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- EMDB-18198: Helical reconstruction of the relaxed thick filament from FIB mil... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18198
タイトルHelical reconstruction of the relaxed thick filament from FIB milled left ventricular mouse myofibrils
マップデータHelical reconstruction of the relaxed thick filament from FIB-milled mouse left ventricular myofibrils
試料
  • 細胞: Relaxed thick filament; A-band region; C-type super-repeat
    • タンパク質・ペプチド: Myosin-7ミオシン
    • タンパク質・ペプチド: Myosin light chain 3
    • タンパク質・ペプチド: Myosin regulatory light chain 2, ventricular/cardiac muscle isoform
    • タンパク質・ペプチド: Titinチチン
    • タンパク質・ペプチド: Myosin binding protein C, cardiac
キーワードMammalian (哺乳類) / Muscle (骨格筋) / Thick filament (ミオフィラメント) / Cardiac (心臓) / MOTOR PROTEIN (モータータンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


forward locomotion / heart growth / striated muscle cell development / regulation of relaxation of cardiac muscle / muscle cell fate specification / Striated Muscle Contraction / regulation of slow-twitch skeletal muscle fiber contraction / regulation of the force of skeletal muscle contraction / contractile muscle fiber / cardiac myofibril ...forward locomotion / heart growth / striated muscle cell development / regulation of relaxation of cardiac muscle / muscle cell fate specification / Striated Muscle Contraction / regulation of slow-twitch skeletal muscle fiber contraction / regulation of the force of skeletal muscle contraction / contractile muscle fiber / cardiac myofibril / regulation of striated muscle contraction / cardiac myofibril assembly / muscle myosin complex / muscle filament sliding / ventricular system development / detection of muscle stretch / transition between fast and slow fiber / regulation of the force of heart contraction / myosin filament / muscle cell development / cardiac muscle tissue morphogenesis / adult heart development / cardiac muscle tissue development / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / M band / I band / myosin complex / A band / myosin II complex / structural constituent of muscle / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / ankyrin binding / microfilament motor activity / sarcomere organization / myofibril / heart contraction / intracellular non-membrane-bounded organelle / positive regulation of the force of heart contraction / cytoskeletal motor activity / skeletal muscle contraction / actin monomer binding / somitogenesis / striated muscle contraction / ATP metabolic process / heart morphogenesis / stress fiber / cardiac muscle contraction / regulation of heart rate / sarcomere / post-embryonic development / muscle contraction / negative regulation of cell growth / structural constituent of cytoskeleton / Z disc / actin filament binding / マイクロフィラメント / heart development / protein tyrosine kinase activity / in utero embryonic development / 細胞骨格 / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / protein-containing complex binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain ...PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / EFハンド / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / IQ motif, EF-hand binding site / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Kinesin motor domain superfamily / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / EF-hand, calcium binding motif / Immunoglobulin V-set domain / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Tyrosine-protein kinase, active site / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase domain / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
チチン / Myosin light chain 3 / Myosin regulatory light chain 2, ventricular/cardiac muscle isoform / Myosin binding protein C, cardiac / Myosin-7
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Tamborrini D / Raunser S
資金援助 ドイツ, European Union, 英国, 5件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
European Research Council (ERC)856118European Union
Wellcome Trust201543/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R003106/1 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structure of the native myosin filament in the relaxed cardiac sarcomere.
著者: Davide Tamborrini / Zhexin Wang / Thorsten Wagner / Sebastian Tacke / Markus Stabrin / Michael Grange / Ay Lin Kho / Martin Rees / Pauline Bennett / Mathias Gautel / Stefan Raunser /
要旨: The thick filament is a key component of sarcomeres, the basic units of striated muscle. Alterations in thick filament proteins are associated with familial hypertrophic cardiomyopathy and other ...The thick filament is a key component of sarcomeres, the basic units of striated muscle. Alterations in thick filament proteins are associated with familial hypertrophic cardiomyopathy and other heart and muscle diseases. Despite the central importance of the thick filament, its molecular organization remains unclear. Here we present the molecular architecture of native cardiac sarcomeres in the relaxed state, determined by cryo-electron tomography. Our reconstruction of the thick filament reveals the three-dimensional organization of myosin, titin and myosin-binding protein C (MyBP-C). The arrangement of myosin molecules is dependent on their position along the filament, suggesting specialized capacities in terms of strain susceptibility and force generation. Three pairs of titin-α and titin-β chains run axially along the filament, intertwining with myosin tails and probably orchestrating the length-dependent activation of the sarcomere. Notably, whereas the three titin-α chains run along the entire length of the thick filament, titin-β chains do not. The structure also demonstrates that MyBP-C bridges thin and thick filaments, with its carboxy-terminal region binding to the myosin tails and directly stabilizing the OFF state of the myosin heads in an unforeseen manner. These results provide a foundation for future research investigating muscle disorders involving sarcomeric components.
履歴
登録2023年8月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月1日-
マップ公開2023年11月1日-
更新2023年12月6日-
現状2023年12月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18198.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18198.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 196.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Helical reconstruction of the relaxed thick filament from FIB-milled mouse left ventricular myofibrils
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.41
最小 - 最大0.0 - 13.521652
平均 (標準偏差)0.027506957 (±0.3870183)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ372372372
Spacing372372372
セルA=B=C: 2168.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Relaxed thick filament; A-band region; C-type super-repeat

