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万見
- EMDB-10866: stacked PSII-LHCII C2S2 supercomplexes from Pisum sativum grown i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10866
タイトルstacked PSII-LHCII C2S2 supercomplexes from Pisum sativum grown in High light conditions
マップデータ
試料
  • 複合体: PSII-LHCII C2S2 supercomplex
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Grinzato A / Albanese P / Zanotti G / Pagliano P
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: High-Light versus Low-Light: Effects on Paired Photosystem II Supercomplex Structural Rearrangement in Pea Plants.
著者: Alessandro Grinzato / Pascal Albanese / Roberto Marotta / Paolo Swuec / Guido Saracco / Martino Bolognesi / Giuseppe Zanotti / Cristina Pagliano /
要旨: In plant thylakoid membranes Photosystem II (PSII) associates with a variable number of antenna proteins (LHCII) to form different types of supercomplexes (PSII-LHCII), whose organization is ...In plant thylakoid membranes Photosystem II (PSII) associates with a variable number of antenna proteins (LHCII) to form different types of supercomplexes (PSII-LHCII), whose organization is dynamically adjusted in response to light cues, with the CS more abundant in high-light and the CSM in low-light. Paired PSII-LHCII supercomplexes interacting at their stromal surface from adjacent thylakoid membranes were previously suggested to mediate stacking. Here, we present the cryo-electron microscopy maps of paired CS and CSM supercomplexes isolated from pea plants grown in high-light and low-light, respectively. These maps show a different rotational offset between the two supercomplexes in the pair, responsible for modifying their reciprocal interaction and energetic connectivity. This evidence reveals a different way by which paired PSII-LHCII supercomplexes can mediate stacking at diverse irradiances. Electrostatic stromal interactions between LHCII trimers almost completely overlapping in the paired CS can be the main determinant by which PSII-LHCII supercomplexes mediate stacking in plants grown in high-light, whereas the mutual interaction of stromal N-terminal loops of two facing Lhcb4 subunits in the paired CSM can fulfil this task in plants grown in low-light. The high-light induced accumulation of the Lhcb4.3 protein in PSII-LHCII supercomplexes has been previously reported. Our cryo-electron microscopy map at 3.8 Å resolution of the CS supercomplex isolated from plants grown in high-light suggests the presence of the Lhcb4.3 protein revealing peculiar structural features of this high-light-specific antenna important for photoprotection.
履歴
登録2020年4月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月25日-
マップ公開2020年11月25日-
更新2021年5月19日-
現状2021年5月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00563
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00563
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10866.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10866.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00563 / ムービー #1: 0.00563
最小 - 最大-0.008621348 - 0.017460044
平均 (標準偏差)2.1649696e-05 (±0.0014631368)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 374.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z340340340
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z374.000374.000374.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS340340340
D min/max/mean-0.0090.0170.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PSII-LHCII C2S2 supercomplex

全体名称: PSII-LHCII C2S2 supercomplex
要素
  • 複合体: PSII-LHCII C2S2 supercomplex

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超分子 #1: PSII-LHCII C2S2 supercomplex

超分子名称: PSII-LHCII C2S2 supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#20
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5xnl

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 27942

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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