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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rxo | ||||||
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タイトル | ACTIVATED SPINACH RUBISCO IN COMPLEX WITH ITS SUBSTRATE RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE AND CALCIUM | ||||||
要素 | (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE) x 2 | ||||||
キーワード | LYASE (CARBON-CARBON) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 光呼吸 / リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / 葉緑体 / monooxygenase activity / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Spinacia oleracea (ホウレンソウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / ISOMORPHOUS WITH PDB ENTRY 1AUS / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Taylor, T.C. / Andersson, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 タイトル: The structure of the complex between rubisco and its natural substrate ribulose 1,5-bisphosphate. 著者: Taylor, T.C. / Andersson, I. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Large Structures at High Resolution: The 1.6 A Crystal Structure of Spinach Ribulose-1,5-Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase Complexed with 2-Carboxyarabinitol Bisphosphate 著者: Andersson, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rxo.cif.gz | 473.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rxo.ent.gz | 387.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rxo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/1rxo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/1rxo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | THE DEPOSITORS PROVIDED CHAINS L AND S. THE OTHER CHAINS TO MAKE THE COMPLETE ASYMMETRIC UNIT WERE GENERATED BY THE PROTEIN DATA BANK USING THE MTRIX TRANSFORMATIONS BELOW. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52777.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: LEAF 参照: UniProt: P00875, リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 14638.671 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: LEAF 参照: UniProt: P00870, リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ #3: 糖 | ChemComp-RUB / #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.8 詳細: 14% PEG4000, 25 MM HEPES PH 7.8, 0.2 M NACL, 10 MM CACL2; SOAKED WITH 20 MM RUBP FOR 5 DAYS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Taylor, T.C., (1996) Nat. Struct. Biol., 3, 95. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 279 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年9月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 109900 / % possible obs: 75.5 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 53.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 1275669 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ISOMORPHOUS WITH PDB ENTRY 1AUS / 解像度: 2.2→7 Å / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→7 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.27 |