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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10869 | |||||||||
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タイトル | Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit body | |||||||||
マップデータ | Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit body, post-processed map | |||||||||
試料 |
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キーワード | antibiotic (抗生物質) / amikacin (アミカシン) / translation (翻訳 (生物学)) / ribosome (リボソーム) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア) / Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Nicholson D / Edwards TA / O'Neill AJ / Ranson NA | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: Structure of the 70S Ribosome from the Human Pathogen Acinetobacter baumannii in Complex with Clinically Relevant Antibiotics. 著者: David Nicholson / Thomas A Edwards / Alex J O'Neill / Neil A Ranson / 要旨: Acinetobacter baumannii is a Gram-negative bacterium primarily associated with hospital-acquired, often multidrug-resistant (MDR) infections. The ribosome-targeting antibiotics amikacin and ...Acinetobacter baumannii is a Gram-negative bacterium primarily associated with hospital-acquired, often multidrug-resistant (MDR) infections. The ribosome-targeting antibiotics amikacin and tigecycline are among the limited arsenal of drugs available for treatment of such infections. We present high-resolution structures of the 70S ribosome from A. baumannii in complex with these antibiotics, as determined by cryoelectron microscopy. Comparison with the ribosomes of other bacteria reveals several unique structural features at functionally important sites, including around the exit of the polypeptide tunnel and the periphery of the subunit interface. The structures also reveal the mode and site of interaction of these drugs with the ribosome. This work paves the way for the design of new inhibitors of translation to address infections caused by MDR A. baumannii. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10869.map.gz | 18.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10869-v30.xml emd-10869.xml | 34.6 KB 34.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10869_fsc.xml | 14.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10869.png | 12.6 KB | ||
マスクデータ | emd_10869_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-10869.cif.gz | 8.1 KB | ||
その他 | emd_10869_additional.map.gz emd_10869_half_map_1.map.gz emd_10869_half_map_2.map.gz | 139.6 MB 158.1 MB 158.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10869 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10869 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6ypuMC 6yhsC 6ys5C 6ysiC 6yt9C 6ytfC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10406 (タイトル: Motion-corrected micrographs and extracted particle images of the 70S ribosome from the human pathogen Acinetobacter baumannii in complex with amikacin Data size: 177.7 Data #1: Motion-corrected micrographs of the 70S ribosome from the human pathogen Acinetobacter baumannii in complex with amikacin [micrographs - single frame] Data #2: Extracted particle images of the 70S ribosome from the human pathogen Acinetobacter baumannii in complex with amikacin [picked particles - multiframe - processed]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10869.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit body, post-processed map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10869_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex, consensus map filtered by...
ファイル | emd_10869_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex, consensus map filtered by local resolution | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit body,...
ファイル | emd_10869_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit body, half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit body,...
ファイル | emd_10869_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit body, half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit body
+超分子 #1: Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit body
+分子 #1: 16S ribosomal RNA
+分子 #2: 30S ribosomal protein S2
+分子 #3: 30S ribosomal protein S4
+分子 #4: 30S ribosomal protein S5
+分子 #5: 30S ribosomal protein S6
+分子 #6: 30S ribosomal protein S8
+分子 #7: 30S ribosomal protein S11
+分子 #8: 30S ribosomal protein S12
+分子 #9: 30S ribosomal protein S15
+分子 #10: 30S ribosomal protein S16
+分子 #11: 30S ribosomal protein S17
+分子 #12: 30S ribosomal protein S18
+分子 #13: 30S ribosomal protein S20
+分子 #14: 30S ribosomal protein S21
+分子 #15: MAGNESIUM ION
+分子 #16: (2S)-N-[(1R,2S,3S,4R,5S)-4-[(2R,3R,4S,5S,6R)-6-(aminomethyl)-3,4,...
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 130000 |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient | ||||||
得られたモデル | PDB-6ypu: |