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- EMDB-14574: E.coli gyrase holocomplex with 217 bp DNA and Albi-1 (site AA) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14574
タイトルE.coli gyrase holocomplex with 217 bp DNA and Albi-1 (site AA)
マップデータ
試料
  • 複合体: Escherichia coli gyrase holocomplex with 217 bp phage Mu SGS DNA and albicidin stabilised by ADPNP
    • 複合体: Escherichia coli gyrase holocomplex
      • タンパク質・ペプチド: DNA gyrase subunit ADNAジャイレース
      • タンパク質・ペプチド: DNA gyrase subunit BDNAジャイレース
    • 複合体: 217 bp phage Mu SGS DNA
      • DNA: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*GP*T)-3')
      • DNA: DNA (5'-D(P*AP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*TP*AP*A)-3')
      • DNA: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*T)-3')
      • DNA: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*CP*T)-3')
  • リガンド: 4-[[4-[[5-[[(2S)-2-[[5-[(4-cyanophenyl)carbonylamino]pyridin-2-yl]carbonylamino]-3-(1H-1,2,3-triazol-4-yl)propanoyl]amino]pyridin-2-yl]carbonylamino]-2-oxidanyl-3-propan-2-yloxy-phenyl]carbonylamino]benzoic acid
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water水
キーワードtype II topoisomerase / antibiotic (抗生物質) / albicidin / DNA gyrase (DNAジャイレース) / ISOMERASE (異性化酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA-templated DNA replication / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA-templated DNA replication / 染色体 / response to xenobiotic stimulus ...negative regulation of DNA-templated DNA replication / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA-templated DNA replication / 染色体 / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / GyrB, hook / DNA gyrase subunit B insert domain / DNA gyrase B subunit insert domain / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain ...: / GyrB, hook / DNA gyrase subunit B insert domain / DNA gyrase B subunit insert domain / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA gyrase subunit A / DNA gyrase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) / Escherichia phage Mu (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Ghilarov D / Heddle JGH
資金援助 英国, ポーランド, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust221868/Z/20/Z 英国
Polish National Science Centre2020/39/B/NZ1/02898 ポーランド
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2023
タイトル: Molecular mechanism of topoisomerase poisoning by the peptide antibiotic albicidin.
著者: Elizabeth Michalczyk / Kay Hommernick / Iraj Behroz / Marcel Kulike / Zuzanna Pakosz-Stępień / Lukasz Mazurek / Maria Seidel / Maria Kunert / Karine Santos / Holger von Moeller / Bernhard ...著者: Elizabeth Michalczyk / Kay Hommernick / Iraj Behroz / Marcel Kulike / Zuzanna Pakosz-Stępień / Lukasz Mazurek / Maria Seidel / Maria Kunert / Karine Santos / Holger von Moeller / Bernhard Loll / John B Weston / Andi Mainz / Jonathan G Heddle / Roderich D Süssmuth / Dmitry Ghilarov /
要旨: The peptide antibiotic albicidin is a DNA topoisomerase inhibitor with low-nanomolar bactericidal activity towards fluoroquinolone-resistant Gram-negative pathogens. However, its mode of action is ...The peptide antibiotic albicidin is a DNA topoisomerase inhibitor with low-nanomolar bactericidal activity towards fluoroquinolone-resistant Gram-negative pathogens. However, its mode of action is poorly understood. We determined a 2.6 Å resolution cryoelectron microscopy structure of a ternary complex between topoisomerase DNA gyrase, a 217 bp double-stranded DNA fragment and albicidin. Albicidin employs a dual binding mechanism where one end of the molecule obstructs the crucial gyrase dimer interface, while the other intercalates between the fragments of cleaved DNA substrate. Thus, albicidin efficiently locks DNA gyrase, preventing it from religating DNA and completing its catalytic cycle. Two additional structures of this trapped state were determined using synthetic albicidin analogues that demonstrate improved solubility, and activity against a range of gyrase variants and topoisomerase IV. The extraordinary promiscuity of the DNA-intercalating region of albicidins and their excellent performance against fluoroquinolone-resistant bacteria holds great promise for the development of last-resort antibiotics.
履歴
登録2022年3月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月15日-
マップ公開2023年2月15日-
更新2023年7月19日-
現状2023年7月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14574.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14574.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.465079 - 0.93514353
平均 (標準偏差)0.002351305 (±0.023501351)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 344.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14574_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14574_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia coli gyrase holocomplex with 217 bp phage Mu SGS DNA ...