全体名称: Relaxed thick filament; A-band region; C-type super-repeat
要素
  • 細胞: Relaxed thick filament; A-band region; C-type super-repeat
    • タンパク質・ペプチド: Myosin-7ミオシン
    • タンパク質・ペプチド: Myosin light chain 3
    • タンパク質・ペプチド: Myosin regulatory light chain 2, ventricular/cardiac muscle isoform
    • タンパク質・ペプチド: Titinチチン
    • タンパク質・ペプチド: Myosin binding protein C, cardiac

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超分子 #1: Relaxed thick filament; A-band region; C-type super-repeat

超分子名称: Relaxed thick filament; A-band region; C-type super-repeat
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3, #5, #4
詳細: Single asymmetrical unit from the relaxed thick filament obtained from FIB milled left ventricular mouse myofibrils
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Myosin-7

分子名称: Myosin-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 223.226531 KDa
配列文字列: MADAEMAAFG AAAPFLRKSE KERLEAQTRP FDLKKDVFVP DDKEEFVKAK IVSREGGKVT AETENGKTVT VKEDQVMQQN PPKFDKIED MAMLTFLHEP AVLYNLKERY ASWMIYTYSG LFCVTVNPYK WLPVYNAEVV AAYRGKKRSE APPHIFSISD N AYQYMLTD ...文字列:
MADAEMAAFG AAAPFLRKSE KERLEAQTRP FDLKKDVFVP DDKEEFVKAK IVSREGGKVT AETENGKTVT VKEDQVMQQN PPKFDKIED MAMLTFLHEP AVLYNLKERY ASWMIYTYSG LFCVTVNPYK WLPVYNAEVV AAYRGKKRSE APPHIFSISD N AYQYMLTD RENQSILITG ESGAGKTVNT KRVIQYFAVI AAIGDRSKKD QTPGKGTLED QIIQANPALE AFGNAKTVRN DN SSRFGKF IRIHFGATGK LASADIETYL LEKSRVIFQL KAERDYHIFY QILSNKKPEL LDMLLITNNP YDYAFISQGE TTV ASIDDS EELMATDSAF DVLGFTPEEK NSIYKLTGAI MHFGNMKFKQ KQREEQAEPD GTEEADKSAY LMGLNSADLL KGLC HPRVK VGNEYVTKGQ NVQQVSYAIG ALAKSVYEKM FNWMVTRINA TLETKQPRQY FIGVLDIAGF EIFDFNSFEQ LCINF TNEK LQQFFNHHMF VLEQEEYKKE GIEWTFIDFG MDLQACIDLI EKPMGIMSIL EEECMFPKAT DMTFKAKLYD NHLGKS NNF QKPRNVKGKQ EAHFSLVHYA GTVDYNILGW LQKNKDPLNE TVVGLYQKSS LKLLSNLFAN YAGADAPADK GKGKAKK GS SFQTVSALHR ENLNKLMTNL RSTHPHFVRC IIPNETKSPG VMDNPLVMHQ LRCNGVLEGI RICRKGFPNR ILYGDFRQ R YRILNPAAIP EGQFIDSRKG AEKLLGSLDI DHNQYKFGHT KVFFKAGLLG LLEEMRDERL SRIITRIQAQ SRGVLSRME FKKLLERRDS LLIIQWNIRA FMGVKNWPWM KLYFKIKPLL KSAETEKEMA TMKEEFGRVK DALEKSEARR KELEEKMVSL LQEKNDLQL QVQAEQDNLA DAEERCDQLI KNKIQLEAKV KEMTERLEDE EEMNAELTAK KRKLEDECSE LKRDIDDLEL T LAKVEKEK HATENKVKNL TEEMAGLDEI IVKLTKEKKA LQEAHQQALD DLQAEEDKVN TLTKAKVKLE QQVDDLEGSL EQ EKKVRMD LERAKRKLEG DLKLTQESIM DLENDKQQLD ERLKKKDFEL NALNARIEDE QALGSQLQKK LKELQARIEE LEE ELEAER TARAKVEKLR SDLSRELEEI SERLEEAGGA TSVQIEMNKK REAEFQKMRR DLEEATLQHE ATAAALRKKH ADSV AELGE QIDNLQRVKQ KLEKEKSEFK LELDDVTSNM EQIIKAKANL EKMCRTLEDQ MNEHRSKAEE TQRSVNDLTS QRAKL QTEN GELSRQLDEK EALISQLTRG KLTYTQQLED LKRQLEEEVK AKNALAHALQ SARHDCDLLR EQYEEETEAK AELQRV LSK ANSEVAQWRT KYETDAIQRT EELEEAKKKL AQRLQDAEEA VEAVNAKCSS LEKTKHRLQN EIEDLMVDVE RSNAAAA AL DKKQRNFDKI LAEWKQKYEE SQSELESSQK EARSLSTELF KLKNAYEESL EHLETFKREN KNLQEEISDL TEQLGSTG K SIHELEKIRK QLEAEKLELQ SALEEAEASL EHEEGKILRA QLEFNQIKAE IERKLAEKDE EMEQAKRNHL RMVDSLQTS LDAETRSRNE ALRVKKKMEG DLNEMEIQLS HANRMAAEAQ KQVKSLQSLL KDTQIQLDDA VRANDDLKEN IAIVERRNNL LQAELEELR AVVEQTERSR KLAEQELIET SERVQLLHSQ NTSLINQKKK MDADLSQLQT EVEEAVQECR NAEEKAKKAI T DAAMMAEE LKKEQDTSAH LERMKKNMEQ TIKDLQHRLD EAEQIALKGG KKQLQKLEAR VRELENELEA EQKRNAESVK GM RKSERRI KELTYQTEED RKNLLRLQDL VDKLQLKVKA YKRQAEEAEE QANTNLSKFR KVQHELDEAE ERADIAESQV NKL RAKSRD IGAKGLNEE

UniProtKB: Myosin-7

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分子 #2: Myosin light chain 3

分子名称: Myosin light chain 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 17.243553 KDa
配列文字列:
IEFTPEQIEE FKEAFLLFDR TPKGEMKITY GQCGDVLRAL GQNPTQAEVL RVLGKPKQEE LNSKMMDFET FLPMLQHISK NKDTGTYED FVEGLRVFDK EGNGTVMGAE LRHVLATLGE RLTEDEVEKL MAGQEDSNGC INYEAFVKHI MAS

UniProtKB: Myosin light chain 3

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分子 #3: Myosin regulatory light chain 2, ventricular/cardiac muscle isoform

分子名称: Myosin regulatory light chain 2, ventricular/cardiac muscle isoform
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 18.259512 KDa
配列文字列:
KKRIEGGSSN VFSMFEQTQI QEFKEAFTIM DQNRDGFIDK NDLRDTFAAL GRVNVKNEEI DEMIKEAPGP INFTVFLTMF GEKLKGADP EETILNAFKV FDPEGKGSLK ADYVREMLTT QAERFSKEEI DQMFAAFPPD VTGNLDYKNL VHIITHGEEK D

UniProtKB: Myosin regulatory light chain 2, ventricular/cardiac muscle isoform

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分子 #4: Myosin binding protein C, cardiac

