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- EMDB-18848: Cryo-EM Structure of native Photosystem II assembly intermediate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18848
タイトルCryo-EM Structure of native Photosystem II assembly intermediate fromChlamydomonas reinhardtii光化学系II
マップデータ
試料
  • 複合体: Photosystem II assembly intermediate from Chlamydomonas reinhardtii光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
  • リガンド: x 13種
キーワードPhotosystem II (光化学系II) / photosynthesis (光合成) / biogenesis of PSII / assembly intermediate / CryoEM (低温電子顕微鏡法) / assembly factor / Chlamydomonas reinhardtii
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II repair / chloroplast thylakoid lumen / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II ...photosystem II repair / chloroplast thylakoid lumen / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II / chlorophyll binding / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / chloroplast thylakoid membrane / 光合成 / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II Pbs27 / Photosystem II Pbs27 superfamily / Photosystem II Pbs27 / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component ...Photosystem II Pbs27 / Photosystem II Pbs27 superfamily / Photosystem II Pbs27 / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II CP47 reaction center protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein I / Cytochrome b559 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Fadeeva M / Klaiman D / Kandiah E / Nelson N
資金援助 イスラエル, 1件
OrganizationGrant number国
Israel Science Foundation199/21 イスラエル
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2023
タイトル: Structure of native photosystem II assembly intermediate from .
著者: Mariia Fadeeva / Daniel Klaiman / Eaazhisai Kandiah / Nathan Nelson /
要旨: Photosystem II (PSII) is a dimer consisting of at least 13 nuclear-encoded and four chloroplast-encoded protein subunits that collectively function as a sunlight-driven oxidoreductase. In this ... Photosystem II (PSII) is a dimer consisting of at least 13 nuclear-encoded and four chloroplast-encoded protein subunits that collectively function as a sunlight-driven oxidoreductase. In this study, we present the inaugural structure of a green alga PSII assembly intermediate (pre-PSII-int). This intermediate was isolated from chloroplast membranes of the temperature-sensitive mutant TSP4, cultivated for 14 hours at a non-permissive temperature. The assembly state comprises a monomer containing subunits A, B, C, D, E, F, H, I, K, and two novel assembly factors, Psb1 and Psb2. Psb1 is identified as a novel transmembrane helix located adjacent to PsbE and PsbF (cytochrome b559). The absence of PsbJ, typically found in mature PSII close to this position, indicates that Psb1 functions as an assembly factor. Psb2 is an eukaryotic homolog of the cyanobacterial assembly factor Psb27. The presence of iron, coupled with the absence of Q, Q, and the manganese cluster, implies a protective mechanism against photodamage and provides insights into the intricate assembly process.
履歴
登録2023年11月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2024年2月21日-
現状2024年2月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18848.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18848.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.006
最小 - 最大-0.016437694 - 0.042843655
平均 (標準偏差)0.00015245292 (±0.0015300463)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 285.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18848_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_18848_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem II assembly intermediate from Chlamydomonas reinhardtii

全体名称: Photosystem II assembly intermediate from Chlamydomonas reinhardtii光化学系II
要素
  • 複合体: Photosystem II assembly intermediate from Chlamydomonas reinhardtii光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Ycf12光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Chain U, Predicted protein
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: PHEOPHYTIN Aフェオフィチン
  • リガンド: BETA-CAROTENEΒ-カロテン
  • リガンド: octyl beta-D-glucopyranoside
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: BICARBONATE ION炭酸水素塩
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Photosystem II assembly intermediate from Chlamydomonas reinhardtii

超分子名称: Photosystem II assembly intermediate from Chlamydomonas reinhardtii
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9, #11, #10
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
細胞中の位置: thylakoid membrane

