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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21050 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of an active human histone pre-mRNA 3'-end processing machinery at 3.2 Angstrom resolution | |||||||||
マップデータ | active human histone pre-mRNA 3'-end processing machinery | |||||||||
試料 |
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キーワード | endonuclease (エンドヌクレアーゼ) / active CPSF73 / U7 snRNP / 3'-end processing / RIBONUCLEASE (リボヌクレアーゼ) / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone mRNA metabolic process / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / 5'-3' RNA exonuclease activity / nuclear stress granule / Processing of Intronless Pre-mRNAs / regulation of chromatin organization / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding ...histone mRNA metabolic process / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / 5'-3' RNA exonuclease activity / nuclear stress granule / Processing of Intronless Pre-mRNAs / regulation of chromatin organization / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / methylosome / mRNA 3'-end processing / 7-methylguanosine cap hypermethylation / U1 snRNP binding / pICln-Sm protein complex / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / small nuclear ribonucleoprotein complex / P granule / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / telomerase holoenzyme complex / U2-type spliceosomal complex / telomerase RNA binding / U2-type precatalytic spliceosome / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / termination of RNA polymerase II transcription / precatalytic spliceosome / : / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / bicellular tight junction / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / U5 snRNP / カハール体 / spliceosomal snRNP assembly / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / RNA endonuclease activity / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / negative regulation of protein binding / spliceosomal complex / 転写後修飾 / mRNA splicing, via spliceosome / snRNP Assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / postsynapse / 細胞骨格 / nuclear body / 細胞接着 / ribonucleoprotein complex / glutamatergic synapse / enzyme binding / RNA binding / 核質 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Sun Y / Zhang Y / Walz T / Tong L | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Structure of an active human histone pre-mRNA 3'-end processing machinery. 著者: Yadong Sun / Yixiao Zhang / Wei Shen Aik / Xiao-Cui Yang / William F Marzluff / Thomas Walz / Zbigniew Dominski / Liang Tong / 要旨: The 3'-end processing machinery for metazoan replication-dependent histone precursor messenger RNAs (pre-mRNAs) contains the U7 small nuclear ribonucleoprotein and shares the key cleavage module with ...The 3'-end processing machinery for metazoan replication-dependent histone precursor messenger RNAs (pre-mRNAs) contains the U7 small nuclear ribonucleoprotein and shares the key cleavage module with the canonical cleavage and polyadenylation machinery. We reconstituted an active human histone pre-mRNA processing machinery using 13 recombinant proteins and two RNAs and determined its structure by cryo-electron microscopy. The overall structure is highly asymmetrical and resembles an amphora with one long handle. We captured the pre-mRNA in the active site of the endonuclease, the 73-kilodalton subunit of the cleavage and polyadenylation specificity factor, poised for cleavage. The endonuclease and the entire cleavage module undergo extensive rearrangements for activation, triggered through the recognition of the duplex between the authentic pre-mRNA and U7 small nuclear RNA (snRNA). Our study also has notable implications for understanding canonical and snRNA 3'-end processing. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21050.map.gz | 133.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21050-v30.xml emd-21050.xml | 27.2 KB 27.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21050.png | 138.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21050.cif.gz | 8.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21050 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21050 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21050.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 142.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | active human histone pre-mRNA 3'-end processing machinery | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : The core of metazoan replication-dependent histone pre-mRNA 3'-en...
+超分子 #1: The core of metazoan replication-dependent histone pre-mRNA 3'-en...
+分子 #1: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
+分子 #2: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
+分子 #3: Small nuclear ribonucleoprotein F
+分子 #4: Small nuclear ribonucleoprotein E
+分子 #5: Small nuclear ribonucleoprotein G
+分子 #6: U7 snRNA-associated Sm-like protein LSm10
+分子 #7: U7 snRNA-associated Sm-like protein LSm11
+分子 #8: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3
+分子 #9: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2
+分子 #10: Symplekin
+分子 #11: U7 snRNA
+分子 #12: modified H2a pre-mRNA
+分子 #13: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 100.0 mM / 構成要素 - 式: NaCl塩化ナトリウム / 構成要素 - 名称: sodium chloride塩化ナトリウム |
グリッド | 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm 最大 デフォーカス(補正後): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(補正後): 0.9 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) #0 - 検出モード: COUNTING / #0 - 平均電子線量: 70.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) #1 - 平均電子線量: 73.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 325282 |
Image recording ID | 1 |