分子名称: Myosin binding protein C, cardiac / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 44.777125 KDa
配列文字列: PIGPPGEPTH LAVEDVSDTT VSLKWRPPER VGAGGLDGYS VEYCQEGCSE WTPALQGLTE RTSMLVKDLP TGARLLFRVR AHNVAGPGG PIVTKEPVTV QEILQRPRLQ LPRHLRQTIQ KKVGEPVNLL IPFQGKPRPQ VTWTKEGQPL AGEEVSIRNS P TDTILFIR ...文字列:
PIGPPGEPTH LAVEDVSDTT VSLKWRPPER VGAGGLDGYS VEYCQEGCSE WTPALQGLTE RTSMLVKDLP TGARLLFRVR AHNVAGPGG PIVTKEPVTV QEILQRPRLQ LPRHLRQTIQ KKVGEPVNLL IPFQGKPRPQ VTWTKEGQPL AGEEVSIRNS P TDTILFIR AARRTHSGTY QVTVRIENME DKATLILQIV DKPSPPQDIR IVETWGFNVA LEWKPPQDDG NTEIWGYTVQ KA DKKTMEW FTVLEHYRRT HCVVSELIIG NGYYFRVFSH NMVGSSDKAA ATKEPVFIPR PGITYEPPKY KALDFSEAPS FTQ PLANRS IIAGYNAILC CAVRGSPKPK ISWFKNGLDL GEDARFRMFC KQGVLTLEIR KPCPYDGGVY VCRATNLQGE AQCE

UniProtKB: Myosin binding protein C, cardiac

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分子 #5: Titin

分子名称: Titin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 118.76632 KDa
配列文字列: DPCDPPGRPE AIVITRNSVT LKWKKPVYDG GSKITGYIVE KKDLPDGRWM KASFTNVVET EFTVTGLVED QRYEFRVIAR NAADNFSEP SESSGAITAR DEIDAPNASL DPKYRDVIIV HAGETFVLEA DIRGKPIPDI IWSKDGNELE ETAARMEIKS T LQKTTLIV ...文字列:
DPCDPPGRPE AIVITRNSVT LKWKKPVYDG GSKITGYIVE KKDLPDGRWM KASFTNVVET EFTVTGLVED QRYEFRVIAR NAADNFSEP SESSGAITAR DEIDAPNASL DPKYRDVIIV HAGETFVLEA DIRGKPIPDI IWSKDGNELE ETAARMEIKS T LQKTTLIV KDCIRTDGGQ YTLKLSNVGG TKTIPITVKV LDRPGPPEGP LKVTGVTAEK CYLAWNPPLQ DGGASISHYI IE KRETSRL SWTQVSNEVQ ALNYKVTKLL PGNEYIFRVM AVNKYGIGEA LESEPVIACN PYKRPGPPST PEASAITKDS MVL TWTRPV DDGGAEIEGY ILEKRDKEGI RWTKCNKKTL TDLRFRVTGL TEGHSYEFRV AAENAAGVGE PSEPSVFYRA CDAL YPPGP PSNPKVTDTS RSSVSLAWNK PIYDGGAPVR GYVIELKKAA ADEWTTCTPP SGLQGKQFTV TKLKENTEYN FRICA FNTE GVGEPATIPG SVVAQERMEA PEIELDADLR KVVTLRASAT LRLFVTIKGR PEPEVKWEKA EGILTERAQI EVTSSY TML VIDNVTRFDS GRYNLTLENN SGSKTAFVNV RVLDSPSAPV NLTIREVKKD SVTLSWEPPL IDGGAKITNY IVEKRET TR KAYATITNNC TKNTFKIENL QEGCSYYFRV LASNEYGIGL PAETAEPVKV SEPPLPPGRV TLVDVTRNTA TIKWEKPE S DGGSKITGYV VEMQTKGSEK WSACTQVKTL ETTISGLTAG EEYVFRVAAV NEKGRSDPRQ LGVPVIAKDI EIKPSVELP FNTFNVKAND QLKIDIPFKG RPQATVAWKK DGQVLRETTR VNVASSKTVT TLSIKEASRE DVGTYELCVS NTAGSITVPI TVIVLDRPG PPGPIRIDEV SCDNVSISWN PPEYDGGCQI SNYIVEKRET TSTTWQVVSQ AVARTSIKIV RLTTGSEYQF R VCAENRYG KSSYSESSAV VAEYPFSPPG PPGTPKVVHA TKSTMVVSWQ VPVNDGGSQV IGYHLEYKER SSILWSKANK VL IADTQMK VSGLDEGLMY EYRVYAENIA GIGKCSKACE PV

UniProtKB: チチン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.1
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 3.4 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 89 / 使用した粒子像数: 67492
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 430.0 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 0 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C3 (3回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION
詳細: Helical reconstruction containing 4.5x repeats extrapolated from a 3x repeat reconstruction (EMD-18146)
使用したサブトモグラム数: 1589

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原子モデル構築 1

初期モデル(Chain: AlphaFold, SwissModel)
得られたモデル

PDB-8q6t:
Helical reconstruction of the relaxed thick filament from FIB milled left ventricular mouse myofibrils

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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