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万見
- EMDB-14124: Structure of Bacillus pseudofirmus Mrp antiporter complex, monomer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14124
タイトルStructure of Bacillus pseudofirmus Mrp antiporter complex, monomer
マップデータ
試料
  • 複合体: MrpABCDEFG complex
    • タンパク質・ペプチド: Na+/H+ antiporter subunit D
    • タンパク質・ペプチド: Na+/H+ antiporter subunit A
    • タンパク質・ペプチド: Na(+)/H(+) antiporter subunit B
    • タンパク質・ペプチド: Na(+)/H(+) antiporter subunit C
    • タンパク質・ペプチド: Na+/H+ antiporter subunit E
    • タンパク質・ペプチド: Na(+)/H(+) antiporter subunit F
    • タンパク質・ペプチド: Na+/H+ antiporter subunit G1
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: water水
機能・相同性
機能・相同性情報


: / monoatomic ion transmembrane transporter activity / antiporter activity / inorganic cation transmembrane transport / monoatomic cation transmembrane transporter activity / sodium ion transport / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / monoatomic ion transport / proton transmembrane transport ...: / monoatomic ion transmembrane transporter activity / antiporter activity / inorganic cation transmembrane transport / monoatomic cation transmembrane transporter activity / sodium ion transport / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / monoatomic ion transport / proton transmembrane transport / membrane => GO:0016020 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Monovalent cation proton antiporter subunit A / Na+/H+ antiporter subunit E / Na+/H+ antiporter subunit G / Na+/H+ antiporter MnhB subunit-related protein / Na(+)/H(+) antiporter subunit F-like / MrpA C-terminal/MbhD / Na+/H+ ion antiporter subunit / Na+/H+ antiporter subunit / Domain related to MnhB subunit of Na+/H+ antiporter / Multiple resistance and pH regulation protein F (MrpF / PhaF) ...Monovalent cation proton antiporter subunit A / Na+/H+ antiporter subunit E / Na+/H+ antiporter subunit G / Na+/H+ antiporter MnhB subunit-related protein / Na(+)/H(+) antiporter subunit F-like / MrpA C-terminal/MbhD / Na+/H+ ion antiporter subunit / Na+/H+ antiporter subunit / Domain related to MnhB subunit of Na+/H+ antiporter / Multiple resistance and pH regulation protein F (MrpF / PhaF) / MBH, subunit D / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH:ubiquinone oxidoreductase / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter
類似検索 - ドメイン・相同性
Na+/H+ antiporter subunit D / Na+/H+ antiporter subunit E / Na+/H+ antiporter subunit G1 / Na(+)/H(+) antiporter subunit B / Na+/H+ antiporter subunit A / Na(+)/H(+) antiporter subunit F / Na(+)/H(+) antiporter subunit C
類似検索 - 構成要素
生物種Alkalihalobacillus pseudofirmus (バクテリア) / Alkalihalophilus pseudofirmus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Lee Y
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)ZI 552/5-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Ion transfer mechanisms in Mrp-type antiporters from high resolution cryoEM and molecular dynamics simulations.
著者: Yongchan Lee / Outi Haapanen / Anton Altmeyer / Werner Kühlbrandt / Vivek Sharma / Volker Zickermann /
要旨: Multiple resistance and pH adaptation (Mrp) cation/proton antiporters are essential for growth of a variety of halophilic and alkaliphilic bacteria under stress conditions. Mrp-type antiporters are ...Multiple resistance and pH adaptation (Mrp) cation/proton antiporters are essential for growth of a variety of halophilic and alkaliphilic bacteria under stress conditions. Mrp-type antiporters are closely related to the membrane domain of respiratory complex I. We determined the structure of the Mrp antiporter from Bacillus pseudofirmus by electron cryo-microscopy at 2.2 Å resolution. The structure resolves more than 99% of the sidechains of the seven membrane subunits MrpA to MrpG plus 360 water molecules, including ~70 in putative ion translocation pathways. Molecular dynamics simulations based on the high-resolution structure revealed details of the antiport mechanism. We find that switching the position of a histidine residue between three hydrated pathways in the MrpA subunit is critical for proton transfer that drives gated trans-membrane sodium translocation. Several lines of evidence indicate that the same histidine-switch mechanism operates in respiratory complex I.
履歴
登録2022年1月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月9日-
マップ公開2022年11月9日-
更新2022年11月9日-
現状2022年11月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14124.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14124.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 400 pix.
= 428.544 Å		1.07 Å/pix.
x 400 pix.
= 428.544 Å		1.07 Å/pix.
x 400 pix.
= 428.544 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07136 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.081582725 - 0.16127488
平均 (標準偏差)4.8987786e-05 (±0.0022556074)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 428.544 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14124_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_14124_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_14124_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MrpABCDEFG complex

