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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10751 | |||||||||
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タイトル | AP2 in clathrin coats assembled on a membrane containing dileucine- and tyrosine-based cargo peptides | |||||||||
![]() | Sharpened map of AP2 in clathrin coat formed on membranes containing dileucine- and tyrosine-based cargo peptides | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / VLDLR internalisation and degradation / Retrograde neurotrophin signalling / Nef Mediated CD8 Down-regulation ...Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / VLDLR internalisation and degradation / Retrograde neurotrophin signalling / Nef Mediated CD8 Down-regulation / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Retrograde neurotrophin signalling / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / clathrin adaptor complex / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / ![]() | |||||||||
![]() | Kovtun O / Kane Dickson V | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Architecture of the AP2/clathrin coat on the membranes of clathrin-coated vesicles. 著者: Oleksiy Kovtun / Veronica Kane Dickson / Bernard T Kelly / David J Owen / John A G Briggs / ![]() ![]() 要旨: Clathrin-mediated endocytosis (CME) is crucial for modulating the protein composition of a cell's plasma membrane. Clathrin forms a cage-like, polyhedral outer scaffold around a vesicle, to which ...Clathrin-mediated endocytosis (CME) is crucial for modulating the protein composition of a cell's plasma membrane. Clathrin forms a cage-like, polyhedral outer scaffold around a vesicle, to which cargo-selecting clathrin adaptors are attached. Adaptor protein complex (AP2) is the key adaptor in CME. Crystallography has shown AP2 to adopt a range of conformations. Here, we used cryo-electron microscopy, tomography, and subtomogram averaging to determine structures, interactions, and arrangements of clathrin and AP2 at the key steps of coat assembly, from AP2 in solution to membrane-assembled clathrin-coated vesicles (CCVs). AP2 binds cargo and PtdIns(4,5) (phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate)-containing membranes via multiple interfaces, undergoing conformational rearrangement from its cytosolic state. The binding mode of AP2 β2 appendage into the clathrin lattice in CCVs and buds implies how the adaptor structurally modulates coat curvature and coat disassembly. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 28.2 KB 28.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 4.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 124.3 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 6.6 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 8.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 6 MB 6.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map of AP2 in clathrin coat formed on membranes containing dileucine- and tyrosine-based cargo peptides | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.787 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unsharpened half-map of AP2 in clathrin coat formed...
ファイル | emd_10751_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened half-map of AP2 in clathrin coat formed on membranes containing dileucine- and tyrosine-based cargo peptides | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unsharpened half-map of AP2 in clathrin coat formed...
ファイル | emd_10751_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened half-map of AP2 in clathrin coat formed on membranes containing dileucine- and tyrosine-based cargo peptides | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Clathrin/AP2 coat assembled on AP2 membrane.
全体 | 名称: Clathrin/AP2 coat assembled on AP2 membrane. |
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要素 |
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-超分子 #1: Clathrin/AP2 coat assembled on AP2 membrane.
