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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15528 | |||||||||
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タイトル | AQP7 dimer of tetramers_D4 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Transport of glycerol from adipocytes to the liver by Aquaporins / glycerol channel activity / urea transmembrane transporter activity / Passive transport by Aquaporins / glycerol transmembrane transport / water channel activity / water transport / lipid droplet / cytoplasmic vesicle membrane / cell-cell junction ...Transport of glycerol from adipocytes to the liver by Aquaporins / glycerol channel activity / urea transmembrane transporter activity / Passive transport by Aquaporins / glycerol transmembrane transport / water channel activity / water transport / lipid droplet / cytoplasmic vesicle membrane / cell-cell junction / 細胞皮質 / basolateral plasma membrane / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.55 Å | |||||||||
データ登録者 | Huang P / Venskutonyte R / Fan X / Li P / Yan N / Gourdon P / Lindkvist-Petersson K | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure supports a role of AQP7 as a junction protein. 著者: Peng Huang / Raminta Venskutonytė / Rashmi B Prasad / Hamidreza Ardalani / Sofia W de Maré / Xiao Fan / Ping Li / Peter Spégel / Nieng Yan / Pontus Gourdon / Isabella Artner / Karin Lindkvist-Petersson / 要旨: Aquaglyceroporin 7 (AQP7) facilitates glycerol flux across the plasma membrane with a critical physiological role linked to metabolism, obesity, and associated diseases. Here, we present the single- ...Aquaglyceroporin 7 (AQP7) facilitates glycerol flux across the plasma membrane with a critical physiological role linked to metabolism, obesity, and associated diseases. Here, we present the single-particle cryo-EM structure of AQP7 determined at 2.55 Å resolution adopting two adhering tetramers, stabilized by extracellularly exposed loops, in a configuration like that of the well-characterized interaction of AQP0 tetramers. The central pore, in-between the four monomers, displays well-defined densities restricted by two leucine filters. Gas chromatography mass spectrometry (GC/MS) results show that the AQP7 sample contains glycerol 3-phosphate (Gro3P), which is compatible with the identified features in the central pore. AQP7 is shown to be highly expressed in human pancreatic α- and β- cells suggesting that the identified AQP7 octamer assembly, in addition to its function as glycerol channel, may serve as junction proteins within the endocrine pancreas. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15528.map.gz | 125.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15528-v30.xml emd-15528.xml | 17.6 KB 17.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_15528.png | 38 KB | ||
その他 | emd_15528_half_map_1.map.gz emd_15528_half_map_2.map.gz | 225.9 MB 225.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15528 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15528 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15528.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8464 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15528_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15528_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : dimer of tetramers
全体 | 名称: dimer of tetramers |
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要素 |
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-超分子 #1: dimer of tetramers
超分子 | 名称: dimer of tetramers / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Aquaporin-7
分子 | 名称: Aquaporin-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 37.264395 KDa |
組換発現 | 生物種: Komagataella pastoris (菌類) |
配列 | 文字列: MVQASGHRRS TRGSKMVSWS VIAKIQEILQ RKMVREFLAE FMSTYVMMVF GLGSVAHMVL NKKYGSYLGV NLGFGFGVTM GVHVAGRIS GAHMNAAVTF ANCALGRVPW RKFPVYVLGQ FLGSFLAAAT IYSLFYTAIL HFSGGQLMVT GPVATAGIFA T YLPDHMTL ...文字列: MVQASGHRRS TRGSKMVSWS VIAKIQEILQ RKMVREFLAE FMSTYVMMVF GLGSVAHMVL NKKYGSYLGV NLGFGFGVTM GVHVAGRIS GAHMNAAVTF ANCALGRVPW RKFPVYVLGQ FLGSFLAAAT IYSLFYTAIL HFSGGQLMVT GPVATAGIFA T YLPDHMTL WRGFLNEAWL TGMLQLCLFA ITDQENNPAL PGTEALVIGI LVVIIGVSLG MNTGYAINPS RDLPPRIFTF IA GWGKQVF SNGENWWWVP VVAPLLGAYL GGIIYLVFIG STIPREPLKL EDSVAYEDHG ITVLPKMGSH EPTISPLTPV SVS PANRSS VHPAPPLHES MALEHF |
-分子 #2: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 57 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 詳細: 20mA | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 詳細: 3s blot, 3s wait, 0s drain time, 0 blot force. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14000 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 371567 詳細: Those particles were picked from the sub-dataset of 3225 micrographs by template picking tool. |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 3次元分類 | クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 想定した対称性 - 点群: D4 (2回x4回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 102367 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 98.6 |
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得られたモデル | PDB-8amx: |