全体名称: MrpABCDEFG complex
要素
  • 複合体: MrpABCDEFG complex
    • タンパク質・ペプチド: Na+/H+ antiporter subunit D
    • タンパク質・ペプチド: Na+/H+ antiporter subunit A
    • タンパク質・ペプチド: Na(+)/H(+) antiporter subunit B
    • タンパク質・ペプチド: Na(+)/H(+) antiporter subunit C
    • タンパク質・ペプチド: Na+/H+ antiporter subunit E
    • タンパク質・ペプチド: Na(+)/H(+) antiporter subunit F
    • タンパク質・ペプチド: Na+/H+ antiporter subunit G1
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: MrpABCDEFG complex

超分子名称: MrpABCDEFG complex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Alkalihalobacillus pseudofirmus (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: Na+/H+ antiporter subunit D

分子名称: Na+/H+ antiporter subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Alkalihalophilus pseudofirmus (バクテリア)
分子量理論値: 54.605082 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNNLVILPIL IPFIVGTILI LFAKNHSLQR VISGFTVIGM LLVAIYLAMD VYQNGISVLE LGNWQAPFGI VLVADMFATM MVILASIVG VVCLFFAFQT ISSEREKYYF YPFYFFLLAG VNGAFLTGDL FNLFVFFEVM LIASYILIVL GGTKYQLRES L KYVMINVF ...文字列:
MNNLVILPIL IPFIVGTILI LFAKNHSLQR VISGFTVIGM LLVAIYLAMD VYQNGISVLE LGNWQAPFGI VLVADMFATM MVILASIVG VVCLFFAFQT ISSEREKYYF YPFYFFLLAG VNGAFLTGDL FNLFVFFEVM LIASYILIVL GGTKYQLRES L KYVMINVF ASILFIVGVA YIYSVTGTLN MADLAVKVGQ LEQTGVLNVI AVIFLVVFAM KGGLFPLYFW LPRSYYGPPA AI AALFGGL LTKVGIYAIM RTFTLIFTHD PDFTHMLILI LAGLTMFFGV LGAVSQFDFK RILSYHIISQ VGYMVMGLGI YTQ LAIAGA IYYIAHHIIV KAALFLFAGA TQRITGTTDL KKMGGLLKTH PWLAWMFFIS AISLAGIPPL SGFFSKFALI LAAF LNENY IIAAVALAVG LLTLFSMMKI FIYAFWGEQK HTEQQANFKV GKLLLPIVPL VALTIILGFA AEPIFQYSLQ VADQI LDPT IYIESVLKE

