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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21608 | |||||||||
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タイトル | Mini-coat geometry for a clathrin coated vesicle: clathrin-focused | |||||||||
マップデータ | Clathrin heavy chain and light chain from natively assembled clathrin coated vesicles, mini-coat geometry. Sharpened and masked. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Bos taurus (ウシ) / bovine (ウシ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Paraan M / Mendez J / Sharum S / Kurtin D / He H / Stagg S | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020 タイトル: The structures of natively assembled clathrin-coated vesicles. 著者: Mohammadreza Paraan / Joshua Mendez / Savanna Sharum / Danielle Kurtin / Huan He / Scott M Stagg / 要旨: Clathrin-coated vesicles mediate trafficking of proteins and nutrients in the cell and between organelles. Proteins included in the clathrin-coated vesicles (CCVs) category include clathrin heavy ...Clathrin-coated vesicles mediate trafficking of proteins and nutrients in the cell and between organelles. Proteins included in the clathrin-coated vesicles (CCVs) category include clathrin heavy chain (CHC), clathrin light chain (CLC), and a variety of adaptor protein complexes. Much is known about the structures of the individual CCV components, but data are lacking about the structures of the fully assembled complexes together with membrane and in complex with cargo. Here, we determined the structures of natively assembled CCVs in a variety of geometries. We show that the adaptor β2 appendages crosslink adjacent CHC β-propellers and that the appendage densities are enriched in CCV hexagonal faces. We resolve how adaptor protein 2 and other associated factors in hexagonal faces form an assembly hub with an extensive web of interactions between neighboring β-propellers and propose a structural model that explains how adaptor binding can direct the formation of pentagonal and hexagonal faces. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21608.map.gz | 49.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21608-v30.xml emd-21608.xml | 23.6 KB 23.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21608_fsc.xml | 15.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21608.png | 203.8 KB | ||
マスクデータ | emd_21608_msk_1.map | 343 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_21608_additional.map.gz emd_21608_half_map_1.map.gz emd_21608_half_map_2.map.gz | 316.9 MB 83.1 MB 83.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21608 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21608 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21608.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Clathrin heavy chain and light chain from natively assembled clathrin coated vesicles, mini-coat geometry. Sharpened and masked. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.646 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_21608_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Clathrin heavy chain and light chain from natively...
ファイル | emd_21608_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Clathrin heavy chain and light chain from natively assembled clathrin coated vesicles, mini-coat geometry. Unmodified. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Mini-coat half map
ファイル | emd_21608_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Mini-coat half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Mini-coat half map
