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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17369 | ||||||||||||
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タイトル | A CHIMERA construct containing human SARM1 ARM and SAM domains and C. elegans TIR domain. | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | SARM1 / TIR-1 / C. elegans (カエノラブディティス・エレガンス) / neurodegeneration (神経変性疾患) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / structural biology (構造生物学) / NAD+ metabolism / axon Wallerian degeneration / HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 serotonin biosynthetic process / negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / NAD catabolic process / NADP+ nucleosidase activity / NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / protein localization to mitochondrion / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating ...serotonin biosynthetic process / negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / NAD catabolic process / NADP+ nucleosidase activity / NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / protein localization to mitochondrion / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / nervous system process / cell fate specification / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / regulation of dendrite morphogenesis / response to axon injury / defense response to fungus / response to glucose / signaling adaptor activity / regulation of neuron apoptotic process / axon cytoplasm / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / protein localization / small GTPase binding / cell-cell signaling / nervous system development / cell body / 微小管 / mitochondrial outer membrane / defense response to Gram-negative bacterium / 細胞分化 / defense response to bacterium / 神経繊維 / negative regulation of gene expression / 自然免疫系 / シナプス / 樹状突起 / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.68 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Isupov MN / Opatowsky Y | ||||||||||||
資金援助 | イスラエル, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023 タイトル: Structure-function analysis of ceTIR-1/hSARM1 explains the lack of Wallerian axonal degeneration in C. elegans. 著者: Tami Khazma / Atira Grossman / Julia Guez-Haddad / Chengye Feng / Hadas Dabas / Radhika Sain / Michal Weitman / Ran Zalk / Michail N Isupov / Marc Hammarlund / Michael Hons / Yarden Opatowsky / 要旨: Wallerian axonal degeneration (WD) does not occur in the nematode C. elegans, in contrast to other model animals. However, WD depends on the NADase activity of SARM1, a protein that is also expressed ...Wallerian axonal degeneration (WD) does not occur in the nematode C. elegans, in contrast to other model animals. However, WD depends on the NADase activity of SARM1, a protein that is also expressed in C. elegans (ceSARM/ceTIR-1). We hypothesized that differences in SARM between species might exist and account for the divergence in WD. We first show that expression of the human (h)SARM1, but not ceTIR-1, in C. elegans neurons is sufficient to confer axon degeneration after nerve injury. Next, we determined the cryoelectron microscopy structure of ceTIR-1 and found that, unlike hSARM1, which exists as an auto-inhibited ring octamer, ceTIR-1 forms a readily active 9-mer. Enzymatically, the NADase activity of ceTIR-1 is substantially weaker (10-fold higher Km) than that of hSARM1, and even when fully active, it falls short of consuming all cellular NAD. Our experiments provide insight into the molecular mechanisms and evolution of SARM orthologs and WD across species. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17369.map.gz | 51.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17369-v30.xml emd-17369.xml | 17.1 KB 17.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17369_fsc.xml | 9.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17369.png | 98.8 KB | ||
その他 | emd_17369_half_map_1.map.gz emd_17369_half_map_2.map.gz | 95.5 MB 95.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17369 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17369 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8p2lMC 8p2mC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17369.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17369_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17369_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : A CHIMERA construct containing human SARM1 ARM and SAM domains an...
全体 | 名称: A CHIMERA construct containing human SARM1 ARM and SAM domains and C. elegans TIR domain. |
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要素 |
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-超分子 #1: A CHIMERA construct containing human SARM1 ARM and SAM domains an...
超分子 | 名称: A CHIMERA construct containing human SARM1 ARM and SAM domains and C. elegans TIR domain. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: NAD(+) hydrolase SARM1,NAD(+) hydrolase tir-1
分子 | 名称: NAD(+) hydrolase SARM1,NAD(+) hydrolase tir-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 81.070656 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSYHHHHHHD YDIPTTENLY FQGAMGSERL AVPGPDGGGG TGPWWAAGGR GPREVSPGAG TEVQDALERA LPELQQALSA LKQAGGARA VGAGLAEVFQ LVEEAWLLPA VGREVAQGLC DAIRLDGGLD LLLRLLQAPE LETRVQAARL LEQILVAENR D RVARIGLG ...文字列: MSYHHHHHHD YDIPTTENLY FQGAMGSERL AVPGPDGGGG TGPWWAAGGR GPREVSPGAG TEVQDALERA LPELQQALSA LKQAGGARA VGAGLAEVFQ LVEEAWLLPA VGREVAQGLC DAIRLDGGLD LLLRLLQAPE LETRVQAARL LEQILVAENR D RVARIGLG VILNLAKERE PVELARSVAG ILEHMFKHSE ETCQRLVAAG GLDAVLYWCR RTDPALLRHC ALALGNCALH GG QAVQRRM VEKRAAEWLF PLAFSKEDEL LRLHACLAVA VLATNKEVER EVERSGTLAL VEPLVASLDP GRFARCLVDA SDT SQGRGP DDLQRLVPLL DSNRLEAQCI GAFYLCAEAA IKSLQGKTKV FSDIGAIQSL KRLVSYSTNG TKSALAKRAL RLLG EEVPR PILPSVPSWK EAEVQTWLQQ IGFSKYCESF REQQVDGDLL LRLTEEELQT DLGMKSGITR KRFFRELTEL KTFAN YSTC DRSNLADWLG SLDPRFRQYT YGLVSCGLDR SLLHRVSEQQ LLEDCGIHLG VHRARILTAA REMLHSPLPC TGGKPS GDT PDVFISYRRS TGNQLASLIK VLLQLRGYRV FIDVDKLYAG KFDSSLLKNI QAAKHFILVL TPNSLDRLLN DDNCEDW VH KELKCAFEHQ KNIIPIFDTA FEFPTKEDQI PNDIRMITKY NGVKWVHDYQ DACMAKVVRF ITGELNRTTP TTKEMPSI S RKTTQQR UniProtKB: NAD(+) hydrolase SARM1, NAD(+) hydrolase tir-1 |
-分子 #2: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子 | 名称: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: NAD |
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分子量 | 理論値: 663.425 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAD: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 41.4 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT | |||||||||
得られたモデル | PDB-8p2l: |