+
分子 #2: Na+/H+ antiporter subunit A

分子名称: Na+/H+ antiporter subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Alkalihalophilus pseudofirmus (バクテリア)
分子量理論値: 89.301781 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTVLHWATIS PFLLAILIPF LYKYARRIHT GWFVLALPLV LFIYFIRYLS VTSTGGVVEH TIPWVPSLGI NFTVFVDGLS LLFALLITG IGTLVILYSI FYLSKKTESL NNFYVYLLMF MGAMLGVVLS DNLIVLYVFW ELTSLASSLL ISYWFHREKS T YGAQKSML ...文字列:
MTVLHWATIS PFLLAILIPF LYKYARRIHT GWFVLALPLV LFIYFIRYLS VTSTGGVVEH TIPWVPSLGI NFTVFVDGLS LLFALLITG IGTLVILYSI FYLSKKTESL NNFYVYLLMF MGAMLGVVLS DNLIVLYVFW ELTSLASSLL ISYWFHREKS T YGAQKSML ITVFGGFAML GGFSLLYVMT GTFSIRGIIE NVDLVTSSEL FLPAMILVLL GAFTKSAQFP FHIWLPDAME AP TPVSAYL HSATMVKAGI YLVARLTPVF AGSAEWFWLL TGFGVVTLLW GSTSAVRQKD LKGILAFSTV SQLGLIMTLL GLG SAAIYF GDSVDPAFYS FAIMAAIFHL INHATFKGSL FMTAGIIDHE TGTRDIRKLG GLMAIMPVTF TVSLIGLASM AGLP PFNGF LSKEMFFTAL LRATEMNTFN METFGIIIVV LAWIASVFTF LYCLIMFFKT FTGKFKPENY DVKVHEAPIG MLISP VILG SLVIVFGFFP NILAYTIIEP AMQAILPTLL ADGEVFYVNI YMWHGFNAEL FMTMGVVAAG IILFLMMKNW AKTAFY MKE RDPLNWFYDN SLSGVITGSQ AVTRIQMTGL LRDYFAYMTT FMILLLGYTM FRYDAFTIDT TNVTGIAPYI WVITLVF IA ATLSIPFINK RITAVVVVGV IGFLLALLFV VFRAPDLALT QLLVETVTVL LLMLAFYHLP ELRKEEFKPR FNIVNLII S IGVGFLVTAI ALSSLALGNE AGIEPISQFF VENSKELAGG YNMVNVILVD FRGLDTLLEV LVLGIAALGV IALIKLRMT GREDV

+
分子 #3: Na(+)/H(+) antiporter subunit B

分子名称: Na(+)/H(+) antiporter subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Alkalihalophilus pseudofirmus (バクテリア)
分子量理論値: 15.748639 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MKNLKSNDVL LHSVTRVVTF IILAFSVYLF FAGHNNPGGG FIGGLMTASA LLLMYLGFDM KSIKKAIPFD FTKMIAFGLL LAIITGFGG LLVGDPYLTQ YFEYYQIPIL GETELTTALP FDLGIYLVVV GIALTIILTI AEDDM

+
分子 #4: Na(+)/H(+) antiporter subunit C

分子名称: Na(+)/H(+) antiporter subunit C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Alkalihalophilus pseudofirmus (バクテリア) / 株: ATCC BAA-2126 / JCM 17055 / OF4
分子量理論値: 12.229499 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MEILMSITVG VLFMVGTYLI LTKSLLRVVV GLILLSHGAH LLLLTMAGLQ RGAPPLLHLE ATTYSDPLPQ ALILTAIVIS FGVTSFLLV LAYRTYKEHK TDDLDQLRGS ADE

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分子 #5: Na+/H+ antiporter subunit E

分子名称: Na+/H+ antiporter subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Alkalihalophilus pseudofirmus (バクテリア)
分子量理論値: 18.357852 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAFQILLNLV IAVIWVNFQN SYTAVDFLIG YVVGIFILFV LRRFLRFDFY MRRVWAIIKL IVLFFKELIL ANIDVIKIVL SPKMNIQPG IVAVPTKLKT DWELSLLASL ISLTPGTLSM DFSDDNKYIY IHAIDVPNKE KMIRDIHDTF ERAILEVTN

+
分子 #6: Na(+)/H(+) antiporter subunit F

分子名称: Na(+)/H(+) antiporter subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Alkalihalophilus pseudofirmus (バクテリア)
分子量理論値: 10.024184 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MFQSILMIVL VVMSISLFVC FIRTLIGPTM SDRIVALDTF GINLIGFIGV IMMLQETLAY SEVVLVISIL AFIGSIALSK FIERGVVFD RG

+
分子 #7: Na+/H+ antiporter subunit G1

分子名称: Na+/H+ antiporter subunit G1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Alkalihalophilus pseudofirmus (バクテリア)
分子量理論値: 14.947675 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MTAVEIIISI FVLIGGFLSL LGSIGIIRFP DVYGRLHAAT KSATLGVISI MLATFLFFFL VHGEFVGKLL LTILFVFLTA PVAGMMMGR SAYRVGVPLW EKSTQDDLKK MYEKKMKGSN HHHHHHDYKD DDDK

+
分子 #8: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM / ホスファチジルエタノールアミン

+
分子 #9: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 360 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6z16

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 513743
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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