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- EMDB-12221: VPS26 dimer region of metazoan membrane-assembled retromer:SNX3 c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12221
タイトルVPS26 dimer region of metazoan membrane-assembled retromer:SNX3 complex
マップデータSharpened, locally filtered map of VPS26 dimer region of the metazoan retromer:SNX3 assembled on the membrane
試料
  • 複合体: VPS26 dimer region of metazoan membrane-assembled retromer:SNX3 cargo-containing complex
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 26A液胞
    • タンパク質・ペプチド: Sorting nexin-3
    • タンパク質・ペプチド: C-term (residues 493-54) of Wls (fitted sequence corresponds to hDMT1-II)
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 35液胞
  • リガンド: 2-(BUTANOYLOXY)-1-{[(HYDROXY{[2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]METHYL}ETHYL BUTANOATE
機能・相同性
機能・相同性情報


vanadium ion transmembrane transporter activity / vanadium ion transport / transition metal ion transmembrane transporter activity / paraferritin complex / Defective SLC11A2 causes hypochromic microcytic anemia, with iron overload 1 (AHMIO1) / lead ion transmembrane transporter activity / nickel cation transmembrane transporter activity / lead ion transport / negative regulation of early endosome to late endosome transport / cadmium ion transmembrane transport ...vanadium ion transmembrane transporter activity / vanadium ion transport / transition metal ion transmembrane transporter activity / paraferritin complex / Defective SLC11A2 causes hypochromic microcytic anemia, with iron overload 1 (AHMIO1) / lead ion transmembrane transporter activity / nickel cation transmembrane transporter activity / lead ion transport / negative regulation of early endosome to late endosome transport / cadmium ion transmembrane transport / late endosome to Golgi transport / protein to membrane docking / nickel cation transport / solute:proton symporter activity / negative regulation of protein transport / positive regulation of locomotion involved in locomotory behavior / neurotransmitter receptor transport, endosome to plasma membrane / regulation of postsynapse assembly / inorganic cation transmembrane transporter activity / mitochondrion-derived vesicle / negative regulation of protein localization / Metal ion SLC transporters / membrane invagination / negative regulation of protein homooligomerization / manganese ion transport / iron ion transmembrane transport / regulation of dendritic spine maintenance / tubular endosome / mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport / detection of oxygen / manganese ion transmembrane transporter activity / positive regulation of Wnt protein secretion / iron ion transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transporter activity / regulation of terminal button organization / cadmium ion transmembrane transporter activity / cobalt ion transport / retromer, cargo-selective complex / cobalt ion transmembrane transporter activity / vesicle-mediated transport in synapse / WNT ligand biogenesis and trafficking / intralumenal vesicle formation / iron import into cell / retromer complex binding / negative regulation of late endosome to lysosome transport / copper ion transmembrane transporter activity / negative regulation of lysosomal protein catabolic process / positive regulation of dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine biosynthetic process / ferrous iron transmembrane transporter activity / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / retromer complex / protein localization to endosome / dopaminergic synapse / regulation of synapse maturation / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / voluntary musculoskeletal movement / copper ion transport / negative regulation of viral entry into host cell / basal part of cell / regulation of protein metabolic process / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / transcytosis / early phagosome / endocytic recycling / regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of protein localization to cell periphery / 液胞 / retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of mitochondrion organization / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / response to iron ion / negative regulation of phagocytosis / dendrite morphogenesis / クラスリン / heme biosynthetic process / positive regulation of mitochondrial fission / lysosome organization / cadmium ion binding / erythrocyte development / regulation of presynapse assembly / D1 dopamine receptor binding / regulation of macroautophagy / brush border membrane / Iron uptake and transport / intracellular protein transport / response to bacterium / protein destabilization / modulation of chemical synaptic transmission / ゴルジ体 / regulation of protein stability / negative regulation of protein catabolic process / recycling endosome / Wntシグナル経路 / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of neuron projection development / negative regulation of inflammatory response / recycling endosome membrane
類似検索 - 分子機能
Vertebrate SNX3, PX domain / Vacuolar protein sorting protein 26 related / Vacuolar protein sorting-associated protein 26 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35, C-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / NRAMP family / Natural resistance-associated macrophage protein-like / Arrestin-like, C-terminal / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. ...Vertebrate SNX3, PX domain / Vacuolar protein sorting protein 26 related / Vacuolar protein sorting-associated protein 26 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35, C-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / NRAMP family / Natural resistance-associated macrophage protein-like / Arrestin-like, C-terminal / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Sorting nexin-3 / Vacuolar protein sorting-associated protein 26A / Natural resistance-associated macrophage protein 2 / Sorting nexin-3 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.5 Å
データ登録者Leneva N / Kovtun O / Morado DR / Briggs JAG / Owen DJ
資金援助 英国, 5件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust207455/Z/17/Z 英国
Wellcome Trust206171/Z/17/Z 英国
Wellcome Trust202905/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/16 英国
European Research Council (ERC)ERC-CoG-648432 MEMBRANEFUSION 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Architecture and mechanism of metazoan retromer:SNX3 tubular coat assembly.
著者: Natalya Leneva / Oleksiy Kovtun / Dustin R Morado / John A G Briggs / David J Owen /
要旨: Retromer is a master regulator of cargo retrieval from endosomes, which is critical for many cellular processes including signaling, immunity, neuroprotection, and virus infection. The retromer core ...Retromer is a master regulator of cargo retrieval from endosomes, which is critical for many cellular processes including signaling, immunity, neuroprotection, and virus infection. The retromer core (VPS26/VPS29/VPS35) is present on cargo-transporting, tubular carriers along with a range of sorting nexins. Here, we elucidate the structural basis of membrane tubulation and coupled cargo recognition by metazoan and fungal retromer coats assembled with the non-Bin1/Amphiphysin/Rvs (BAR) sorting nexin SNX3 using cryo-electron tomography. The retromer core retains its arched, scaffolding structure but changes its mode of membrane recruitment when assembled with different SNX adaptors, allowing cargo recognition at subunit interfaces. Thus, membrane bending and cargo incorporation can be modulated to allow retromer to traffic cargoes along different cellular transport routes.
履歴
登録2021年1月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月3日-
マップ公開2021年3月3日-
更新2021年4月7日-
現状2021年4月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0995
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0995
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7blo
  • 表面レベル: 0.0995
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12221.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12221.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened, locally filtered map of VPS26 dimer region of the metazoan retromer:SNX3 assembled on the membrane
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.701 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0995 / ムービー #1: 0.0995
最小 - 最大-0.24752396 - 0.47768217
平均 (標準偏差)0.0017648037 (±0.026295396)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 285.768 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.7011.7011.701
M x/y/z168168168
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z285.768285.768285.768
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS168168168
D min/max/mean-0.2480.4780.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12221_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map1