全体名称: Escherichia coli gyrase holocomplex with 217 bp phage Mu SGS DNA and albicidin stabilised by ADPNP
要素
  • 複合体: Escherichia coli gyrase holocomplex with 217 bp phage Mu SGS DNA and albicidin stabilised by ADPNP
    • 複合体: Escherichia coli gyrase holocomplex
      • タンパク質・ペプチド: DNA gyrase subunit ADNAジャイレース
      • タンパク質・ペプチド: DNA gyrase subunit BDNAジャイレース
    • 複合体: 217 bp phage Mu SGS DNA
      • DNA: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*GP*T)-3')
      • DNA: DNA (5'-D(P*AP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*TP*AP*A)-3')
      • DNA: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*T)-3')
      • DNA: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*CP*T)-3')
  • リガンド: 4-[[4-[[5-[[(2S)-2-[[5-[(4-cyanophenyl)carbonylamino]pyridin-2-yl]carbonylamino]-3-(1H-1,2,3-triazol-4-yl)propanoyl]amino]pyridin-2-yl]carbonylamino]-2-oxidanyl-3-propan-2-yloxy-phenyl]carbonylamino]benzoic acid
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Escherichia coli gyrase holocomplex with 217 bp phage Mu SGS DNA ...

超分子名称: Escherichia coli gyrase holocomplex with 217 bp phage Mu SGS DNA and albicidin stabilised by ADPNP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6

+
超分子 #2: Escherichia coli gyrase holocomplex

超分子名称: Escherichia coli gyrase holocomplex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
株: K12

+
超分子 #3: 217 bp phage Mu SGS DNA

超分子名称: 217 bp phage Mu SGS DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#6
由来(天然)生物種: Escherichia phage Mu (ファージ)

+
分子 #1: DNA gyrase subunit A

分子名称: DNA gyrase subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)
由来(天然)生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
株: K12
分子量理論値: 97.854305 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SSDLAREITP VNIEEELKSS YLDYAMSVIV GRALPDVRDG LKPVHRRVLY AMNVLGNDWN KAYKKSARVV GDVIGKYHPH GDSAVYDTI VRMAQPFSLR YMLVDGQGNF GSIDGDSAAA MR(PTR)TEIRLAK IAHELMADLE KETVDFVDNY DGTEKIP DV ...文字列:
SSDLAREITP VNIEEELKSS YLDYAMSVIV GRALPDVRDG LKPVHRRVLY AMNVLGNDWN KAYKKSARVV GDVIGKYHPH GDSAVYDTI VRMAQPFSLR YMLVDGQGNF GSIDGDSAAA MR(PTR)TEIRLAK IAHELMADLE KETVDFVDNY DGTEKIP DV MPTKIPNLLV NGSSGIAVGM ATNIPPHNLT EVINGCLAYI DDEDISIEGL MEHIPGPDFP TAAIINGRRG IEEAYRTG R GKVYIRARAE VEVDAKTGRE TIIVHEIPYQ VNKARLIEKI AELVKEKRVE GISALRDESD KDGMRIVIEV KRDAVGEVV LNNLYSQTQL QVSFGINMVA LHHGQPKIMN LKDIIAAFVR HRREVVTRRT IFELRKARDR AHILEALAVA LANIDPIIEL IRHAPTPAE AKTALVANPW QLGNVAAMLE RAGDDAARPE WLEPEFGVRD GLYYLTEQQA QAILDLRLQK LTGLEHEKLL D EYKELLDQ IAELLRILGS ADRLMEVIRE ELELVREQFG DKRRTEITAN SADINLEDLI TQEDVVVTLS HQGYVKYQPL SE YEAQRRG GKGKSAARIK EEDFIDRLLV ANTHDHILCF SSRGRVYSMK VYQLPEATRG ARGRPIVNLL PLEQDERITA ILP VTEFEE GVKVFMATAN GTVKKTVLTE FNRLRTAGKV AIKLVDGDEL IGVDLTSGED EVMLFSAEGK VVRFKESSVR AMGC NTTGV RGIRLGEGDK VVSLIVPRGD GAILTATQNG YGKRTAVAEY PTKSRATKGV ISIKVTERNG LVVGAVQVDD CDQIM MITD AGTLVRTRVS EISIVGRNTQ GVILIRTAED ENVVGLQRVA EPVDEEDLDT IDGSAAEGDD EIAPEVDVDD EPEEEL EVL FQ