超分子 | 名称: Clathrin/AP2 coat assembled on AP2 membrane. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Clathrin/AP coat was formed on the membrane containing dileucine- and tyrosine-based cargo signal peptides. The AP2 adaptor lacked hinge and appendage regions in its alpha subunit. |
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-超分子 #2: AP-2 complex in clathrin coat, subunits alpha-2 and mu
超分子 | 名称: AP-2 complex in clathrin coat, subunits alpha-2 and mu タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #3 詳細: AP2 in clathrin coat formed on membranes containing dileucine- and tyrosine-based cargo peptides |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-超分子 #3: AP-2 complex in clathrin coat, subunit beta
超分子 | 名称: AP-2 complex in clathrin coat, subunit beta / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 詳細: AP2 in clathrin coat formed on membranes containing dileucine- and tyrosine-based cargo peptides |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #4: AP-2 complex in clathrin coat, subunit sigma
超分子 | 名称: AP-2 complex in clathrin coat, subunit sigma / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4 詳細: AP2 in clathrin coat formed on membranes containing dileucine- and tyrosine-based cargo peptides |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #1: AP-2 complex subunit alpha-2
分子 | 名称: AP-2 complex subunit alpha-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 70.310062 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MPAVSKGDGM RGLAVFISDI RNCKSKEAEI KRINKELANI RSKFKGDKAL DGYSKKKYVC KLLFIFLLGH DIDFGHMEAV NLLSSNRYT EKQIGYLFIS VLVNSNSELI RLINNAIKND LASRNPTFMG LALHCIANVG SREMAEAFAG EIPKILVAGD T MDSVKQSA ...文字列: MPAVSKGDGM RGLAVFISDI RNCKSKEAEI KRINKELANI RSKFKGDKAL DGYSKKKYVC KLLFIFLLGH DIDFGHMEAV NLLSSNRYT EKQIGYLFIS VLVNSNSELI RLINNAIKND LASRNPTFMG LALHCIANVG SREMAEAFAG EIPKILVAGD T MDSVKQSA ALCLLRLYRT SPDLVPMGDW TSRVVHLLND QHLGVVTAAT SLITTLAQKN PEEFKTSVSL AVSRLSRIVT SA STDLQDY TYYFVPAPWL SVKLLRLLQC YPPPEDPAVR GRLTECLETI LNKAQEPPKS KKVQHSNAKN AVLFEAISLI IHH DSEPNL LVRACNQLGQ FLQHRETNLR YLALESMCTL ASSEFSHEAV KTHIETVINA LKTERDVSVR QRAVDLLYAM CDRS NAQQI VAEMLSYLET ADYSIREEIV LKVAILAEKY AVDYTWYVDT ILNLIRIAGD YVSEEVWYRV IQIVINRDDV QGYAA KTVF EALQAPACHE NLVKVGGYIL GEFGNLIAGD PRSSPLIQFN LLHSKFHLCS VPTRALLLST YIKFVNLFPE VKATIQ DVL RSDSQLKNAD VELQQRAVEY LRLSTVASTD ILATVLEEMP PFPERESSIL AKLKKKKGGS GLVPR UniProtKB: AP-2 complex subunit alpha-2 |
-分子 #2: AP-2 complex subunit beta
分子 | 名称: AP-2 complex subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 105.619344 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MHHHHHHMTD SKYFTTNKKG EIFELKAELN NEKKEKRKEA VKKVIAAMTV GKDVSSLFPD VVNCMQTDNL ELKKLVYLYL MNYAKSQPD MAIMAVNSFV KDCEDPNPLI RALAVRTMGC IRVDKITEYL CEPLRKCLKD EDPYVRKTAA VCVAKLHDIN A QMVEDQGF ...