ファイルemd_12221_half_map_1.map
注釈half-map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half-map2

ファイルemd_12221_half_map_2.map
注釈half-map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : VPS26 dimer region of metazoan membrane-assembled retromer:SNX3 c...

全体名称: VPS26 dimer region of metazoan membrane-assembled retromer:SNX3 cargo-containing complex
要素
  • 複合体: VPS26 dimer region of metazoan membrane-assembled retromer:SNX3 cargo-containing complex
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 26A液胞
    • タンパク質・ペプチド: Sorting nexin-3
    • タンパク質・ペプチド: C-term (residues 493-54) of Wls (fitted sequence corresponds to hDMT1-II)
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 35液胞
  • リガンド: 2-(BUTANOYLOXY)-1-{[(HYDROXY{[2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]METHYL}ETHYL BUTANOATE

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超分子 #1: VPS26 dimer region of metazoan membrane-assembled retromer:SNX3 c...

超分子名称: VPS26 dimer region of metazoan membrane-assembled retromer:SNX3 cargo-containing complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: metazoan retromer:SNX3 complex assembled on liposomes containing Wls cargo peptide.
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Vacuolar protein sorting-associated protein 26A

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 26A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.364617 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: FGPICEIDIV LNDGETRKMA EMKTEDGKVE KHYLFYDGES VSGKVNLAFK QPGKRLEHQG IRIEFVGQIE LFNDKSNTHE FVNLVKELA LPGELTQSRS YDFEFMQVEK PYESYIGANV RLRYFLKVTI VRRLTDLVKE YDLIVHQLAT YPDVNNSIKM E VGIEDCLH ...文字列:
FGPICEIDIV LNDGETRKMA EMKTEDGKVE KHYLFYDGES VSGKVNLAFK QPGKRLEHQG IRIEFVGQIE LFNDKSNTHE FVNLVKELA LPGELTQSRS YDFEFMQVEK PYESYIGANV RLRYFLKVTI VRRLTDLVKE YDLIVHQLAT YPDVNNSIKM E VGIEDCLH IEFEYNKSKY HLKDVIVGKI YFLLVRIKIQ HMELQLIKKE ITGIGPSTTT ETETIAKYEI MDGAPVKGES IP IRLFLAG YDPTPTMRDV NKKFSVRYFL NLVLVDEEDR RYFKQQEIIL WRKAPEK

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分子 #2: Sorting nexin-3

分子名称: Sorting nexin-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 17.979393 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
TVADTRRLIT KPQNLNDAYG PPSNFLEIDV SNPQTVGVGR GRFTTYEIRV KTNLPIFKLK ESTVRRRYSD FEWLRSELER ESKVVVPPL PGKAFLRQLP FRGDDGIFDD NFIEERKQGL EQFINKVAGH PLAQNERCLH MFLQDEIIDK SYTPSK

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分子 #3: C-term (residues 493-54) of Wls (fitted sequence corresponds to h...

分子名称: C-term (residues 493-54) of Wls (fitted sequence corresponds to hDMT1-II)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 1.221422 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QPELYLLNTM

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分子 #4: Vacuolar protein sorting-associated protein 35

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.714016 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: QEKLLDEAIQ AVKVQSFQMK RCLDKNKLMD ALKHASNMLG ELRTSMLSPK SYYELYMAIS DELHYLEVYL TDEFAKGRKV ADLYELVQY AGNIIPRLYL LITVGVVYVK SFPQSRKDIL KDLVEMCRGV QHPLRGLFLR NYLLQCTRNI LPDEGEPTDE E TTGDISDS ...文字列:
QEKLLDEAIQ AVKVQSFQMK RCLDKNKLMD ALKHASNMLG ELRTSMLSPK SYYELYMAIS DELHYLEVYL TDEFAKGRKV ADLYELVQY AGNIIPRLYL LITVGVVYVK SFPQSRKDIL KDLVEMCRGV QHPLRGLFLR NYLLQCTRNI LPDEGEPTDE E TTGDISDS MDFVLLNFAE MNKLWVRMQH QGHSRDREKR ERERQELRIL VGTNLVRLSQ LEGVNVERYK QIVLTGILEQ VV NCRDALA QEYLMECIIQ VFPDEFHLQT LNPFLRACAE LHQNVNVKNI IIALIDRLAL FAHREDGPGI PADIKLFDIF SQQ VATVIQ SRQDMPSEDV VSLQVSLINL AMKCYP

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分子 #5: 2-(BUTANOYLOXY)-1-{[(HYDROXY{[2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-(PHOSPHONOOX...

分子名称: 2-(BUTANOYLOXY)-1-{[(HYDROXY{[2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]METHYL}ETHYL BUTANOATE
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: PIB
分子量理論値: 554.374 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 113 / 使用した粒子像数: 822112
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 66271
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5f0l

得られたモデル

PDB-7blo:
VPS26 dimer region of metazoan membrane-assembled retromer:SNX3 complex modelled with human proteins

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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