+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21894 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Monomer yeast ATP synthase Fo reconstituted in nanodisc with inhibitor of Bedaquiline bound | |||||||||
マップデータ | Monomer yeast ATP synthase Fo reconstituted in nanodisc in the presence of Bedaquiline | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Formation of ATP by chemiosmotic coupling / Cristae formation / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, stator stalk / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton transmembrane transport ...Formation of ATP by chemiosmotic coupling / Cristae formation / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, stator stalk / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton transmembrane transport / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ミトコンドリア / protein-containing complex assembly / ミトコンドリア内膜 / lipid binding / ミトコンドリア / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Mueller DM / Srivastava AP / Symersky J / Luo M / Liao MF | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020 タイトル: Bedaquiline inhibits the yeast and human mitochondrial ATP synthases. 著者: Min Luo / Wenchang Zhou / Hiral Patel / Anurag P Srivastava / Jindrich Symersky / Michał M Bonar / José D Faraldo-Gómez / Maofu Liao / David M Mueller / 要旨: Bedaquiline (BDQ, Sirturo) has been approved to treat multidrug resistant forms of Mycobacterium tuberculosis. Prior studies suggested that BDQ was a selective inhibitor of the ATP synthase from M. ...Bedaquiline (BDQ, Sirturo) has been approved to treat multidrug resistant forms of Mycobacterium tuberculosis. Prior studies suggested that BDQ was a selective inhibitor of the ATP synthase from M. tuberculosis. However, Sirturo treatment leads to an increased risk of cardiac arrhythmias and death, raising the concern that this adverse effect results from inhibition at a secondary site. Here we show that BDQ is a potent inhibitor of the yeast and human mitochondrial ATP synthases. Single-particle cryo-EM reveals that the site of BDQ inhibition partially overlaps with that of the inhibitor oligomycin. Molecular dynamics simulations indicate that the binding mode of BDQ to this site is similar to that previously seen for a mycobacterial enzyme, explaining the observed lack of selectivity. We propose that derivatives of BDQ ought to be made to increase its specificity toward the mycobacterial enzyme and thereby reduce the side effects for patients that are treated with Sirturo. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21894.map.gz | 24.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-21894-v30.xml emd-21894.xml | 18.5 KB 18.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21894.png | 115.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21894 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21894 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21894.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Monomer yeast ATP synthase Fo reconstituted in nanodisc in the presence of Bedaquiline | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Monomer yeast ATP synthase Fo reconstituted in nanodisc generated...
全体 | 名称: Monomer yeast ATP synthase Fo reconstituted in nanodisc generated in the presence of Bedaquiline |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Monomer yeast ATP synthase Fo reconstituted in nanodisc generated...
超分子 | 名称: Monomer yeast ATP synthase Fo reconstituted in nanodisc generated in the presence of Bedaquiline タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
-分子 #1: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
分子 | 名称: ATP synthase subunit 9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Baker's yeast (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 7.790385 KDa |
配列 | 文字列: (FME)QLVLAAKYI GAGISTIGLL GAGIGIAIVF AALINGVSRN PSIKDTVFPM AILGFALSEA TGLFCLMVSF LLLFGV |
-分子 #2: ATP synthase protein 8
分子 | 名称: ATP synthase protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Baker's yeast (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 5.825215 KDa |
配列 | 文字列: MPQLVPFYFM NQLTYGFLLM ITLLILFSQF FLPMILRLYV SRLFISKL |
-分子 #3: ATP synthase subunit a
分子 | 名称: ATP synthase subunit a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Baker's yeast (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 27.90043 KDa |
配列 | 文字列: SPLDQFEIRT LFGLQSSFID LSCLNLTTFS LYTIIVLLVI TSLYTLTNNN NKIIGSRWLI SQEAIYDTIM NMTKGQIGGK NWGLYFPMI FTLFMFIFIA NLISMIPYSF ALSAHLVFII SLSIVIWLGN TILGLYKHGW VFFSLFVPAG TPLPLVPLLV I IETLSYFA ...文字列: SPLDQFEIRT LFGLQSSFID LSCLNLTTFS LYTIIVLLVI TSLYTLTNNN NKIIGSRWLI SQEAIYDTIM NMTKGQIGGK NWGLYFPMI FTLFMFIFIA NLISMIPYSF ALSAHLVFII SLSIVIWLGN TILGLYKHGW VFFSLFVPAG TPLPLVPLLV I IETLSYFA RAISLGLRLG SNILAGHLLM VILAGLTFNF MLINLFTLVF GFVPLAMILA IMMLEFAIGI IQGYVWAILT AS YLKDAVY LH |
-分子 #4: ATP synthase subunit 4, mitochondrial
分子 | 名称: ATP synthase subunit 4, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 23.194498 KDa |
配列 | 文字列: MSSTPEKQTD PKAKANSIIN AIPGNNILTK TGVLGTSAAA VIYAISNELY VINDESILLL TFLGFTGLVA KYLAPAYKDF ADARMKKVS DVLNASRNKH VEAVKDRIDS VSQLQNVAET TKVLFDVSKE TVELESEAFE LKQKVELAHE AKAVLDSWVR Y EASLRQLE ...文字列: MSSTPEKQTD PKAKANSIIN AIPGNNILTK TGVLGTSAAA VIYAISNELY VINDESILLL TFLGFTGLVA KYLAPAYKDF ADARMKKVS DVLNASRNKH VEAVKDRIDS VSQLQNVAET TKVLFDVSKE TVELESEAFE LKQKVELAHE AKAVLDSWVR Y EASLRQLE QRQLAKSVIS RVQSELGNPK FQEKVLQQSI SEIEQLLSKL K |
-分子 #5: ATP synthase subunit d, mitochondrial
分子 | 名称: ATP synthase subunit d, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 19.709424 KDa |
配列 | 文字列: SLAKSAANKL DWAKVISSLR ITGSTATQLS SFKKRNDEAR RQLLELQSQP TEVDFSHYRS VLKNTSVIDK IESYVKQYKP VKIDASKQL QVIESFEKHA MTNAKETESL VSKELKDLQS TLDNIQSARP FDELTVDDLT KIKPEIDAKV EEMVKKGKWD V PGYKDRFG NLNVM |
-分子 #6: ATP synthase subunit f, mitochondrial
分子 | 名称: ATP synthase subunit f, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 10.584166 KDa |
配列 | 文字列: VSTLIPPKVV SSKNIGSAPN AKRIANVVHF YKSLPQGPAP AIKANTRLAR YKAKYFDGDN ASGKPLWHFA LGIIAFGYSM EYYFHLRHH KGAEEH |
-分子 #7: ATP synthase subunit J, mitochondrial
分子 | 名称: ATP synthase subunit J, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 4.145884 KDa |
配列 | 文字列: MLKRFPTPIL KVYWPFFVAG AAVYYGMSKA ADLSSNT |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, pH 8.0 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 91 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.8 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.8 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 倍率(公称値): 36000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 80.0 K / 最高: 105.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 9258 / 平均電子線量: 8.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 541568 |
---|---|
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) |
最終 3次元分類 | クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 使用した粒子像数: 47169 |