UniProtKB: DNA gyrase subunit A

+
分子 #2: DNA gyrase subunit B

分子名称: DNA gyrase subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)
由来(天然)生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
株: K12
分子量理論値: 90.891734 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GPSNSYDSSS IKVLKGLDAV RKRPGMYIGD TDDGTGLHHM VFEVVDNAID EALAGHCKEI IVTIHADNSV SVQDDGRGIP TGIHPEEGV SAAEVIMTVL HAGGKFDDNS YKVSGGLHGV GVSVVNALSQ KLELVIQREG KIHRQIYEHG VPQAPLAVTG E TEKTGTMV ...文字列:
GPSNSYDSSS IKVLKGLDAV RKRPGMYIGD TDDGTGLHHM VFEVVDNAID EALAGHCKEI IVTIHADNSV SVQDDGRGIP TGIHPEEGV SAAEVIMTVL HAGGKFDDNS YKVSGGLHGV GVSVVNALSQ KLELVIQREG KIHRQIYEHG VPQAPLAVTG E TEKTGTMV RFWPSLETFT NVTEFEYEIL AKRLRELSFL NSGVSIRLRD KRDGKEDHFH YEGGIKAFVE YLNKNKTPIH PN IFYFSTE KDGIGVEVAL QWNDGFQENI YCFTNNIPQR DGGTHLAGFR AAMTRTLNAY MDKEGYSKKA KVSATGDDAR EGL IAVVSV KVPDPKFSSQ TKDKLVSSEV KSAVEQQMNE LLAEYLLENP TDAKIVVGKI IDAARAREAA RRAREMTRRK GALD LAGLP GKLADCQERD PALSELYLVE GDSAGGSAKQ GRNRKNQAIL PLKGKILNVE KARFDKMLSS QEVATLITAL GCGIG RDEY NPDKLRYHSI IIMTDADVDG SHIRTLLLTF FYRQMPEIVE RGHVYIAQPP LYKVKKGKQE QYIKDDEAMD QYQISI ALD GATLHTNASA PALAGEALEK LVSEYNATQK MINRMERRYP KAMLKELIYQ PTLTEADLSD EQTVTRWVNA LVSELND KE QHGSQWKFDV HTNAEQNLFE PIVRVRTHGV DTDYPLDHEF ITGGEYRRIC TLGEKLRGLL EEDAFIERGE RRQPVASF E QALDWLVKES RRGLSIQRYK GLGEMNPEQL WETTMDPESR RMLRVTVKDA IAADQLFTTL MGDAVEPRRA FIEENALKA ANIDIENLYF Q

UniProtKB: DNA gyrase subunit B

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分子 #3: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*GP*T)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*GP*T)-3')
タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia phage Mu (ファージ)
分子量理論値: 4.335827 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC) (DG)(DG)(DG)(DT)

+
分子 #4: DNA (5'-D(P*AP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*TP*AP*A)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*AP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*TP*AP*A)-3')
タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia phage Mu (ファージ)
分子量理論値: 4.321856 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DT)(DA)(DA)

+
分子 #5: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*T)-3')

分子名称: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*T)-3')
タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia phage Mu (ファージ)
分子量理論値: 5.444558 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC) (DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)

+
分子 #6: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*CP*T)-3')

分子名称: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*CP*T)-3')
タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia phage Mu (ファージ)
分子量理論値: 5.487561 KDa
配列文字列:
(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)

+
分子 #7: 4-[[4-[[5-[[(2S)-2-[[5-[(4-cyanophenyl)carbonylamino]pyridin-2-yl...

分子名称: 4-[[4-[[5-[[(2S)-2-[[5-[(4-cyanophenyl)carbonylamino]pyridin-2-yl]carbonylamino]-3-(1H-1,2,3-triazol-4-yl)propanoyl]amino]pyridin-2-yl]carbonylamino]-2-oxidanyl-3-propan-2-yloxy-phenyl]carbonylamino]benzoic acid
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: IL1
分子量理論値: 837.796 Da
Chemical component information

ChemComp-IL1:
4-[[4-[[5-[[(2S)-2-[[5-[(4-cyanophenyl)carbonylamino]pyridin-2-yl]carbonylamino]-3-(1H-1,2,3-triazol-4-yl)propanoyl]amino]pyridin-2-yl]carbonylamino]-2-oxidanyl-3-propan-2-yloxy-phenyl]carbonylamino]benzoic acid

+
分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #9: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 10 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度12 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 名称: HEPES
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 1366620
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 25663
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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