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- EMDB-14453: MVV strand transfer complex (STC) intasome in complex with LEDGF/... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14453
タイトルMVV strand transfer complex (STC) intasome in complex with LEDGF/p75 at 3.5 A resolution
マップデータdeepEMhancer tight target map
試料
  • 複合体: MVV STC intasome in complex with LEDGF
    • タンパク質・ペプチド: Pol polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: PC4 and SFRS1-interacting protein
    • DNA: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*G)-3')
    • DNA: DNA (37-MER)
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*G)-3')
  • リガンド: ZINC ION
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / リボヌクレアーゼH / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / リボヌクレアーゼH / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition / ヘテロクロマチン / nuclear periphery / ユークロマチン / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / カプシド / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / response to heat / DNA recombination / DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / transcription coactivator activity / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / クロマチンリモデリング / symbiont entry into host cell / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Lens epithelium-derived growth factor, integrase-binding domain / HIV integrase-binding domain superfamily / Lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) / TFIIS/LEDGF domain superfamily / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain ...Lens epithelium-derived growth factor, integrase-binding domain / HIV integrase-binding domain superfamily / Lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) / TFIIS/LEDGF domain superfamily / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / gag protein p24 N-terminal domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / リボヌクレアーゼH / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PC4 and SFRS1-interacting protein / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Visna/maedi virus EV1 KV1772 (ビスナウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / DNA molecule (デオキシリボ核酸)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ballandras-Colas A / Nans A / Cherepanov P
資金援助 英国, 米国, 2件
OrganizationGrant number国
The Francis Crick InstituteFC10061 英国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P50AI150481 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Multivalent interactions essential for lentiviral integrase function.
著者: Ballandras-Colas A / Chivukula V / Gruszka DT / Shan Z / Singh PK / Pye VE / McLean RK / Bedwell GJ / Li W / Nans A / Cook NJ / Fadel HJ / Poeschla EM / Griffiths DJ / Vargas J / Taylor IA / ...著者: Ballandras-Colas A / Chivukula V / Gruszka DT / Shan Z / Singh PK / Pye VE / McLean RK / Bedwell GJ / Li W / Nans A / Cook NJ / Fadel HJ / Poeschla EM / Griffiths DJ / Vargas J / Taylor IA / Lyumkis D / Yardimci H / Engelman AN / Cherepanov P
履歴
登録2022年2月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月11日-
マップ公開2022年5月11日-
更新2022年12月21日-
現状2022年12月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14453.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14453.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈deepEMhancer tight target map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.38 Å/pix.
x 320 pix.
= 441.6 Å		1.38 Å/pix.
x 320 pix.
= 441.6 Å		1.38 Å/pix.
x 320 pix.
= 441.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.0018081084 - 2.1215732
平均 (標準偏差)0.0007304996 (±0.018725066)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 441.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14453_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: original volume map - no enhancement

ファイルemd_14453_additional_1.map
注釈original volume map - no enhancement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Phenix local sharpen map - this map was...

ファイルemd_14453_additional_2.map
注釈Phenix local sharpen map - this map was used for model real space refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_14453_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_14453_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MVV STC intasome in complex with LEDGF

全体名称: MVV STC intasome in complex with LEDGF
要素
  • 複合体: MVV STC intasome in complex with LEDGF
    • タンパク質・ペプチド: Pol polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: PC4 and SFRS1-interacting protein
    • DNA: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*G)-3')
    • DNA: DNA (37-MER)
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*G)-3')
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: MVV STC intasome in complex with LEDGF

超分子名称: MVV STC intasome in complex with LEDGF / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Visna/maedi virus EV1 KV1772 (ビスナウイルス)
分子量理論値: 480 KDa

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分子 #1: Pol polyprotein

分子名称: Pol polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ
由来(天然)生物種: Visna/maedi virus EV1 KV1772 (ビスナウイルス)
株: KV1772
分子量理論値: 32.368826 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: WIENIPLAEE EHNKWHQDAV SLHLEFGIPR TAAEDIVQQC DVCQENKMPS TLRGSNKRGI DHWQVDYTHY EDKIILVWVE TNSGLIYAE RVKGETGQEF RVQTMKWYAM FAPKSLQSDN GPAFVAESTQ LLMKYLGIEH TTGIPWNPQS QALVERTHQT L KNTLEKLI ...文字列:
WIENIPLAEE EHNKWHQDAV SLHLEFGIPR TAAEDIVQQC DVCQENKMPS TLRGSNKRGI DHWQVDYTHY EDKIILVWVE TNSGLIYAE RVKGETGQEF RVQTMKWYAM FAPKSLQSDN GPAFVAESTQ LLMKYLGIEH TTGIPWNPQS QALVERTHQT L KNTLEKLI PMFNAFESAL AGTLITLNIK RKGGLGTSPM DIFIFNKEQQ RIQQQSKSKQ EKIRFCYYRT RKRGHPGEWQ GP TQVLWGG DGAIVVKDRG TDRYLVIANK DVKFIPPPKE IQKE

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分子 #2: PC4 and SFRS1-interacting protein

分子名称: PC4 and SFRS1-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.07597 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SMDSRLQRIH AEIKNSLKID NLDVNRCIEA LDELASLQVT MQQAQKHTEM ITTLKKIRRF KVSQVIMEKS TMLYNKFKNM FLVGEGDSV LEVLFQ

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分子 #3: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*CP*GP*...

分子名称: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*G)-3')
タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (デオキシリボ核酸)
分子量理論値: 7.064532 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT) (DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DT)(DT)

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分子 #4: DNA (37-MER)

分子名称: DNA (37-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (デオキシリボ核酸)
分子量理論値: 15.387863 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG) (DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DC) (DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA) (DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA) (DG) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DG)(DG)

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分子 #5: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*G)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*G)-3') / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (デオキシリボ核酸)
分子量理論値: 7.0736 KDa
配列文字列:
(DC)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG) (DG)(DT)(DG)

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 12 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 6.5 / 詳細: 310 mM NaCl, 3 mM CaCl2, 25 mM BisTris-HCl, pH 6.5.
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The intasomes were typically assembled by incubating 7 uM MVV IN, 8 uM LEDGF/p75, and 3.75 uM annealed vDNA (or the strand transfer product mimic) in 80 mM NaCl, 40 mM potassium acetate, 3 mM CaCl2 10 uM ZnCl2, 1 mM dithiothreitol (DTT) and 25 mM BisTris-HCl, pH 6.0 in a total volume of 200 ul at 37 deg C for 10 min (to prepare samples for cryo-EM, the reaction was upscaled to a total volume of 1 ml). The opalescent mixture was supplemented with 50 mM BisTris-HCl, pH 6.5 and 190 mM NaCl and incubated on ice for 5 min to clear. If starting volume exceeded 200 ul, the mixture was concentrated by ultrafiltration in a VivaSpin device to a final volume of 200 ul. Intasomes were purified by size exclusion chromatography through a Superdex-200 10/30 column (GE Healthcare) pre-equilibrated in 310 mM NaCl, 3 mM CaCl2, 25 mM BisTris-HCl, pH 6.5.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 36232 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 121619
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

5m0r

,

3hph

)
詳細interactive fitting/rebuilding in coot and real space refinement in Phenix.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7z1z:
MVV strand transfer complex (STC) intasome in complex with LEDGF/p75 at 3.5 A resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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