNR TLNSLGNPAE EGSKELENFR YIYIISVLKA QGKSHG WSV VRSPISQDEL RSIVHSESAS SRETFQAAWT RFVDWDPQWY AMRSMSLAGD QWWLVEVTSQ RQSISGNRLV FFTKMAP CF SEERLTDGFF NGLRDHSRRL IAEITNLREL YPGITPSQLR KLIDPTRQPP VLPVKASKIL GDFGGADAQS IAWLKDPV W LIYRGSACDT RVSDSPQQKR TQPVLDVFEA YLDVTDRRRF QTLNPRLDRD ILYNPYTGRF MFRLRAKMGV PVVPLLGIR VRQLQRLLDF LEGLRRVGDD AVPERVTLRE IVFSYGATRK RDSTNQPKVR PWRVRLDLTK EEGVGVVLEK GNPHLRVINR LEDLVNSQK FYSLATYLTL SLPLFRAFQQ LENAWQTAQE NGRGSCFILH LSLDKHTIRF VLPGHQRQIS LLIQPHEKEG K LVWEVGRP RHDPELLNEN CEFNRVLKER VWTISGSGFK GLVTGAAAEP DEGIERLLVL ISDAVLHLST SQPATAPPQP PQ AQPSQQV QQVQQQQVVS QLQPQAQQPR SAMPHASVGQ QQPHGAPAPM ARFPPQQQQI FQQQRPPQPQ PNMHGGQISQ PNM HGGPKP QLQGQHGQPG QMVAAPQQQG QRPGTGTAAG MGRSNAPLVV LD

UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14

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分子 #3: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 123.395898 KDa
組換発現生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列: MALLMEGGDP MSVDGSSTMP AHMRVMPDMG ITGAPMTLDD VDLFGDAVMN NALDALPPAP GHPPPSRALQ RRIAELRARG CCQGIAWSR QGTIASISAD GMSIELRFLR TNPENGDWEL TDAALSLSVA LVPASSPSAT SSSGSGTSNT TVISAGAPFV H LAWAPSVH ...文字列:
MALLMEGGDP MSVDGSSTMP AHMRVMPDMG ITGAPMTLDD VDLFGDAVMN NALDALPPAP GHPPPSRALQ RRIAELRARG CCQGIAWSR QGTIASISAD GMSIELRFLR TNPENGDWEL TDAALSLSVA LVPASSPSAT SSSGSGTSNT TVISAGAPFV H LAWAPSVH TSSFELAAID APGRITIFLF TQNINKPYLS RKWDTDPVDD LHAVVGCYWL PLPFNVSYVA NWVQTDYRYE PI LSPAWGP IHPNHTKSAL VCVTTNGLLK MLFPQNNNRI EETSIELESV TASDDLITHA AIGADRNTLL IALAMGSKQL RVV RVGIQW WLPQVDKQQM PPSVPLRPSL RESRVAVTTL LDPEQQQSDG DAPIAQLTHL EILPSPLGET PQTVLPPVIL AVRS YLPQE GSLYAAHQEP FTVIDRWELF TDQPKAFHPA FEQLGAKNSA SSQPSAMQTL RKLDPVVIPG KVVVTVNTLQ FGRVV CFGF SDGTLQYRDR FTMNEVYTEQ ATTNITSPLQ VGFQWETEGP CLQMAFAPTN CSFVQVSEDG SVKWVKLRYP VDDPNM TLQ GPKLKAVAAS LAVASVGANI AGPNIHNHCD DVMAIARPLA KKFKDFPTAW VREFVTMFKI TVDYSEEAHH DQLMRNS LL QFCLSILNHF GFNGDFQPRT FSGKFANLAL AVRNIVVLIT IASNAPNTIK EKLSPLDEPE VVDALASCAK WGFDLLAW L TDRLLALSTD QTIKAMLADQ KRFPDLARYL HSKNDVSLHL LLCSSTRGLL SAVCRRLQVV ESLAHRATVY YESRYAVDP AAAAQKTLPP LYHAYVKMQR VVTASLVKAS DFDKLLTALS RDIQTAYIQT FSGVATQIRQ HASGSGGQPL TEQQQQQCNE QFIKKAQSH VELDMLLGQN PPPGFREVLA CFFGNIFPAF RATVDPRSVF FADWSLLEEI VAEDERTLKR RREGGGRYVD V FKRVELCG RGQVLPRGRI VASVKTERAE AVPMVPSQSQ SSHQAASQAQ GQQSQQQQGA TPAPNATPSV PISQLNPPTG PT QPPNSSG NTANANPNTG TNANTLGGSV PGLQGFVPVT ANLAVNASQW RRCVRCAAVM EDVWGQRPGF TFVLTQQRRC ACG GGWGLV PRGD

UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16

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分子 #4: MED15

分子名称: MED15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 175.252594 KDa
組換発現生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列: MAANIPQFPN GQMAMLQQQQ QQAQQQAIAA NQQYMNVFIL NNLRGSGTNL PGTWQAQIPP QQLLSERFQK THILYTNIML ASNGGDPQR CAVAALNLEK QIFQNAQDKA SYDQAMAKKI SEVMKRRESN GPALQNQVIT DAQRQAQIQQ QIQLAQAQQR Q QQQLMLNR ...文字列:
MAANIPQFPN GQMAMLQQQQ QQAQQQAIAA NQQYMNVFIL NNLRGSGTNL PGTWQAQIPP QQLLSERFQK THILYTNIML ASNGGDPQR CAVAALNLEK QIFQNAQDKA SYDQAMAKKI SEVMKRRESN GPALQNQVIT DAQRQAQIQQ QIQLAQAQQR Q QQQLMLNR MAAQGLTQPP QPAFQPMQNP GQVPVIPQQM GINVAVPGML PNAPSQPQLA MQMGQPRPGA IPVDLNQLSN QD RMRIHEE VMRRVNSTTE NSKMQIRQLM QQRLTPAQIS EANASGKDLV YLYFQNQVVQ VFRATMLQAQ EKAQQVAQVQ QAL LMQQRQ GIQGAGMPGV PPQGQVNPAL MNALGQQPAI SDAPMLGPNL TNEPQMGLLA QQPGQMIVPT NPAAVPGRPV TAGP QLGAI PPQPTPGNPQ APNQTPRPGQ LQQPFGMPQV NNPAAAAAAA AAAAAVQQPP QAQPGMRPPG PRTMPGQPGA ITTVA GPQP TSQSPAMNTL NAPMRQPPVA MTQATTQPVN PANAPMAGAT LNAQFNHQNN ARPLSMQGNM NNQAMAGMGA AANMNA NNN PMKEFMARLQ EQQRATAAAG FQGPKPGQVI GMPGQFPGGP MNALNQPGMF NQNSKPNAMV PPTAQAAALQ QQQQQAN AA DMANIYKIIQ TPQGQNMMNN MDIHQMILQE INKHLGGRLP PNITKWAHLR QFLAAQPNAL PSEIVQRIMS YQILQFKN F WKRASQPNAV GGIPQPVSNV PVSQFAGMNQ PVAPPPGVQV PQSISQVSPQ DIEGLRKNPK FANLTDDQLA EWIRKVKQQ SFIKKAWEIH NNQSNAAQNQ ATNSSLIGQQ KPGMTVPPTP TTAQPTSSVV QTAQSRPQGP QPTPTPQGPQ GVQPQAAQPK PTPSPAANV TTAPPATTGM SAASVQAANI RPSMPQQQQQ PAPQPQAPQP PPPQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQVPQPPQN S RQAPMDPS PAMATKSLKR PSPDDSAEDT PAQQNITPMQ RAPSQAAQVA PNAPNAASGE PPKLSPELQK LRNLASEAQL EV SKEHLQP ILMTPADQQE TREKIAQVKL KMNQIRSMGL LPKWYYLTND DNRARQFFRG RFKVVKQFTD GEAMTQLRDT FTI TKEELN QYDNLLGSML RDMMMSRVNQ QQAAMMNQQQ QTQQQTTQPT PATLANQQAA ALRQAQQRVA PPPPKPVQQP PAQQ QQPHQ PAQPAQQQFQ PGVQPTPAPA PEYFGDQRLT AANLVLPPRK KPKVSGNQTS PSANQQLAAG SPQVQALSPV ATRKP EPQV KPQAQIPQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQPQAPP APQFKCPEPG CTSLVAFPSE EALNAHRQEE HLKPAENPLA FMQEQM ASV LALDAQGRAK ASPKPSGQDV STPVPTAPPM SASLSKQGQT PRLQAATPMS RNLSMQRQGS ASGGKPGENM PTPGKSA GG KGKEGATPQQ MEDVWPQGTI DPANLFANLG GTLDAGTATI SGSIITDFAA YRSSTPKDTP ESSSSSKDSG VSEPNSDI N ENANLEIDLF WSNIDDGLLM DINNISMDGA AGSMGGSSGN AGGLVDISQF VEDPWGVDSA NFSLDDFGRE LDKGFGFLD GTLGEGQQES GQGQGQGQPE VMVIE

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #5: Unknown peptide

分子名称: Unknown peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 4.443468 KDa
組換発現生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 281144
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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