+
分子 #1: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系II
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
器官: thylakoid membrane
分子量理論値: 36.287348 KDa
配列文字列: SSLWARFCEW ITSTENRLYI GWFGVIMIPC LLTATSVFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIITG AVIPTSNAIG LHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLIVCHF LLGVYCYMGR EWELSFRLGM RPWIAVAYSA PVAAASAVFL VYPIGQGSFS D GMPLGISG ...文字列:
SSLWARFCEW ITSTENRLYI GWFGVIMIPC LLTATSVFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIITG AVIPTSNAIG LHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLIVCHF LLGVYCYMGR EWELSFRLGM RPWIAVAYSA PVAAASAVFL VYPIGQGSFS D GMPLGISG TFNFMIVFQA EHNILMHPFH MLGVAGVFGG SLFSAMHGSL VTSSLIRETT ENESANEGYR FGQEEETYNI VA AHGYFGR LIFQYASFNN SRSLHFFLAA WPVIGIWFTA LGLSTMAFNL NGFNFNQSVV DSQGRVLNTW ADIINRANLG MEV MHERNA H

UniProtKB: Photosystem II protein D1

+
分子 #2: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
器官: thylakoid membrane
分子量理論値: 53.739043 KDa
配列文字列: GLPWYRVHTV VINDPGRLIS VHLMHTALVS GWAGSMALFE ISVFDPSDPV LNPMWRQGMF VLPFMTRLGI TQSWGGWTIS GETATNPGI WSYEGVAAAH IILSGALFLA SVWHWTYWDL ELFRDPRTGK TALDLPKIFG IHLFLSGLLC FGFGAFHVTG V FGPGIWVS ...文字列:
GLPWYRVHTV VINDPGRLIS VHLMHTALVS GWAGSMALFE ISVFDPSDPV LNPMWRQGMF VLPFMTRLGI TQSWGGWTIS GETATNPGI WSYEGVAAAH IILSGALFLA SVWHWTYWDL ELFRDPRTGK TALDLPKIFG IHLFLSGLLC FGFGAFHVTG V FGPGIWVS DPYGLTGRVQ PVAPSWGADG FDPYNPGGIA SHHIAAGILG VLAGLFHLCV RPSIRLYFGL SMGSIETVLS SS IAAVFWA AFVVAGTMWY GSAATPIELF GPTRYQWDQG FFQQEIQKRV QASLAEGASL SDAWSRIPEK LAFYDYIGNN PAK GGLFRT GAMNSGDGIA VGWLGHASFK DQEGRELFVR RMPTFFETFP VLLLDKDGIV RADVPFRKAE SKYSIEQVGV SVTF YGGEL DGLTFTDPAT VKKYARKAQL GEIFEFDRST LQSDGVFRSS PRGWFTFGHV CFALLFFFGH IWHGARTIFR DVFAG IDDD IND

UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

+
分子 #3: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
器官: thylakoid membrane
分子量理論値: 46.468094 KDa
配列文字列: FAWWSGNARL INLSGKLLGA HVAHAGLIVF WAGAMNLFEV SHFVPEKPMY EQGLILLPHI ATLGYGVGPG GEIIDTFPYF VSGVLHLIS SAVLGFGGVY HSLIGPETLE ESYPFFGYVW KDKNKMTNIL GYHLIMLGLG AWLLVWKAMY FGGVYDTWAP G GGDVRVIT ...文字列:
FAWWSGNARL INLSGKLLGA HVAHAGLIVF WAGAMNLFEV SHFVPEKPMY EQGLILLPHI ATLGYGVGPG GEIIDTFPYF VSGVLHLIS SAVLGFGGVY HSLIGPETLE ESYPFFGYVW KDKNKMTNIL GYHLIMLGLG AWLLVWKAMY FGGVYDTWAP G GGDVRVIT NPTTNAAVIF GYLVKSPFGG DGWICSVDNM EDIIGGHIWI GTLEILGGIW HIYTTPWPWA RRAFVWSGEA YL SYSLGAI GVMGFIACCM SWFNNTAYPS EFYGPTGPEA SQSQAFTFLV RDQRLGANVA SAQGPTGLGK YLMRSPTGEI IFG GETMRF WDFRGPWLEP LRGPNGLDLN KLKNDIQPWQ ERRAAEYMTH APLGSLNSVG GVATEINAVN FVSPRSWLAC SHFC LGFFF FIGHLWHAGR ARAAAAGF

UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #4: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系II
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
器官: thylakoid membrane
分子量理論値: 39.241734 KDa
配列文字列: IAIGTYQEKR TWFDDADDWL RQDRFVFVGW SGLLLFPCAY FALGGWLTGT TFVTSWYTHG LATSYLEGCN FLTAAVSTPA NSMAHSLLF VWGPEAQGDF TRWCQLGGLW AFVALHGAFG LIGFMLRQFE IARSVNLRPY NAIAFSAPIA VFVSVFLIYP L GQSGWFFA ...文字列:
IAIGTYQEKR TWFDDADDWL RQDRFVFVGW SGLLLFPCAY FALGGWLTGT TFVTSWYTHG LATSYLEGCN FLTAAVSTPA NSMAHSLLF VWGPEAQGDF TRWCQLGGLW AFVALHGAFG LIGFMLRQFE IARSVNLRPY NAIAFSAPIA VFVSVFLIYP L GQSGWFFA PSFGVAAIFR FILFFQGFHN WTLNPFHMMG VAGVLGAALL CAIHGATVEN TLFEDGDGAN TFRAFNPTQA EE TYSMVTA NRFWSQIFGV AFSNKRWLHF FMLLVPVTGL WMSAIGVVGL ALNLRAYDFV SQEIRAAEDP EFETFYTKNI LLN EGIRAW MAAQDQPHER LVFPEEVLPR GNAL

UniProtKB: Photosystem II D2 protein

+
分子 #5: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
器官: thylakoid membrane
分子量理論値: 8.727849 KDa
配列文字列:
ERPFSDILTS IRYWVIHSIT VPALFIAGWL FVSTGLAYDV FGTPRPNEYF TEDRQEAPLI TDRFNALEQV KKLSGN

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #6: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
器官: thylakoid membrane
分子量理論値: 3.795562 KDa
配列文字列:
YPIFTVRWLA IHGIAVPTIF FLGAITAMQF IQR

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #7: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
器官: thylakoid membrane
分子量理論値: 7.063317 KDa
配列文字列:
EPGLVTPLGT LLRPLNSEAG KVLPGWGTTV LMAVFILLFA AFLLIILEIY NSSLILDDVS MSWET

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein H

+
分子 #8: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
器官: thylakoid membrane
分子量理論値: 3.276967 KDa
配列文字列:
MLTLKIFVYT VVTFFVCLFI FGFLSNDP

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein I

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
器官: thylakoid membrane
分子量理論値: 4.147979 KDa
配列文字列:
KLPEAYAPFA PIVDVLPVIP VFFILLAFVW QAAVSFR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #10: Chain U, Predicted protein

分子名称: Chain U, Predicted protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
器官: thylakoid membrane
分子量理論値: 11.213722 KDa
配列文字列:
FDTYTAETSA ILDKVKVTLA LDKDDPAKED SVKGLRKDIN NWVAKYRREP KVSGKPSFGN TYSALNALAG HFNSFGATAP IPKKRLERL QKELDDATLL LT

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein Ycf12

分子名称: Photosystem II reaction center protein Ycf12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
器官: thylakoid membrane
分子量理論値: 3.2199 KDa
配列文字列:
MNIELALTLV SLVLVVSAGP LVVVLLSARG GN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Psb30

+
分子 #12: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #13: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 35 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

+
分子 #14: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略) / フェオフィチン

+
分子 #15: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 8 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

+
分子 #16: octyl beta-D-glucopyranoside

分子名称: octyl beta-D-glucopyranoside / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 3 / 式: BOG
分子量理論値: 292.369 Da
Chemical component information

ChemComp-BOG:
octyl beta-D-glucopyranoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド / 可溶化剤*YM / Octyl glucoside

+
分子 #17: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #18: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #19: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #20: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #21: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM / 炭酸水素塩

+
分子 #22: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 1 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / プラストキノン

+
分子 #23: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 1 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

+
分子 #24: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 5 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 6
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 25758 / 平均露光時間: 1.8 sec. / 平均電子線量: 1.07 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 6408350
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6kac

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.0)
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 56272 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.0) / 使用した粒子像数: 327737
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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