ファイル | emd_21608_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Mini-coat half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Natively assembled clathrin coated vesicles
全体 | 名称: Natively assembled clathrin coated vesicles |
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要素 |
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-超分子 #1: Natively assembled clathrin coated vesicles
超分子 | 名称: Natively assembled clathrin coated vesicles / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: brain |
-分子 #1: Clathrin heavy chain
分子 | 名称: Clathrin heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: bovine (ウシ) |
配列 | 文字列: MAQILPIRFQ EHLQLQNLGI NPANIGFSTL TMESDKFICI REKVGEQAQV VIIDMNDPSN PIRRPISADS AIMNPASKVI ALKAGKTLQI FNIEMKSKMK AHTMTDDVTF WKWISLNTVA LVTDNAVYHW SMEGESQPVK MFDRHSSLAG CQIINYRTDA KQKWLLLTGI ...文字列: MAQILPIRFQ EHLQLQNLGI NPANIGFSTL TMESDKFICI REKVGEQAQV VIIDMNDPSN PIRRPISADS AIMNPASKVI ALKAGKTLQI FNIEMKSKMK AHTMTDDVTF WKWISLNTVA LVTDNAVYHW SMEGESQPVK MFDRHSSLAG CQIINYRTDA KQKWLLLTGI SAQQNRVVGA MQLYSVDRKV SQPIEGHAAS FAQFKMEGNA EESTLFCFAV RGQAGGKLHI IEVGTPPTGN QPFPKKAVDV FFPPEAQNDF PVAMQISEKH DVVFLITKYG YIHLYDLETG TCIYMNRISG ETIFVTAPHE ATAGIIGVNR KGQVLSVCVE EENIIPYITN VLQNPDLALR MAVRNNLAGA EELFARKFNA LFAQGNYSEA AKVAANAPKG ILRTPDTIRR FQSVPAQPGQ TSPLLQYFGI LLDQGQLNKY ESLELCRPVL QQGRKQLLEK WLKEDKLECS EELGDLVKSV DPTLALSVYL RANVPNKVIQ CFAETGQVQK IVLYAKKVGY TPDWIFLLRN VMRISPDQGQ QFAQMLVQDE EPLADITQIV DVFMEYNLIQ QCTAFLLDAL KNNRPSEGPL QTRLLEMNLM HAPQVADAIL GNQMFTHYDR AHIAQLCEKA GLLQRALEHF TDLYDIKRAV VHTHLLNPEW LVNYFGSLSV EDSLECLRAM LSANIRQNLQ ICVQVASKYH EQLSTQSLIE LFESFKSFEG LFYFLGSIVN FSQDPDVHFK YIQAACKTGQ IKEVERICRE SNCYDPERVK NFLKEAKLTD QLPLIIVCDR FDFVHDLVLY LYRNNLQKYI EIYVQKVNPS RLPVVIGGLL DVDCSEDVIK NLILVVRGQF STDELVAEVE KRNRLKLLLP WLEARIHEGC EEPATHNALA KIYIDSNNNP ERFLRENPYY DSRVVGKYCE KRDPHLACVA YERGQCDLEL INVCNENSLF KSLSRYLVRR KDPELWGSVL LESNPYRRPL IDQVVQTALS ETQDPEEVSV TVKAFMTADL PNELIELLEK IVLDNSVFSE HRNLQNLLIL TAIKADRTRV MEYINRLDNY DAPDIANIAI SNELFEEAFA IFRKFDVNTS AVQVLIEHI GNLDRAYEFA ERCNEPAVWS QLAKAQLQKG MVKEAIDSYI KADDPSSYME VVQAANTSGN WEELVKYLQM ARKKARESYV ETELIFALAK TNRLAELEEF INGPNNAHIQ QVGDRCYDEK MYDAAKLLYN NVSNFGRLAS TLVHLGEYQA AVDGARKANS TRTWKEVCFA CVDGKEFRLA QMCGLHIVVH ADELEELINY YQDRGYFEEL ITMLEAALGL ERAHMGMFTE LAILYSKFKP QKMREHLELF WSRVNIPKVL RAAEQAHLWA ELVFLYDKYE EYDNAIITMM NHPTDAWKEG QFKDIITKVA NVELYYRAIQ FYLEFKPLLL NDLLMVLSPR LDHTRAVNYF SKVKQLPLVK PYLRSVQNHN NKSVNESLNN LFITEEDYQA LRTSIDAYDN FDNISLAQRL EKHELIEFRR IAAYLFKGNN RWKQSVELCK KDSLYKDAMQ YASESKDTEL AEELLQWFLQ EEKRECFGAC LFTCYDLLRP DVVLETAWRH NIMDFAMPYF IQVMKEYLTK VDKLDASESL RKEEEQATET QPIVYGQPQL MLTAGPSVAV PPQAPFGYGY TAPAYGQPQP GFGYSM |
-分子 #2: Clathrin light chain
分子 | 名称: Clathrin light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: bovine (ウシ) |
配列 | 文字列: MADDFGFFSS SESGAPEAAE EDPAAAFLAQ QESEIAGIEN DEGFGAPAGS QGGLAQPGPA SGASEDMGAT VNGDVFQEAN GPADGYAAIA QADRLTQEPE SIRKWREEQR KRLQELDAAS KVMEQEWREK AKKDLEEWNQ RQSEQVEKNK INNRIADKAF YQQPDADIIG ...文字列: MADDFGFFSS SESGAPEAAE EDPAAAFLAQ QESEIAGIEN DEGFGAPAGS QGGLAQPGPA SGASEDMGAT VNGDVFQEAN GPADGYAAIA QADRLTQEPE SIRKWREEQR KRLQELDAAS KVMEQEWREK AKKDLEEWNQ RQSEQVEKNK INNRIADKAF YQQPDADIIG YVASEEAFVK ESKEETPGTE WEKVAQLCDF NPKSSKQCKD VSRLRSVLMS LKQTPLSR |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 6.7 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-2/2 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 40.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 倍率(公称値): 35000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 800 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |