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万見
- EMDB-13315: GABA-A receptor bound by a-Cobratoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13315
タイトルGABA-A receptor bound by a-Cobratoxin
マップデータMain map
試料
  • 複合体: GABA-A receptor pentamer bound by Cobratoxin
    • 複合体: GABA-A receptor pentamer
      • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
      • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
      • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
    • 複合体: Cobratoxin
      • タンパク質・ペプチド: Alpha-cobratoxin
    • 複合体: Megabody 25
      • タンパク質・ペプチド: Megabody 25
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: HISTAMINEヒスタミン
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: HEXANEヘキサン
機能・相同性
機能・相同性情報


benzodiazepine receptor activity / GABA receptor complex / inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / GABA receptor activation / cellular response to histamine / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / acetylcholine receptor inhibitor activity ...benzodiazepine receptor activity / GABA receptor complex / inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / GABA receptor activation / cellular response to histamine / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / neurotransmitter receptor activity / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / roof of mouth development / transmembrane transporter complex / Signaling by ERBB4 / chloride channel complex / GABA-ergic synapse / regulation of postsynaptic membrane potential / chloride transmembrane transport / dendrite membrane / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cytoplasmic vesicle membrane / toxin activity / postsynapse / postsynaptic membrane / neuron projection / シナプス / シグナル伝達 / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
: / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 1 subunit / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / Snake three-finger toxin / Snake toxins signature. / Snake toxin, conserved site / Snake toxin-like superfamily / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha ...: / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 1 subunit / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / Snake three-finger toxin / Snake toxins signature. / Snake toxin, conserved site / Snake toxin-like superfamily / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-cobratoxin / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Naja kaouthia (コブラ) / Lama glama (ラマ) / monocled cobra (コブラ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Kasaragod VB / Hardwick SW / Chirgadze DY / Miller PS
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Mechanisms of inhibition and activation of extrasynaptic αβ GABA receptors.
著者: Vikram Babu Kasaragod / Martin Mortensen / Steven W Hardwick / Ayla A Wahid / Valentina Dorovykh / Dimitri Y Chirgadze / Trevor G Smart / Paul S Miller /
要旨: Type A GABA (γ-aminobutyric acid) receptors represent a diverse population in the mammalian brain, forming pentamers from combinations of α-, β-, γ-, δ-, ε-, ρ-, θ- and π-subunits. αβ, ...Type A GABA (γ-aminobutyric acid) receptors represent a diverse population in the mammalian brain, forming pentamers from combinations of α-, β-, γ-, δ-, ε-, ρ-, θ- and π-subunits. αβ, α4βδ, α6βδ and α5βγ receptors favour extrasynaptic localization, and mediate an essential persistent (tonic) inhibitory conductance in many regions of the mammalian brain. Mutations of these receptors in humans are linked to epilepsy and insomnia. Altered extrasynaptic receptor function is implicated in insomnia, stroke and Angelman and Fragile X syndromes, and drugs targeting these receptors are used to treat postpartum depression. Tonic GABAergic responses are moderated to avoid excessive suppression of neuronal communication, and can exhibit high sensitivity to Zn blockade, in contrast to synapse-preferring α1βγ, α2βγ and α3βγ receptor responses. Here, to resolve these distinctive features, we determined structures of the predominantly extrasynaptic αβ GABA receptor class. An inhibited state bound by both the lethal paralysing agent α-cobratoxin and Zn was used in comparisons with GABA-Zn and GABA-bound structures. Zn nullifies the GABA response by non-competitively plugging the extracellular end of the pore to block chloride conductance. In the absence of Zn, the GABA signalling response initially follows the canonical route until it reaches the pore. In contrast to synaptic GABA receptors, expansion of the midway pore activation gate is limited and it remains closed, reflecting the intrinsic low efficacy that characterizes the extrasynaptic receptor. Overall, this study explains distinct traits adopted by αβ receptors that adapt them to a role in tonic signalling.
履歴
登録2021年8月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月9日-
マップ公開2022年2月9日-
更新2022年3月2日-
現状2022年3月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.108
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.108
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7pc0
  • 表面レベル: 0.108
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13315.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13315.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.108 / ムービー #1: 0.108
最小 - 最大-0.15421833 - 0.50630295
平均 (標準偏差)0.0005492262 (±0.0131165)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 332.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z332.000332.000332.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.1540.5060.001

