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- EMDB-13478: Vault structure in primmed conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13478
タイトルVault structure in primmed conformation
マップデータ
試料
  • 細胞: major vault protein from Rattus norvegicus
    • タンパク質・ペプチド: Major vault protein
機能・相同性
機能・相同性情報


protein activation cascade / negative regulation of protein autophosphorylation / ERBB signaling pathway / Neutrophil degranulation / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein phosphatase binding / cell population proliferation / 細胞骨格 / ribonucleoprotein complex / protein kinase binding ...protein activation cascade / negative regulation of protein autophosphorylation / ERBB signaling pathway / Neutrophil degranulation / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein phosphatase binding / cell population proliferation / 細胞骨格 / ribonucleoprotein complex / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Major vault protein, N-terminal / Major vault protein, shoulder domain / Major vault protein / Major vault protein repeat domain 3 / Major vault protein repeat domain 2 / Major vault protein repeat domain 4 / Major vault protein repeat domain / Major vault protein repeat domain superfamily / Major vault protein repeat domain 2 superfamily / Major Vault Protein repeat domain ...Major vault protein, N-terminal / Major vault protein, shoulder domain / Major vault protein / Major vault protein repeat domain 3 / Major vault protein repeat domain 2 / Major vault protein repeat domain 4 / Major vault protein repeat domain / Major vault protein repeat domain superfamily / Major vault protein repeat domain 2 superfamily / Major Vault Protein repeat domain / Shoulder domain / Major Vault Protein repeat domain / Major Vault Protein Repeat domain / Major Vault Protein repeat domain / MVP (vault) repeat profile. / Band 7/SPFH domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Major vault protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Guerra P / Gonzalez-Alamos M / Llauro A / Casanas A / Querol-Audi J / de Pablo P / Verdaguer N
資金援助 スペイン, 2件
OrganizationGrant number国
Spanish National Research Council20202CEX003 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBIO2017-83906-P スペイン
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Symmetry disruption commits vault particles to disassembly.
著者: Pablo Guerra / María González-Alamos / Aida Llauró / Arnau Casañas / Jordi Querol-Audí / Pedro J de Pablo / Núria Verdaguer /
要旨: Vaults are ubiquitous ribonucleoprotein particles involved in a diversity of cellular processes, with promising applications as nanodevices for delivery of multiple cargos. The vault shell is ...Vaults are ubiquitous ribonucleoprotein particles involved in a diversity of cellular processes, with promising applications as nanodevices for delivery of multiple cargos. The vault shell is assembled by the symmetrical association of multiple copies of the major vault protein that, initially, generates half vaults. The pairwise, anti-parallel association of two half vaults produces whole vaults. Here, using a combination of vault recombinant reconstitution and structural techniques, we characterized the molecular determinants for the vault opening process. This process commences with a relaxation of the vault waist, causing the expansion of the inner cavity. Then, local disengagement of amino-terminal domains at the vault midsection seeds a conformational change that leads to the aperture, facilitating access to the inner cavity where cargo is hosted. These results inform a hitherto uncharacterized step of the vault cycle and will aid current engineering efforts leveraging vault for tailored cargo delivery.
履歴
登録2021年8月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月16日-
マップ公開2022年3月16日-
更新2022年3月16日-
現状2022年3月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7pkr
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7pkr
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13478.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13478.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.69 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.14411601 - 0.18043189
平均 (標準偏差)0.0007472293 (±0.009465116)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 676.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.691.691.69
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z676.000676.000676.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.1440.1800.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : major vault protein from Rattus norvegicus

全体名称: major vault protein from Rattus norvegicus
要素
  • 細胞: major vault protein from Rattus norvegicus
    • タンパク質・ペプチド: Major vault protein

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超分子 #1: major vault protein from Rattus norvegicus

超分子名称: major vault protein from Rattus norvegicus / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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分子 #1: Major vault protein

分子名称: Major vault protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 78 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 95.920109 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MATEEAIIRI PPYHYIHVLD QNSNVSRVEV GPKTYIRQDN ERVLFAPVRM VTVPPRHYCI VANPVSRDTQ SSVLFDITGQ VRLRHADQE IRLAQDPFPL YPGEVLEKDI TPLQVVLPNT ALHLKALLDF EDKNGDKVMA GDEWLFEGPG TYIPQKEVEV V EIIQATVI ...文字列:
MATEEAIIRI PPYHYIHVLD QNSNVSRVEV GPKTYIRQDN ERVLFAPVRM VTVPPRHYCI VANPVSRDTQ SSVLFDITGQ VRLRHADQE IRLAQDPFPL YPGEVLEKDI TPLQVVLPNT ALHLKALLDF EDKNGDKVMA GDEWLFEGPG TYIPQKEVEV V EIIQATVI KQNQALRLRA RKECFDREGK GRVTGEEWLV RSVGAYLPAV FEEVLDLVDA VILTEKTALH LRALQNFRDL RG VLHRTGE EWLVTVQDTE AHVPDVYEEV LGVVPITTLG PRHYCVILDP MGPDGKNQLG QKRVVKGEKS FFLQPGERLE RGI QDVYVL SEQQGLLLKA LQPLEEGESE EKVSHQAGDC WLIRGPLEYV PSAKVEVVEE RQAIPLDQNE GIYVQDVKTG KVRA VIGST YMLTQDEVLW EKELPSGVEE LLNLGHDPLA DRGQKGTAKP LQPSAPRNKT RVVSYRVPHN AAVQVYDYRA KRARV VFGP ELVTLDPEEQ FTVLSLSAGR PKRPHARRAL CLLLGPDFFT DVITIETADH ARLQLQLAYN WHFELKNRND PAEAAK LFS VPDFVGDACK AIASRVRGAV ASVTFDDFHK NSARIIRMAV FGFEMSEDTG PDGTLLPKAR DQAVFPQNGL VVSSVDV QS VEPVDQRTRD ALQRSVQLAI EITTNSQEAA AKHEAQRLEQ EARGRLERQK ILDQSEAEKA RKELLELEAM SMAVESTG N AKAEAESRAE AARIEGEGSV LQAKLKAQAL AIETEAELER VKKVREMELI YARAQLELEV SKAQQLANVE AKKFKEMTE ALGPGTIRDL AVAGPEMQVK LLQSLGLKST LITDGSSPIN LFSTAFGLLG LGSDGQPPAQ K

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタンTris buffer pH 7.5
75.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium Chloride塩化ナトリウム
1.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
1.0 mMDTTdithiothreitolジチオトレイトール
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4hl8

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 9793

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4hl8

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7pkr:
Vault structure in primmed conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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