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万見
- PDB-1qz5: Structure of rabbit actin in complex with kabiramide C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qz5
タイトルStructure of rabbit actin in complex with kabiramide C
要素Actin, alpha skeletal muscle
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / actin (アクチン) / trisoxazole / toxin (毒素) / kabiramide C
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / myosin heavy chain binding / troponin I binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / actin filament bundle assembly ...cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / myosin heavy chain binding / troponin I binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / マイクロフィラメント / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Actin; Chain A, domain 2 / Actin; Chain A, domain 2 / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. ...Actin; Chain A, domain 2 / Actin; Chain A, domain 2 / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / アクチン / Actin family / アクチン / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Roll / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / KABIRAMIDE C / Actin, alpha skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Klenchin, V.A. / Allingham, J.S. / King, R. / Tanaka, J. / Marriott, G. / Rayment, I.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Trisoxazole macrolide toxins mimic the binding of actin-capping proteins to actin
著者: Klenchin, V.A. / Allingham, J.S. / King, R. / Tanaka, J. / Marriott, G. / Rayment, I.
履歴
登録2003年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin, alpha skeletal muscle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3694
ポリマ－41,8761
非ポリマー1,4933
水6,431357
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.919, 70.617, 75.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Actin, alpha skeletal muscle / / Alpha-actin 1


分子量: 41875.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P68135
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-KAB / KABIRAMIDE C


分子量: 946.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C48H75N5O14
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: バッチ法 / pH: 5.5
詳細: Crystals of the actin-kabiramide C complex were grown by small-scale batch by mixing equal volumes of the complex and 100 mM MES, 18% (w/v) polyethylene glycol 1500, 12% (w/v) 1,6-hexanediol, ...詳細: Crystals of the actin-kabiramide C complex were grown by small-scale batch by mixing equal volumes of the complex and 100 mM MES, 18% (w/v) polyethylene glycol 1500, 12% (w/v) 1,6-hexanediol, 100 mM CaCl2, 1 mM sodium azide, 1 mM TCEP, pH 5.5, Batch, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110-12 mg/mlprotein11
2100 mMMES11pH5.5
318 %(w/v)PEG150011
412 %(w/v)1,6-hexanediol11
5100 mM11CaCl2
61 mM11NaN3
71 mMTCEP11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→54 Å / Num. all: 65708 / Num. obs: 65708 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 47.1
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.123 / Mean I/σ(I) obs: 13.9 / Num. unique all: 6310 / % possible all: 10
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 542898
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 0.984 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18691 5129 7.8 %RANDOM
Rwork0.16855 ---
obs0.17001 60570 98.42 %-
all-61542 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.301 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å20 Å20 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2843 0 99 357 3299
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0213008
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022735
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6692.0014088
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.636398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5855359
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2010.2467
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02566
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2597
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2410.23335
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.21723
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2170.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1470.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2480.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4820.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9261.51799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6922926
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4531209
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7824.51162
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.223 328
Rwork0.188 4221
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.188 / Rfactor Rwork: 0.169
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.67
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.187

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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