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添付データ

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ハーフマップ: Halfmap A

ファイルemd_13315_half_map_1.map
注釈Halfmap_A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Halfmap B

ファイルemd_13315_half_map_2.map
注釈Halfmap_B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GABA-A receptor pentamer bound by Cobratoxin

全体名称: GABA-A receptor pentamer bound by Cobratoxin
要素
  • 複合体: GABA-A receptor pentamer bound by Cobratoxin
    • 複合体: GABA-A receptor pentamer
      • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
      • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
      • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
    • 複合体: Cobratoxin
      • タンパク質・ペプチド: Alpha-cobratoxin
    • 複合体: Megabody 25
      • タンパク質・ペプチド: Megabody 25
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: HISTAMINEヒスタミン
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: HEXANEヘキサン

+
超分子 #1: GABA-A receptor pentamer bound by Cobratoxin

超分子名称: GABA-A receptor pentamer bound by Cobratoxin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
分子量理論値: 240 KDa

+
超分子 #3: GABA-A receptor pentamer

超分子名称: GABA-A receptor pentamer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Cobratoxin

超分子名称: Cobratoxin / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Naja kaouthia (コブラ)

+
超分子 #2: Megabody 25

超分子名称: Megabody 25 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: Megabody 25

分子名称: Megabody 25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 56.329621 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: QVQLQESGGG LVQTKTTTSV IDTTNDAQNL LTQAQTIVNT LKDYCPILIA KSSSSNGGTN NANTPSWQTA GGGKNSCATF GAEFSAASD MINNAQKIVQ ETQQLSANQP KNITQPHNLN LNSPSSLTAL AQKMLKNAQS QAEILKLANQ VESDFNKLSS G HLKDYIGK ...文字列:
QVQLQESGGG LVQTKTTTSV IDTTNDAQNL LTQAQTIVNT LKDYCPILIA KSSSSNGGTN NANTPSWQTA GGGKNSCATF GAEFSAASD MINNAQKIVQ ETQQLSANQP KNITQPHNLN LNSPSSLTAL AQKMLKNAQS QAEILKLANQ VESDFNKLSS G HLKDYIGK CDASAISSAN MTMQNQKNNW GNGCAGVEET QSLLKTSAAD FNNQTPQINQ AQNLANTLIQ ELGNNTYEQL SR LLTNDNG TNSKTSAQAI NQAVNNLNER AKTLAGGTTN SPAYQATLLA LRSVLGLWNS MGYAVICGGY TKSPGENNQK DFH YTDENG NGTTINCGGS TNSNGTHSYN GTNTLKADKN VSLSIEQYEK IHEAYQILSK ALKQAGLAPL NSKGEKLEAH VTTS KYGSL RLSCAASGHT FNYPIMGWFR QAPGKEREFV GAISWSGGST SYADSVKDRF TISRDNAKNT VYLEMNNLKP EDTAV YYCA AKGRYSGGLY YPTNYDYWGQ GTQVTVSSHH HHHHEPEA

+
分子 #2: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1

分子名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.991133 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QPSQDELKDN TTVFTRILDR LLDGYDNRLR PGLGERVTEV KTDIFVTSFG PVSDHDMEYT IDVFFRQSWK DERLKFKGPM TVLRLNNLM ASKIWTPDTF FHNGKKSVAH NMTMPNKLLR ITEDGTLLYT MRLTVRAECP MHLEDFPMDA HACPLKFGSY A YTRAEVVY ...文字列:
QPSQDELKDN TTVFTRILDR LLDGYDNRLR PGLGERVTEV KTDIFVTSFG PVSDHDMEYT IDVFFRQSWK DERLKFKGPM TVLRLNNLM ASKIWTPDTF FHNGKKSVAH NMTMPNKLLR ITEDGTLLYT MRLTVRAECP MHLEDFPMDA HACPLKFGSY A YTRAEVVY EWTREPARSV VVAEDGSRLN QYDLLGQTVD SGIVQSSTGE YVVMTTHFHL KRKIGYFVIQ TYLPCIMTVI LS QVSFWLN RESVPARTVF GVTTVLTMTT LSISARNSLP KVAYATAMDW FIAVCYAFVF SALIEFATVN YFTKSQPARA AKI DRLSRI AFPLLFGIFN LVYWATYLNR EPQLKAPTPH QGTTESTQVA PA

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分子 #3: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

分子名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.615117 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSVNDPGNMS FVKETVDKLL KGYDIRLRPD FGGPPVCVGM NIDIASIDMV SEVNMDYTLT MYFQQYWRDK RLAYSGIPLN LTLDNRVAD QLWVPDTYFL NDKKSFVHGV TVKNRMIRLH PDGTVLYGLR ITTTAACMMD LRRYPLDEQN CTLEIESYGY T TDDIEFYW ...文字列:
QSVNDPGNMS FVKETVDKLL KGYDIRLRPD FGGPPVCVGM NIDIASIDMV SEVNMDYTLT MYFQQYWRDK RLAYSGIPLN LTLDNRVAD QLWVPDTYFL NDKKSFVHGV TVKNRMIRLH PDGTVLYGLR ITTTAACMMD LRRYPLDEQN CTLEIESYGY T TDDIEFYW RGGDKAVTGV ERIELPQFSI VEHRLVSRNV VFATGAYPRL SLSFRLKRNI GYFILQTYMP SILITILSWV SF WINYDAS AARVALGITT VLTMTTINTH LRETLPKIPY VKAIDMYLMG CFVFVFLALL EYAFVNYIFF SQPAGTADLE DNW ETLNDN LKVIEKADNA AQVKDALTKM RAAALDAQKA TPPKLEDKSP DSPEMKDFRH GFDILVGQID DALKLANEGK VKEA QAAAE QLKTTRNAYI QKYLTGRAAA IDRWSRIVFP FTFSLFNLVY WLYYVN

+
分子 #4: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1

分子名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.059648 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDEKTTGWRG GHVVEGLAGE LEQLRARLEH HPQGQREPDY DIPTTENLYF QGTGQPSQDE LKDNTTVFTR ILDRLLDGYD NRLRPGLGE RVTEVKTDIF VTSFGPVSDH DMEYTIDVFF RQSWKDERLK FKGPMTVLRL NNLMASKIWT PDTFFHNGKK S VAHNMTMP ...文字列:
MDEKTTGWRG GHVVEGLAGE LEQLRARLEH HPQGQREPDY DIPTTENLYF QGTGQPSQDE LKDNTTVFTR ILDRLLDGYD NRLRPGLGE RVTEVKTDIF VTSFGPVSDH DMEYTIDVFF RQSWKDERLK FKGPMTVLRL NNLMASKIWT PDTFFHNGKK S VAHNMTMP NKLLRITEDG TLLYTMRLTV RAECPMHLED FPMDAHACPL KFGSYAYTRA EVVYEWTREP ARSVVVAEDG SR LNQYDLL GQTVDSGIVQ SSTGEYVVMT THFHLKRKIG YFVIQTYLPC IMTVILSQVS FWLNRESVPA RTVFGVTTVL TMT TLSISA RNSLPKVAYA TAMDWFIAVC YAFVFSALIE FATVNYFTKS QPARAAKIDR LSRIAFPLLF GIFNLVYWAT YLNR EPQLK APTPHQ

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分子 #5: Alpha-cobratoxin

分子名称: Alpha-cobratoxin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: monocled cobra (コブラ)
分子量理論値: 7.842094 KDa
配列文字列:
IRCFITPDIT SKDCPNGHVC YTKTWCDAFC SIRGKRVDLG CAATCPTVKT GVDIQCCSTD NCNPFPTRKR P

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分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

+
分子 #11: HISTAMINE

分子名称: HISTAMINE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: HSM
分子量理論値: 111.145 Da
Chemical component information

ChemComp-HSM:
HISTAMINE / ヒスタミン / 神経伝達物質, ホルモン*YM / ヒスタミン

+
分子 #12: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #13: HEXANE

分子名称: HEXANE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: HEX
分子量理論値: 86.175 Da
Chemical component information

ChemComp-HEX:
HEXANE / ヘキサン / ヘキサン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION回折 / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.19 sec. / 平均電子線量: 50.69 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 78662

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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