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- PDB-1coz: CTP:GLYCEROL-3-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE FROM BACILLUS SUBTILIS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1coz
タイトルCTP:GLYCEROL-3-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE FROM BACILLUS SUBTILIS
要素PROTEIN (GLYCEROL-3-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE)
キーワードTRANSFERASE (転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase / glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase activity / teichoic acid biosynthetic process / cell wall organization / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / Glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Weber, C.H. / Park, Y.S. / Sanker, S. / Kent, C. / Ludwig, M.L.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: A prototypical cytidylyltransferase: CTP:glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase from bacillus subtilis.
著者: Weber, C.H. / Park, Y.S. / Sanker, S. / Kent, C. / Ludwig, M.L.
履歴
登録1999年5月29日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (GLYCEROL-3-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE)
B: PROTEIN (GLYCEROL-3-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5574
ポリマ－30,5912
非ポリマー9662
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area12080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.500, 61.400, 56.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9844, 0.1749, 0.0366), (0.1722, 0.8788, 0.4454), (0.0459, 0.4452, -0.8943)
ベクター: -85.4015, -1.3742, 38.7824)

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (GLYCEROL-3-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE)


分子量: 15295.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: BR151-ESC168 / プラスミド: PET-11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P27623, glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP / シチジン三リン酸


分子量: 483.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 100 MM TRIS PH 8.5 200 MM LITHIUM SULFATE 30% PEG 3350 (BAKER)
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16.3 mg/mlprotein1drop
255 mMTris1drop
30.63 mMEDTA1drop
40.63 mMdithiothreitol1drop
511 %PEG33501drop
675 mMlithium sulfate1drop
730 %PEG33501reservoir
8200 mMlithium sulfate1reservoir
9100 mMTris1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. obs: 16917 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 2.68 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / Rsym value: 0.061
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / Rsym value: 0.125 / % possible all: 66.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 45342 / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.8 % / Rmerge(I) obs: 0.125

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.851精密化
SDMSデータ削減
SDMSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: A POSTERIORI / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED GROUP 1 FOR NCS RESTRAINTS: 1 - 37 AND 501 - 537, 47 - 73 AND 547 - 573, 76 - 81 AND 576 - 581, 88 - 93 AND 588 - 593, AND 108 - 126 AND 608 - 626. THE REMAINDER OF ...詳細: BULK SOLVENT MODEL USED GROUP 1 FOR NCS RESTRAINTS: 1 - 37 AND 501 - 537, 47 - 73 AND 547 - 573, 76 - 81 AND 576 - 581, 88 - 93 AND 588 - 593, AND 108 - 126 AND 608 - 626. THE REMAINDER OF THE PROTEIN ATOMS WERE IN GROUP 2. THIS P 21 CRYSTAL DISPLAYS MEROHEDRAL TWINNING AND CAN BE INDEXED AS ORTHORHOMBIC C 2 2 21
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1576 10 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.196 15720 84.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.23 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2122 0 58 106 2286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.36
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it31.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.322
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.562
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it8.42.5
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsRefine-IDRms dev position (Å)Weight position
11YESX-RAY DIFFRACTION1.1300
22X-RAY DIFFRACTION1.8420
LS精密化 シェル解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 216 10.5 %
Rwork0.271 1844 -
obs--66.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2CTP.PARCTP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WAT.PAR
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 25.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.36
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.302 / % reflection Rfree: 10.5 % / Rfactor Rwork: 0.271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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