文字列: MHHHHHHMTD SKYFTTNKKG EIFELKAELN NEKKEKRKEA VKKVIAAMTV GKDVSSLFPD VVNCMQTDNL ELKKLVYLYL MNYAKSQPD MAIMAVNSFV KDCEDPNPLI RALAVRTMGC IRVDKITEYL CEPLRKCLKD EDPYVRKTAA VCVAKLHDIN A QMVEDQGF LDSLRDLIAD SNPMVVANAV AALSEISESH PNSNLLDLNP QNINKLLTAL NECTEWGQIF ILDCLSNYNP KD DREAQSI CERVTPRLSH ANSAVVLSAV KVLMKFLELL PKDSDYYNML LKKLAPPLVT LLSGEPEVQY VALRNINLIV QKR PEILKQ EIKVFFVKYN DPIYVKLEKL DIMIRLASQA NIAQVLAELK EYATEVDVDF VRKAVRAIGR CAIKVEQSAE RCVS TLLDL IQTKVNYVVQ EAIVVIRDIF RKYPNKYESI IATLCENLDS LDEPDARAAM IWIVGEYAER IDNADELLES FLEGF HDES TQVQLTLLTA IVKLFLKKPS ETQELVQQVL SLATQDSDNP DLRDRGYIYW RLLSTDPVTA KEVVLSEKPL ISEETD LIE PTLLDELICH IGSLASVYHK PPNAFVEGSH GIHRKHLPIH HGSTDAGDSP VGTTTATNLE QPQVIPSQGD LLGDLLN LD LGPPVNVPQV SSMQMGAVDL LGGGLDSLVG QSFIPSSVPA TFAPSPTPAV VSSGLNDLFE LSTGIGMAPG GYVAPKAV W LPAVKAKGLE ISGTFTHRQG HIYMEMNFTN KALQHMTDFA IQFNKNSFGV IPSTPLAIHT PLMPNQSIDV SLPLNTLGP VMKMEPLNNL QVAVKNNIDV FYFSCLIPLN VLFVEDGKME RQVFLATWKD IPNENELQFQ IKECHLNADT VSSKLQNNNV YTIAKRNVE GQDMLYQSLK LTNGIWILAE LRIQPGNPNY TLSLKCRAPE VSQYIYQVYD SILKN UniProtKB: AP-2 complex subunit beta |
-分子 #3: AP-2 complex subunit mu
分子 | 名称: AP-2 complex subunit mu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 51.044113 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MIGGLFIYNH KGEVLISRVY RDDIGRNAVD AFRVNVIHAR QQVRSPVTNI ARTSFFHVKR SNIWLAAVTK QNVNAAMVFE FLYKMCDVM AAYFGKISEE NIKNNFVLIY ELLDEILDFG YPQNSETGAL KTFITQQGIK SQHQTKEEQS QITSQVTGQI G WRREGIKY ...文字列: MIGGLFIYNH KGEVLISRVY RDDIGRNAVD AFRVNVIHAR QQVRSPVTNI ARTSFFHVKR SNIWLAAVTK QNVNAAMVFE FLYKMCDVM AAYFGKISEE NIKNNFVLIY ELLDEILDFG YPQNSETGAL KTFITQQGIK SQHQTKEEQS QITSQVTGQI G WRREGIKY RRNELFLDVL ESVNLLMSPQ GQVLSAHVSG RVVMKSYLSG MPECKFGMND KIVIEKQGKG TADETSKSME QK LISEEDL GKQSIAIDDC TFHQCVRLSK FDSERSISFI PPDGEFELMR YRTTKDIILP FRVIPLVREV GRTKLEVKVV IKS NFKPSL LAQKIEVRIP TPLNTSGVQV ICMKGKAKYK ASENAIVWKI KRMAGMKESQ ISAEIELLPT NDKKKWARPP ISMN FEVPF APSGLKVRYL KVFEPKLNYS DHDVIKWVRY IGRSGIYETR C UniProtKB: AP-2 complex subunit mu |
-分子 #4: AP-2 complex subunit sigma
分子 | 名称: AP-2 complex subunit sigma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 17.038688 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MIRFILIQNR AGKTRLAKWY MQFDDDEKQK LIEEVHAVVT VRDAKHTNFV EFRNFKIIYR RYAGLYFCIC VDVNDNNLAY LEAIHNFVE VLNEYFHNVC ELDLVFNFYK VYTVVDEMFL AGEIRETSQT KVLKQLLMLQ SLE UniProtKB: AP-2 complex subunit sigma |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | 3D array |
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試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL | ||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.2 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | ||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: LEICA EM GP 詳細: The sample was supplemented with 10 nm nanogold fiducials, and 3 ul of the mixture was backside blotted for 3 seconds.. | ||||||||||
詳細 | The sample (in vitro budding reaction) contained AP2, clathrin and 400 nm extruded liposomes |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 6.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.5 µm / 倍率(補正後): 81000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-10 / 撮影したグリッド数: 2 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 3.2 e/Å2 詳細: The images were collected in movie mode at 10 frames per second |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |