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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18244 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | ESIBD structure of beta-galactosidase | |||||||||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Sharpened and local resolution-filtered | |||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Lactase (ラクターゼ) / Beta-galactosidase / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / native MS / HYDROLASE (加水分解酵素) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alkali metal ion binding / lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / magnesium ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Esser T / Boehning J / Bharat TAM / Rauschenbach S | |||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, フランス, 米国, European Union, 10件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM of soft-landed β-galactosidase: Gas-phase and native structures are remarkably similar. 著者: Tim K Esser / Jan Böhning / Alpcan Önür / Dinesh K Chinthapalli / Lukas Eriksson / Marko Grabarics / Paul Fremdling / Albert Konijnenberg / Alexander Makarov / Aurelien Botman / Christine ...著者: Tim K Esser / Jan Böhning / Alpcan Önür / Dinesh K Chinthapalli / Lukas Eriksson / Marko Grabarics / Paul Fremdling / Albert Konijnenberg / Alexander Makarov / Aurelien Botman / Christine Peter / Justin L P Benesch / Carol V Robinson / Joseph Gault / Lindsay Baker / Tanmay A M Bharat / Stephan Rauschenbach / 要旨: Native mass spectrometry (MS) has become widely accepted in structural biology, providing information on stoichiometry, interactions, homogeneity, and shape of protein complexes. Yet, the fundamental ...Native mass spectrometry (MS) has become widely accepted in structural biology, providing information on stoichiometry, interactions, homogeneity, and shape of protein complexes. Yet, the fundamental assumption that proteins inside the mass spectrometer retain a structure faithful to native proteins in solution remains a matter of intense debate. Here, we reveal the gas-phase structure of β-galactosidase using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) down to 2.6-Å resolution, enabled by soft landing of mass-selected protein complexes onto cold transmission electron microscopy (TEM) grids followed by in situ ice coating. We find that large parts of the secondary and tertiary structure are retained from the solution. Dehydration-driven subunit reorientation leads to consistent compaction in the gas phase. By providing a direct link between high-resolution imaging and the capability to handle and select protein complexes that behave problematically in conventional sample preparation, the approach has the potential to expand the scope of both native mass spectrometry and cryo-EM. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18244.map.gz | 8.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18244-v30.xml emd-18244.xml | 21.7 KB 21.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18244_fsc.xml | 13.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18244.png | 97.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18244.cif.gz | 7 KB | ||
その他 | emd_18244_additional_1.map.gz emd_18244_half_map_1.map.gz emd_18244_half_map_2.map.gz | 259.2 MB 254.6 MB 254.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18244 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18244 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8q7yMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18244.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened and local resolution-filtered | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Sharpened
ファイル | emd_18244_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18244_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18244_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Beta-galactosidase from E. coli; tetrameric complex
全体 | 名称: Beta-galactosidase from E. coli; tetrameric complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Beta-galactosidase from E. coli; tetrameric complex
超分子 | 名称: Beta-galactosidase from E. coli; tetrameric complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Sigma Aldrich Product Number G3153 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 465 KDa |
-分子 #1: Beta-galactosidase
分子 | 名称: Beta-galactosidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 116.5725 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTMITDSLAV VLQRRDWENP GVTQLNRLAA HPPFASWRNS EEARTDRPSQ QLRSLNGEWR FAWFPAPEAV PESWLECDLP EADTVVVPS NWQMHGYDAP IYTNVTYPIT VNPPFVPTEN PTGCYSLTFN VDESWLQEGQ TRIIFDGVNS AFHLWCNGRW V GYGQDSRL ...文字列: MTMITDSLAV VLQRRDWENP GVTQLNRLAA HPPFASWRNS EEARTDRPSQ QLRSLNGEWR FAWFPAPEAV PESWLECDLP EADTVVVPS NWQMHGYDAP IYTNVTYPIT VNPPFVPTEN PTGCYSLTFN VDESWLQEGQ TRIIFDGVNS AFHLWCNGRW V GYGQDSRL PSEFDLSAFL RAGENRLAVM VLRWSDGSYL EDQDMWRMSG IFRDVSLLHK PTTQISDFHV ATRFNDDFSR AV LEAEVQM CGELRDYLRV TVSLWQGETQ VASGTAPFGG EIIDERGGYA DRVTLRLNVE NPKLWSAEIP NLYRAVVELH TAD GTLIEA EACDVGFRVV RIENGLLLLN GKPLLIRGVN RHEHHPLHGQ VMDEQTMVQD ILLMKQNNFN AVRCSHYPNH PLWY TLCDR YGLYVVDEAN IETHGMVPMN RLTDDPRWLP AMSERVTRMV QRDRNHPSVI IWSLGNESGH GANHDALYRW IKSVD PSRP VQYEGGGADT TATDIICPMY ARVDEDQPFP AVPKWSIKKW LSLPGETRPL ILCEYAHAMG NSLGGFAKYW QAFRQY PRL QGGFVWDWVD QSLIKYDENG NPWSAYGGDF GDTPNDRQFC MNGLVFADRT PHPALTEAKH QQQFFQFRLS GQTIEVT SE YLFRHSDNEL LHWMVALDGK PLASGEVPLD VAPQGKQLIE LPELPQPESA GQLWLTVRVV QPNATAWSEA GHISAWQQ W RLAENLSVTL PAASHAIPHL TTSEMDFCIE LGNKRWQFNR QSGFLSQMWI GDKKQLLTPL RDQFTRAPLD NDIGVSEAT RIDPNAWVER WKAAGHYQAE AALLQCTADT LADAVLITTA HAWQHQGKTL FISRKTYRID GSGQMAITVD VEVASDTPHP ARIGLNCQL AQVAERVNWL GLGPQENYPD RLTAACFDRW DLPLSDMYTP YVFPSENGLR CGTRELNYGP HQWRGDFQFN I SRYSQQQL METSHRHLLH AEEGTWLNID GFHMGIGGDD SWSPSVSAEF QLSAGRYHYQ LVWCQK UniProtKB: Beta-galactosidase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.9 / 詳細: Soft-landed sample |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: OTHER / 詳細: Soft-landed as described in manuscript. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 4100 / 平均電子線量: 34.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |