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万見
- EMDB-13490: ELONGIN-BC/LRR1/CUL2 multibody refinement -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13490
タイトルELONGIN-BC/LRR1/CUL2 multibody refinement
マップデータSharpened ELONGIN-BC/LRR1/CUL2 multibody refinement
試料
  • 複合体: CUL2-ELONGIN B/C-LRR1 bound to human replisome, multibody refinement
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to bleomycin / DNA secondary structure binding / Switching of origins to a post-replicative state / detection of abiotic stimulus / replication fork arrest / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / Unwinding of DNA / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / cell cycle phase transition ...cellular response to bleomycin / DNA secondary structure binding / Switching of origins to a post-replicative state / detection of abiotic stimulus / replication fork arrest / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / Unwinding of DNA / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / cell cycle phase transition / cellular response to cisplatin / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / nuclear origin of replication recognition complex / cellular response to hydroxyurea / alpha DNA polymerase:primase complex / mitotic DNA replication / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / cellular response to chemical stress / anaphase-promoting complex binding / NEDD8 transferase activity / CMG complex / cullin-RING ubiquitin ligase complex / DNA replication checkpoint signaling / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / regulation of phosphorylation / MCM complex / DNA replication preinitiation complex / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / target-directed miRNA degradation / elongin complex / double-strand break repair via break-induced replication / VCB complex / replication fork protection complex / positive regulation of protein autoubiquitination / mitotic DNA replication initiation / mitotic DNA replication checkpoint signaling / protein neddylation / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / NEDD8 ligase activity / DNA replication proofreading / positive regulation of double-strand break repair / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / single-stranded DNA helicase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / SCF複合体 / inner cell mass cell proliferation / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of type I interferon production / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / DNA strand elongation involved in DNA replication / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / 3'-5' DNA helicase activity / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / DNA synthesis involved in DNA repair / branching morphogenesis of an epithelial tube / cochlea development / G1/S-Specific Transcription / leading strand elongation / replication fork processing / activation of protein kinase activity / DNA unwinding involved in DNA replication / Prolactin receptor signaling / Apoptotic cleavage of cellular proteins / nuclear replication fork / protein monoubiquitination / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / DNA replication origin binding / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / cullin family protein binding / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Activation of the pre-replicative complex / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / DNA replication initiation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / cellular response to interleukin-4 / embryonic organ development / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / protein K48-linked ubiquitination / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / error-prone translesion synthesis / Activation of ATR in response to replication stress / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / response to UV / positive regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / T細胞
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase epsilon subunit B, N-terminal / DNA polymerases epsilon N terminal / Claspin / Timeless, C-terminal / Timeless PAB domain / Chromosome segregation in meiosis protein 3 / TIPIN/Csm3/Swi3 / Replication Fork Protection Component Swi3 / Timeless / Timeless, N-terminal ...DNA polymerase epsilon subunit B, N-terminal / DNA polymerases epsilon N terminal / Claspin / Timeless, C-terminal / Timeless PAB domain / Chromosome segregation in meiosis protein 3 / TIPIN/Csm3/Swi3 / Replication Fork Protection Component Swi3 / Timeless / Timeless, N-terminal / Timeless protein / DNA polymerase epsilon, subunit B / : / DNA polymerase alpha-binding protein Ctf4, C-terminal domain / Minichromosome loss protein Mcl1, middle region / Minichromosome loss protein, Mcl1, middle region / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45-like protein / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS complex protein helical bundle domain / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / MCM4, winged helix domain / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / Cullin protein neddylation domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Elongin B / Cullin / Elongin-C / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin protein neddylation domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / DNA polymerase family B, thumb domain / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / 高移動度群タンパク質 / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / ロイシンリッチリピート
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division control protein 45 homolog / WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1 / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM5 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication licensing factor MCM2 / DNA polymerase epsilon subunit 2 / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A ...Cell division control protein 45 homolog / WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1 / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM5 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication licensing factor MCM2 / DNA polymerase epsilon subunit 2 / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / Cullin-2 / DNA replication licensing factor MCM6 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / Elongin-C / Elongin-B / Leucine-rich repeat protein 1 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / TIMELESS-interacting protein / Claspin / Protein timeless homolog / DNA replication complex GINS protein PSF2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å
データ登録者Jones MJ / Jenkyn-Bedford M / Yeeles JTP / Deegan TD
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/12 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_12016/13 英国
Wellcome Trust204678/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: A conserved mechanism for regulating replisome disassembly in eukaryotes.
著者: Michael Jenkyn-Bedford / Morgan L Jones / Yasemin Baris / Karim P M Labib / Giuseppe Cannone / Joseph T P Yeeles / Tom D Deegan /
要旨: Replisome disassembly is the final step of eukaryotic DNA replication and is triggered by ubiquitylation of the CDC45-MCM-GINS (CMG) replicative helicase. Despite being driven by evolutionarily ...Replisome disassembly is the final step of eukaryotic DNA replication and is triggered by ubiquitylation of the CDC45-MCM-GINS (CMG) replicative helicase. Despite being driven by evolutionarily diverse E3 ubiquitin ligases in different eukaryotes (SCF in budding yeast, CUL2 in metazoa), replisome disassembly is governed by a common regulatory principle, in which ubiquitylation of CMG is suppressed before replication termination, to prevent replication fork collapse. Recent evidence suggests that this suppression is mediated by replication fork DNA. However, it is unknown how SCF and CUL2 discriminate terminated from elongating replisomes, to selectively ubiquitylate CMG only after termination. Here we used cryo-electron microscopy to solve high-resolution structures of budding yeast and human replisome-E3 ligase assemblies. Our structures show that the leucine-rich repeat domains of Dia2 and LRR1 are structurally distinct, but bind to a common site on CMG, including the MCM3 and MCM5 zinc-finger domains. The LRR-MCM interaction is essential for replisome disassembly and, crucially, is occluded by the excluded DNA strand at replication forks, establishing the structural basis for the suppression of CMG ubiquitylation before termination. Our results elucidate a conserved mechanism for the regulation of replisome disassembly in eukaryotes, and reveal a previously unanticipated role for DNA in preserving replisome integrity.
履歴
登録2021年8月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月10日-
マップ公開2021年11月10日-
更新2022年1月19日-
現状2022年1月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.137
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.137
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13490.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13490.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened ELONGIN-BC/LRR1/CUL2 multibody refinement
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.0465 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.137 / ムービー #1: 0.137
最小 - 最大-0.62754554 - 0.7915619
平均 (標準偏差)0.00011345202 (±0.008246743)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 450.22998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.04652.04652.0465
M x/y/z220220220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z450.230450.230450.230
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220220
D min/max/mean-0.6280.7920.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13490_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: ELONGIN-BC/LRR1/CUL2 multibody refinement

ファイルemd_13490_additional_1.map
注釈ELONGIN-BC/LRR1/CUL2 multibody refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: ELONGIN-BC/LRR1/CUL2 multibody refinement half 1

ファイルemd_13490_half_map_1.map
注釈ELONGIN-BC/LRR1/CUL2 multibody refinement half 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: ELONGIN-BC/LRR1/CUL2 multibody refinement half 2

ファイルemd_13490_half_map_2.map
注釈ELONGIN-BC/LRR1/CUL2 multibody refinement half 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CUL2-ELONGIN B/C-LRR1 bound to human replisome, multibody refinement

全体名称: CUL2-ELONGIN B/C-LRR1 bound to human replisome, multibody refinement
要素
  • 複合体: CUL2-ELONGIN B/C-LRR1 bound to human replisome, multibody refinement

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超分子 #1: CUL2-ELONGIN B/C-LRR1 bound to human replisome, multibody refinement

超分子名称: CUL2-ELONGIN B/C-LRR1 bound to human replisome, multibody refinement
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#24
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.1 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 16721 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 38.8 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2412000
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 54000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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